海豚的祖先是巴基兽，科学家认为鲸鱼和海豚都是属于海洋哺乳动物下的鲸下目，所以它们的祖先很可能是同一物种，而诞生于5000万年前始新世时期的巴基兽就是它们的共同祖先，因为它的耳骨化石和鲸鱼非常相似，不过神奇的是，巴基兽是一种外形似狗的陆生动物。
海豚虽然外形很像鱼类，但实际上它和鲸鱼一样，都是使用肺部呼吸，属于哺乳动物的一种，而哺乳动物大多生活于陆地上，因此海洋中的海豚、鲸鱼、海狮以及海牛等这些哺乳动物的祖先则被认为和陆生动物有一定的联系，但科学家一直苦于没有化石证据。而巴基兽化石的发现则让科学家感到有了一丝底气，因为巴基兽就是陆地动物，不过也生活在浅海地区，有着鲸鱼类似的特征。
巴基兽的外形看起来非常像现代的鬃狗，嘴巴尤其修长尖锐，长满了细小的牙齿，看起来有些猥琐且凶猛，不过它并不属于犬科动物，尾巴比现代犬类更长，但眼睛非常小，而科学家之所以说它和鲸鱼有亲缘关系，其实主要是因为巴基兽的化石耳骨中有几块独特的骨骼和鲸鱼的内耳骨骼非常相似，这都表示它们不适应水深处的生活，否则内耳就可能会被受到压力损伤。
虽然现代海豚和鲸鱼等海洋哺乳类都非常的温顺，但是海豚和鲸的祖先巴基兽却主要是以肉类为食的，并且极为凶猛，主要是捕捉小型哺乳类动物。不过巴基兽并不是唯一的海豚祖先，其实在秘鲁也发现了一种水陆两栖的动物，它长有四只脚，但是带有蹼状物，常年于水中捕捉鱼类，偶尔会上岸，但走路非常笨拙，类似现代的水獭。
科学家认为海豚的祖先-巴基兽最初和现代牛羊等哺乳动物一样，都是生活在陆地上，之后它的栖息环境就越来越靠近水源，最终可能是发生了气候的剧变或者食物的匮乏等，因此巴基兽才开始尝试进入水中，从而经过很长的时间演化之后，巴基兽的后裔也越来越趋向于水生动物的特征，比如四肢和尾巴都变为鱼鳍状，后肢几乎完全退化等，从而也就变为了现在鲸鱼和海豚这样的水生动物的外形。
