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这个问题只能从《三国演义》的角度来说，关羽、张飞是刘备的结拜兄弟，是主公的兄弟，诸葛亮再足智多谋，官职再大，再有理由，也不可能把主公的兄弟给斩了吧!
说关羽违抗军令，无非就是在华容道放走了曹操，曹操在赤壁之战中大败，慌忙逃命，身边只剩下27骑，在经过华容道时，被关羽率领500校刀手拦住，曹操听从程昱的建议，用以往恩情打动关羽，关羽素来重信义，不忍心对曹操动手，于是就放走了曹操。
由于关羽立下了军令状，军无戏言，没有完成任务，按理应当斩首，诸葛亮于是喝令手下武士准备绑了关羽，这时刘备开口说道：我与关云长、张翼德为结拜兄弟，发誓是要共同生死的，现在关云长犯了法，不忍心违背誓言，还是让他带罪立功吧!
刘备作为主公，都开口替关羽求情了，诸葛亮作为刘备手下的军师，能说什么呢?于是诸葛亮就放过了关羽。
而张飞并没有什么特别严重违抗军令的事件发生，只是在诸葛亮初次用兵之时，有些不太服从诸葛亮的命令。因此诸葛亮向刘备请求宝剑和印信，作为行使权力的工具，有了这两样东西，可斩杀不听从命令的大将。
因为诸葛亮首次出山时年龄比较小，至少比刘备小20岁，也比关羽、张飞小得多，因此关羽和张飞有些看不起诸葛亮，对于诸葛亮的安排有些冷嘲热讽，但终究没有违抗命令，一是因为诸葛亮有印信在手;二是因为刘备早有交待。
火烧博望坡是诸葛亮出山后的首次用兵，曹操令手下大将夏侯惇率领十万大军前来攻打新野，在诸葛亮一系列的运筹帷幄中，采用诱敌深入之计加火攻，将夏侯惇大军引入一地势险要、树木丛杂之处，采用火攻，大破夏侯惇军。
不仅如此，诸葛亮还在之后的新野大战中，先用水攻，再用火攻，将曹军引入新野城，再次火烧新野城，诸葛亮经此两战后，威望大大提高，关羽和张飞对诸葛亮则尊敬了很多，基本上没有违抗军令的事情发生，也就是关羽在华容道放了曹操这一件事而已，况且这事也不算违抗军令，只是关羽素来重信义，一时不忍心而为之。
而最重要的原因就是因为：关羽和张飞是刘备的结拜兄弟，是发誓共同生死的，关羽和张飞要是能被斩首，那么刘备是不是也不能活了，但刘备可是主公啊，这是绝对不能发生的事，至少在刘备活着的时候不可能发生，除非刘备死了。
还有一个原因就是：关羽和张飞是当世猛将，刘备手下的人才又少，即使真有违抗军令，也是舍不得杀。
但是马谡就不同了，马谡在街亭战败时，刘备早已去世，蜀汉已是诸葛亮当政，诸葛亮治理蜀汉采用的是依法治蜀，这与刘备时代的人治已经不同了，马谡在出战街亭之前立下了军令状。
结果在街亭之战中，马谡违背诸葛亮命令，舍水上山，也不听从王平的劝谏，完全是一幅骄傲自满的样子，最终被司马懿和张郃打得大败，由于马谡的失败，导致了诸葛亮整个北伐功亏一篑、无功而返。
关羽放过曹操，不过是放过了敌方的主帅，并没有对蜀军造成严重的损害，但是马谡失街亭却对蜀汉整个军队造成了严重的损害，不仅损兵折将，而且将诸葛亮整个北伐大军置于危险之中，差一点连诸葛亮本人都送了命，要不是诸葛亮想了个空城计，连诸葛亮也会被司马懿杀害。
马谡的失街亭产生了非常严重的军事后果，让整个北伐失败，这么严重的后果 如果不杀，将会产生很严重的不良影响，后面再有蜀军将领犯错，如何服众?
况且当时的马谡也不是什么非常重要的人才，杀一个也无所谓，既能整肃军纪，又能严明纪律，诸葛亮只能以马谡的生命来整肃军纪和严明纪律。
