1969年6月27日，两国宣布断绝邦交，双方关系急速恶化。
7月14日，萨尔瓦多空军对洪都拉斯首都特古西加尔巴(Tegucigalpa)郊外的空军基地进行轰炸，战争正式爆发，两国空军展开激烈的追逐战。7月15日，洪都拉斯以轰炸伊罗班哥(Ilopango)的机场作为反击，之后又转而攻击该国海边的的储油设施和炼油厂，从而打击了萨尔瓦多的燃料补给。同日，萨尔瓦多派出12000多名地面部队入侵洪都拉斯，并占领若干边境城镇，以及泛美公路沿线。然而，受限于补给问题，萨尔瓦多军队攻入不久便被迫停止前进。
7月16日，萨尔瓦多空军再度出击，却因机场航管不当，导致飞机擦撞，从而使机场运作停摆。同时，萨尔瓦多地面部队得到补给，持续挺进。洪都拉斯则征召1000多名退伍士兵组成荣誉卫队营(Guardia de Honor Battalion)，以运输机载往前线抵抗萨尔瓦多军队，并以10架护航战机骚扰敌军。如此持续至萨军占领圣塔·罗莎·科潘(Santa Rosa de Copan)后，荣誉卫队营才撤离。
7月17日，两国空军爆发空战，萨军惨败，空军战力大减。同时，在陆战方面，洪都拉斯也有斩获，但受限于弹药不足，没能将萨尔瓦多军队赶出国境，因而使战事陷入胶着。7月18日，萨尔瓦多开始在洪都拉斯境内展开小型游击战，以截断洪都拉斯陆军的后援。而萨尔瓦多也向邻国收购战机以重振空军战力，然而却要五天后才能运抵国内。
1969年7月18日晚间，在美国与美洲国家组织施压下，战争以停火协议收场，洪都拉斯军并于当晚21:30停止前进，22:00撤离萨尔瓦多。而萨尔瓦多军则到8月5日才退回国境。
1980年10月30日，两国才签署和约，从法律上结束了1969年的足球战争，将领土争端交付国际法庭审理。
基本上双方都“输”掉战争：两方皆未赢得决定性的胜利，反而两边的死亡人数都趋近2000人。
这场战争导致中美洲共同市场停摆12年，这是个由美国大力推动的区域整合计划，以作为对抗古巴革命影响的工具。
两国军方的政治影响力大幅增加。战争之后的萨尔瓦多国会选举，国家调解党(Partido de Conciliación Nacional，简称PCN)自军方阵营里成立。由于他们为军事冲突扮演的角色道歉，而成功囊括了全国与地方选举。
萨尔瓦多的社会情形恶化，政府无法满足自洪都拉斯返国的人民经济上的需要。这造成的社会动荡则是之后的萨尔瓦多内战起因之一。
