夷陵之战后，刘备在白帝城把后主刘禅托付给诸葛亮。刘备死后，诸葛亮尽忠竭力辅佐后主刘禅，后主时期的政事，无论巨细皆由诸葛亮专主。他治国时励精图治，任人唯贤，赏罚分明，注意发展蜀中经济，并妥善解决民族矛盾，受到蜀中各族人民的拥戴。
诸葛亮自主治蜀时，蜀汉政权的政治结构，有三种势力：益州土著、刘璋旧部、荆襄集团。当然，刘备诸葛亮带来的荆襄集团是胜利者，是立国的根本。刘璋旧部对蜀汉政权也比较忠心，但这种忠心的基础是“兴复汉室”。麻烦的是益州土著，这一集团内部有忠于蜀汉政权的人，比如李恢、王平、杨洪等，也有相当一部分人心中不服蜀汉统治，如杜琼、谯周等益州名士。如何凝聚这三股势力，是蜀汉政权的根本大计。
看一看蜀汉政权官员结构。在权力中枢，先看尚书令，有刘巴、李严、陈震、蒋琬、费祎、董允、吕乂、陈祗、董厥和樊建等。除陈祗外，都是荊州人，没有益州人。扩展到录尚书事、平尚书事，可以再增加诸葛瞻和马忠二人，当中仅马忠是益州人。可以说，益州土著远离蜀汉权力中枢。
但是，本地土豪力量强大，占有田地人口，掌握经济军事力量，不可能彻底消灭。诸葛亮他们只能选择性拉拢部分本地人来分化瓦解，比如秦宓、谯周等人，给予位高但无实际权力的官职。在地方级官吏中，如治中从事、别驾从事、议曹从事、督军从事等，出于治事的需要，多用益州当地人。益州土著中对蜀汉政权不满者大有人在，比如刘备方逝，后主幼弱，益州就曾爆发了一系列土著士人的反抗。再如后来邓艾偷袭，本地世家拒绝抵抗。可以说，蜀汉政权没有从根本上安抚住益州土著势力。
出于政权稳定的需要，当内部的权力结构无法达到利益均衡的要求时，一般的做法是，内强管控，外树强敌，这才是凝聚人心、稳定政权的不二法门。诸葛亮高举“北伐中原，兴复汉室，还于旧都”这杆大旗，是为了弹压一切异言，把人们牢牢地捆绑在一起。
诸葛亮第一个动作，重新捡起联吴抗曹国策。
诸葛亮以丞相开府治事后，办的第一件大事，就是派邓芝出使孙吴，劝说孙权与蜀汉和好。在刘备刚刚因伐吴失败去世的背景下，诸葛亮此为，需要大的胆略。和吴成功，安定了蜀汉东边国境，其更积极的意义是，诸葛亮已经牢牢地控制了蜀汉的政治走向。
229年，孙权称帝，诸葛亮力排众议，派卫尉陈震出使吴国恭贺。“震到武昌，孙权与震升坛歃盟，交分天下”。诸葛亮放下意识形态的争论，从现实出发，恭贺孙权称帝，此举在心理上消除了蜀吴成见，巩固了两国同盟。此后诸葛亮北伐，不仅无东顾之忧，反而能够得到孙吴北进遥相呼应。
诸葛亮南征平叛，是其一生中最辉煌的成就。
南中是蜀汉的大后方。南中四郡，包括今四川西南部、云南东部和贵州南部地区，居住着今称苗、彝等少数民族，两汉时称西南夷。因秦汉以来大量移民，形成了汉人大姓豪族与当地民族之间的矛盾。由于地理位置较偏，天高皇帝远，朝廷派去的官员不易实现有效的管理。民族首领、汉族大姓对苛捐杂税心存怨恨，官员贪腐欺诈也极易引发民愤，各类矛盾交织，南中地区始终存在叛乱危机。
刘备去世后，越巂郡的高定元行为开始放纵不羁，建宁郡的雍闿也飞扬跋扈，据《华阳国志南中志》记载，越嶲叟帅高定元杀郡将焦璜，举郡称王以叛。益州大姓雍闿亦杀太守正昂。朝廷又派张裔为太守，结果被雍闿流放到东吴。最重要的事件是，223年，牂牁郡太守朱褒起兵造反，地方政府公然与朝廷对抗，加上地方大姓造反，真正威胁到了蜀汉后方的安危。
建兴三年春，诸葛亮在隐忍、积蓄力量三年后，出兵平叛。史载，诸葛亮225年率军南下前，参军马谡献“心战计”。大意是，南中地区地险位偏，教化难行，夷人屡破屡反，且蜀军不可久师无功，只能打一场速决战。相较之下，只能在军事征服的同时，实现心理征服，恩威并济，才能收到长治久安的效果。
南征时，诸葛亮利用夷人信鬼神的心理，采用藏甲、建塔、立碑、凿龙脉等手段，进行一系列的心理恐吓和攻击。使夷人认为，他们所对抗的是天神的代表，诸葛亮具有无边的法力，从而在心理上产生动摇。接下来是恩威并重，宽严相济，利用夷人爱誓盟、重诅盟的特点，七擒七纵孟获，分化瓦解，争取民心。
最后是采取以夷制夷的策略。
在服从蜀汉政权的前提下，让夷人自己处理自己的事务。诸葛亮分南中四郡为六郡，以当地人或将领统领。有人曾劝谏诸葛亮留兵镇守，诸葛认为，留人要留兵，留兵要消耗，且易产生摩擦，不易取得夷人信任，长久必成祸患。决定“不留兵，不运粮，纲纪粗定。”并为夷人封官加爵，笼络南人。如“亮收其后杰建宁爨习，朱提孟琰及获为官属，习官至领军，琰，辅汉将军，获，御史中丞。”封世代统治洱海地区的龙佑为酋长，赐姓张。诸葛亮为这些首领和豪强打上了蜀汉政权的烙印。
此外，诸葛亮还引入先进的生产技术，改变了当地刀耕火种的落后生产方法，吸引了许多原以狩猎为生的少数民族“渐去山林，徒居平地，建城邑，务农桑”。走向定居的农业社会。使老百姓也从中受益良多。至今云贵一带还流传着诸葛亮的一些神奇故事传说。不到半年时间，诸葛亮成功地收复南中，使其成为蜀汉北伐的大后方。此后，南中的强兵劲卒，金银、丹漆、耕牛、战马等人员物资，源源不断输入蜀国，为北伐提供了有力的支持。
经济建设方面。建兴二年春，开始实行“务农殖谷，闭关息民”。一是实行休养生息，夷陵之战消耗甚大，诸葛亮提出“唯劝农业，无夺其时;唯薄赋敛，无尽民财。如此，富国安家，不亦宜乎?”提倡与民休息。安农措施主要有，安抚流亡，打击豪强，闭关息民，养育民物等。二是休士屯田，增加粮食供应，改善军民关系。如建兴十年，“休士劝农于黄沙”，十二年“是以分兵屯田，为久驻之基。”“耕者杂于渭滨居民之间，而百姓安堵，军无私焉。”
此外，重视水利设施建设，据《水经注》记载，公元228年，诸葛亮北伐路上发现，都江堰水利设施是农业的根本，派兵1200人守护，而且签署了维护都江堰的政令拓本，设置专职的官员进行日常性的管理维护，开辟了以后历代设专职水利官员管理都江堰的先河。
诸葛亮还特别重视蜀锦和盐铁的生产。设锦官和建立锦官城以保护蜀锦生产，奖励农桑，推行先进纺织技术，扩大蜀锦生产。诸葛亮曾说：“民贫国虚，决敌之资，惟仰锦耳”。蜀汉亡国之时，府库中还存有锦、绮、绿、绢各二十万匹，可见蜀锦的产量相当惊人的。
设置盐府校尉和司金中郎将，专管盐铁生产。传说诸葛亮亲自指导盐铁生产。《博物志》载：“临邛火井一所……诸葛丞相往视之，后火转盛热。以盆盖井上，煮盐得盐。”《山川记异》载“诸葛盐井有十四”。成都市郊汉墓出土的“盐井”画像砖重现当时景象：盐井开挖在群山之中，高架取卤，架上安置滑车和吊桶。架分两层，两层对立二人，以辘轳提取卤水。然后再将井内的盐卤利用枧筒引流，经山溪流入盐缸内，最后放入盐锅熬煮。此外，诸葛亮“好修官府、次舍、桥梁、道路”，使物资流通交易便利。
蜀汉政权成立之前，益州等地的社会风气已经被刘璋父子搞坏，“德政不举，威刑不肃”。诸葛亮强调峻刑重法，刘备在时，他与法正、伊籍、刘巴、李严共同编制“蜀科”。诸葛亮提出“威之以法，法行则知恩。限之以爵，爵加则知荣。恩荣并济，上下有节，为治之要。”力行法治，限制和打击“专权自恣”的官僚及豪强。
在治军方面，诸葛亮尤其重视律法。在诸葛亮军事著作中，仅“军令”、“兵要”和有关军事教令就占有较大篇章，且具体、严酷。如“闻雷鼓音，举白幢绛旗，大小船进战，不进者斩。”“凡战临阵，皆无喧哗，明听鼓音，谨视幡麾，麾前则前，麾后则后，麾左则左，麾右则右，不闻令而擅前后左右者斩。”从而收到“戎陈整齐，赏罚肃而号令明”的效果。向来不以战斗闻名的蜀人，经过诸葛亮一番训练，竟然成为“节制之师”。
诸葛亮执法严峻，有时甚至加罪除之，如惩罚刘封、彭羕、廖立等。此外，史载诸葛亮“惜赦”。当时，为政者定期或逢好日子发布的减免罪刑或赋役的命令是常态，但诸葛亮为从严执法，较少颁布赦免政令。有人曾经责难诸葛亮，说他惜赦。诸葛亮回答到，刘景升父子年年都大赦人犯，但对治理国家又有什么好处呢?400年后，唐太宗夸赞诸葛亮，“诸葛理政十年，不赦而蜀大化。”
北伐是诸葛亮执政后的重心。
从战略层面讲，蜀汉北伐，是为了凝聚人心，稳固政权。从战术的层面讲，北伐的目的，法正在217年劝刘备取汉中时，就已经讲明上中下三策。上可以倾覆寇敌;中可以蚕食雍凉，广拓境土;下可以固守要害，为持久之计。以北伐之名，时时出兵，袭扰魏境，观衅伺隙，就是诸葛亮首要选项。
建兴四年，魏文帝曹丕去世，曹睿初登帝位，忙于内务。孙权亲自率兵攻江夏，诸葛瑾率兵攻襄阳。内外形势有利，是蜀国北伐的良好时机。建兴五年三月，诸葛亮上《出师表》，率军出发，北驻汉中，开始北伐。
诸葛亮北伐率兵与魏战争共有5次。第一次，建兴六年春，出祁山，先胜后败。第二次，建兴六年冬，出散关，围陈仓，粮尽而还。第三次，建兴七年，攻武都、阴平，大获全胜。第四次，建兴九年二月，复出祁山，粮尽退军。第五次，建兴十二年春，由斜谷出,据武功五丈原，与司马懿对阵于渭南。相持百余日，诸葛亮染病死于军，时年54岁。离他27岁出山辅佐刘备，正好27年。出师未捷身先死，长使英雄泪满襟。诸葛亮不折不扣地实践了他“鞠躬尽瘁，死而后已”的诺言。
总的来说，诸葛亮北伐，消耗甚大，伤亡甚大，得地甚少，得不偿失。陈寿论及诸葛亮北伐失败，总结了五条原因。一是将略为短，非其所长。二是攻战对手，时值人杰。三是众寡悬殊，蜀弱魏强。四是缺少辅佐，蜀无名将。五是天命有归，不可以智力争。如果再加上一条，就是人心向背。三国鼎立后，人心厌战，曹魏休养生息政策很是得人心，而诸葛亮一再北伐，打消耗战，民穷兵疲，不败若何?
诸葛亮北伐没能成功，除了蜀汉国小力弱，以一隅敌全国之外，他没能协调好战略战术的关系，片面求稳，将己方置于不利位置，也是主要原因。北伐以汉中为基地，北出秦川，隔着一道秦岭。兵出渭水，夺关中居高临下以窥中原，就是当年刘邦的出兵路线。诸葛亮在隆中对中也是这样规划的。在荆州已失的现实下，诸葛亮以稳为主要考虑，绕道出陇右，夺取雍凉，蚕食魏境，结果形成蜀魏在边界对峙打消耗战的局面。蜀的国力远不及魏，以小搏大，不出奇兵，哪有胜利的可能?历次北伐，都是弱蜀攻坚，强魏守险，边战皆北，就是必然的结果。诸葛亮星落五丈原，留下千古遗恨。
诸葛亮忠实地履行着“博施于民而能济众”、“修己以安百姓”等儒家思想精髓。尽管他留下的著述，多以形而下的治事为要，极少形而上的学理阐发。但他一生实践，就是一个忠贞不二的儒者，儒家理想的践行者，一代大儒。
建兴十二年诸葛亮在奔波途中病逝于五丈原。诸葛亮的去世是蜀国的一大损失，就在人们预测没有了他，蜀国会在“草包”刘禅的统治下分崩离析时却惊奇地发现，之后的蜀国虽日渐势微，但依旧存活了将近30年才被司马一族所灭。蜀国为何在诸葛亮死后还可以残存近30年?
首先，没有诸葛亮的蜀国依然到处都是诸葛亮的影子，蜀国的国家机器仍然能正常运转。诸葛亮担任蜀国宰相期间可谓是呕心沥血，对蜀国发展所做出的贡献有口皆碑。他在位期间全心全力辅佐两位皇帝，在蜀国经济、农业等诸多方面的发展上都有很大功绩，可以说诸葛宰相就是蜀国发展的总设计师!而蜀国这套政治、经济、农业发展框架在诸葛亮死后也并没有被破坏，再加上诸葛亮生前提拔、培养的一帮能臣干将尽心尽力继承了诸葛亮的遗志，蜀国的发展并没有因为诸葛亮的死发生大的危机。
第二，诸葛亮死后蜀国的周边政治形势趋于稳定，这对蜀国的继续存活非常有利。当时，蜀国最大的安全威胁魏国内外部也发生了重大变化。年仅35岁的曹叡突然病死了，曹叡生前就一直体弱多病，所以蜀国也因此获得了一个比较好的发展机遇期。曹叡死后，仅仅八岁的曹芳继位。没有了强有力的皇帝统治，魏国内部马上就变成了一盘散沙，四分五裂。再加上当时的魏国也面临着来自北方鲜卑、匈奴和东北朝鲜半岛外敌政权的威胁，曹魏第一选择肯定是先解决辽东、朝鲜半岛等地，所以当时根本无暇进攻蜀国，更别提去南征北战，统一天下了!
第三，魏国也相当顾忌蜀吴联盟。当年赤壁之战，曹操就被刘孙联军痛击，吃了一个大败仗。惨痛的记忆总是刻骨铭心，再加上当时蜀国再度与吴国结盟，一时间使得蜀国有了底气，挺直了腰板儿，一心一意搞内部建设。而诸葛亮死后，东吴国力也不容小觑，如若曹魏胆敢起兵进攻蜀国，势必会在东南方向受到吴国的威胁，到时候腹背受敌自然胜算不大，所以以不变应万变自然是魏国最好的对策!因此，蜀国虽然没有了诸葛宰相，可却获得了一个可以安身立命的契机!
第四，蜀国的存在一定意义上有助于司马懿家族的崛起。曹芳继位之后，由于皇帝幼小，所以朝政一时间被司马懿把控。一个臣子想要图谋不轨总是需要一些“威胁”作为借口才能将大权握在手中!而蜀国的存在势必是有利于司马懿的，否则试想一下，一旦蜀国或者吴国被灭亡，司马懿将没有强有力的借口将军权独揽，司马懿这个外族人也很可能就被朝中其他有野心的竞争对手铲除了!所以，即使蜀国在刘禅手中苟延残喘是攻打的最佳时期，司马懿也需要等到自己权利稳固之后再去将其消灭，纳入到自己的版图。
所以，诸葛亮死后蜀国能在草包刘阿斗的统治之下存活近三十年，并不是源于自己的实力有多强大，仅仅是因为自己内部没有因为“定海神针”诸葛亮的去世发生大的动荡，在加上机缘巧合碰到了最大敌人魏国自己出现了一系列的问题，蜀汉根本不会有继续存在的可能……
