大礼仪之争是导致有功于明世宗的杨廷和被迫辞官归隐以及他的儿子被发配云南的主要原因。
在明世宗朱厚熜即位之前，明朝朝廷内部的君臣矛盾已经初现端倪。不同的派系和势力在权力和利益的争夺中形成对立。明世宗即位后，大礼仪之争成为了一个导火索，引发了更加激烈的争论和斗争。
大礼仪之争爆发于朱厚熜即位不久。这场争论的核心是对朱厚熜的身份和地位的确认，以及对历代皇帝的尊号和称谓的重新界定。一些人认为明孝宗应该被尊为朱厚熜的皇伯考，而另一些人则持相反的观点。张璁等人在这场争论中占据了上风，他们的观点最终获得了朱厚熜的认可。
作为支持明孝宗尊号的杨廷和遭受到了打压和排斥。他被罢官免职，失去了在朝廷中的地位和权力。这一打击让他不得不选择辞官归隐，远离政治舞台。
而杨慎在杨延和被罢免后，多次请辞不成，他上书谏言，希望朱厚熜能够慎重考虑。然而，朱厚熜却大怒，下令逮捕了八位大臣，并将他们投入狱中。这一消息传出后，立即引起了朝臣们的愤怒和团结一致的反抗。
杨慎约集同年进士检讨王元正等人，表示国家多年来培养了许多忠诚的臣子，今天正是展现忠诚的时刻。于是，231位大臣(据《明史》称229人)在金水桥和左顺门附近列队，高声抗议非法逮捕朝臣的行为，声震宫廷。朱厚熜多次命令礼监太监劝退这些大臣，但他们已经坚定地决定了为国捐躯的决心，誓言要坚持谏言而不退缩。
朱厚熜大怒，随即下令收监了134人，并对180多名五品以下的官员进行廷杖处罚，当场打死了17人。杨慎在七月十五日被捕，十七日受到了一次廷杖，虽然死过一阵子又苏醒过来;十天后，再次受到了廷杖，几乎丧命，然后被流放到云南永昌卫。尽管明世宗朱厚熜在位期间多次大赦，但杨慎始终无法回到家乡，按照明朝的法律规定，六十岁以上的囚犯可以赎身回家，但却无人敢接受他的赎身请求。最终，杨慎于嘉靖三十八年七月因病在昆明去世。
