《明实录》中，看朱棣的生母为马皇后的记载。可是，在明朝的其它史料中，有关其亲生母亲身份的说法，却是各不相同。
关于他的亲生母亲，大概有以下几种说法。
第一种，就是我们上文所提到的马皇后所出，从个人而言，对这种说法是不太认同的。
具体有以下几点理由：
第一点，我们得先从太祖皇帝身上来看，他虽然出身低微，但是，却一直十分注重对自己儿子的教育。显然，他的教育是非常成功的，他的众多儿子中几乎没有什么纨绔子弟。但是，在这众多儿子中，太子朱标的才华，并不是最出众的，性格也不是他最喜欢的，那么，他为什么偏偏选定朱标呢？
这其中，最主要的原因，还是因为此人是他的长子。
事实上，朱元璋是一个非常传统的男人，因此，他才会立下“如果有嫡出的儿子，就一定要立嫡出儿子为太子；没有嫡出儿子，就立所有儿子中年纪最长的为太子”的祖训。
我们都知道，古人是非常讲究孝道的，而皇室子弟作为天下人的表率，则更应该以身作则。因此，朱棣不能公然违背自己父亲定下的祖训。既想要江山又不想被扣上不孝的帽子，他自然只能想办法改变自己的出身。对于一个已经得到天下的人来说，想要操纵时光，只要转动手中那支小小的笔就可以了。
毕竟，这些人端着他的饭碗，当然要听他的指挥。所以说，历史往往由胜利者书写这句话，还是相当有道理的！
之所以不认同他的亲生母亲为马皇后的第二个原因，还是在太祖皇帝朱元璋身上。
前文我们已经说过，太祖朱元璋是一个非常传统的男人，在他心中，非常看重嫡庶之别。如果，朱棣真的是正宫所出，那么，当年他又为什么没有被立为太子，仅仅只是封了一个偏僻之地的王爷呢？所以，从这一点来看，他是马皇后亲生儿子这种说法，仍旧是相当不可靠的。
接下来，我们再来说一说，不认同这种说法的第三个原因。
想必，大家都知道，太祖皇帝虽然是一个比较冷血的帝王，但是，他对于自己的结发妻子，还是有几分情意的。毕竟，他与这个女人相识于微末之时，并且，此人陪着他熬过了自己人生中最艰难的时光。即使是再冷血无情的男人对曾经与自己患难与共的女人，还是会多几分不同的。
因此，如果朱棣真是他们两人的孩子，他又怎么会不替这个孩子多考虑呢？
还有一点就是，虽然，历史上都说马皇后是一个非常贤明大度的女人，但是，只要是人都会有私心，更何况是事关天下的大事。如果，朱棣真是她的亲生儿子，她怎么能不为自己的儿子争取和考虑呢？所以，从以上几点来看，关于朱棣生母是马皇后的这种说法，是不成立的。
接下来，我们一起来看一看，有关其生母的第二种说法。
在明朝的某些史料记载中，曾说朱棣是元顺帝的妃子所生。相传，太祖皇帝朱元璋曾多次率领部队讨伐元朝，在此过程中，他将元朝皇帝的好几位妃子都纳入了自己的后宫。并且，还有一种非常夸张的说法，说这些被抢来的妃子中，有一个其实早已经怀了孕。
而朱棣，就是这个怀孕的妃子，入宫之后生下的孩子。
但是，这种说法显然更不靠谱，像太祖皇帝那么精明的男人，又怎么可能会替别人养孩子呢？而且，还将前朝皇帝的遗腹子，一养就是十几年。最终，还给了他兵权让其替自己驻守边关。难道他就不怕这个孩子长大之后，反咬自己一口吗？
所以，这种说法显然更不是真的。
关于他生母的第三种说法，则是说其生母是高丽人，并且，还说他和周王是一母同胞的亲兄弟。
如果，只是单单从某一些方面来看的话，这种说法还是有几分可信度的。毕竟，关于这种说法在明朝的部分史料中，也是有证可考的。如果，朱棣真的是高丽妃子所生的话，那么，有如此才干的他，却只得到了一个偏僻荒凉的封地，也是可以理解的。
并且，在那个讲究“非我族类，其心必异”的年代，拥有一半一族血统的他，早已注定与九五之尊的位置无缘。而且，当建文帝实行“削藩”政策时，周王受到的责难最重，而听到这个消息时，朱棣感到非常的惶恐不安。如果，二人不是一母所出的话，那么，他又怎么会担心自己的处境呢？
从以上两点来看，关于他的生母是高丽妃子这种说法，还是有一点可信度的。
是马皇后所生，马皇后是明太祖朱元璋的结发妻子，别名是孝慈高皇后。朱棣自称是马皇后的儿子，而且是嫡长子，据史料记载，《燕王指令》中说道“后孝慈高皇后所亲生”，后来在《明太宗实录》、《明史·成祖本纪》中都有说朱棣是马皇后所生，但是有史学家指出，朱棣不是马皇后的儿子，朱棣自己这样说可能是因为自己也不知道母亲是谁，或者是想让自己的身份更尊贵些。
