兔子的祖先是钉齿兽，它的外形和化石骨骼和兔子的身体结构都非常相似，并且它也长有一对非常硕大的门牙，和兔子一样都是齿根开放的，能够不断的生长，平时需要不断打磨，被认为是兔类动物的祖先，不过它的颊齿则更像是松鼠。
兔子属于啮齿类动物，因此它的祖先-钉齿兽也像大部分啮齿类动物一样，拥有着非常硕大且宽厚的门牙，并且齿根都是开放的，首次发现的化石处于蒙古国的戈壁沙漠之中，据科学家的推测可能是5500万年前的一种啮齿类生物，不仅是兔形目动物的祖先，还可能是啮齿类动物的近亲，不过它最终和恐龙一起走向灭亡。
兔子的祖先-钉齿兽整体看起来和长耳大野兔非常类似，都拥有着修长的后腿，长度超过了前肢的2倍，这也使得它十分擅长跳跃和奔跑，骨骼结构和现代兔子大同小异，但是它也有自己比较独特的特征，比如它的尾巴非常粗壮且长，与其说是兔子，更像松鼠，并且它的门牙虽然像兔子更多，但旁边的颊齿则更像松鼠，都长有牙齿尖和牙齿根，不会无休止的生长。
钉齿兽最早一批化石是在蒙古国的戈壁发现的，当时发现者是来自美国和德国大学的古生物学家，发现了一具5500万年前的啮齿类动物化石，虽说之前也有少量非正式的发掘，但这次的化石却是最为完整的一个个体，因此才为科学家们提供了更加全面的研究方向。
虽然大家都认为钉状兽和现代兔类动物有着非常近的亲缘关系，但是德国柏林洪堡大学的罗伯特·阿斯教授也对此提出过质疑，因为钉齿兽的化石完好，所以它在研究之后发现，松鼠和钉齿兽也存在类似之处，不仅是前后腿的长度差过大，并且它的尾巴蓬松修长，这些都表示它可能只是啮齿类动物有关系，就像老鼠的祖先-东方晓鼠一样，但和兔子的关系则需要进一步研究。
