巴基斯坦在1947年8月14日宣布独立，印度则在1947年8月15日宣布独立。真纳成为巴基斯坦总督，贾瓦哈拉尔·尼赫鲁则成为新生独立印度的总理。然而，实现独立的过程，以及独立后两国的历史都并不平坦。许多宗教移民在来到印度或巴基斯坦之后都面临融入当地社会的困难。不同宗教教徒之间的冲突和种族清洗仍有发生。
印度的印度教徒及锡克教徒难民，以及逃往巴基斯坦的伊斯兰教徒难民大多集中在德里、孟买、加尔各答、卡拉奇、拉合尔、达卡等两国的大都市。在这些大都市因此产生了巨大的贫民窟，两国产生了巨大的都市贫困阶级，成为社会的不稳定因素。
印度教徒和伊斯兰教徒之间的互不信任，可说是对提倡两者之间融合的甘地的一个反弹。民族义勇团等印度民族主义者认为甘地对伊斯兰教徒和巴基斯坦太过让步。终于在1948年1月30日，甘地被狂热的印度民族主义者在德里暗杀，提倡非暴力的甘地因而自己也在暴力中牺牲。
许多土邦在当时印度副总理萨达尔·瓦拉巴伊·帕特尔的巧妙交涉下决定归属印度，然而查谟-克什米尔土邦的归属问题却引发了第一次印巴战争，两国在之后仍爆发过多次印巴战争。巴基斯坦的领土被分为东西两部分，国家状况并不安定。这种状况一直持续到孟加拉独立战争和第三次印巴战争，东巴基斯坦独立为孟加拉国。1974年，印度进行了核试验。巴基斯坦也与其对抗在1998年进行了核试验。两国的对立不仅是南亚地区，也是世界性国际政治的不稳定因素。
