整个拉辛领导的农民战争分为四个阶段。
第一阶段(1667-1669年)拉辛进军伏尔加河和里海以及与此有关的事件，属于第一阶段。就其形式和目的而论，这次进军无异于哥萨克抢劫财物的“掠夺性”远征，但俄国南部和东南部阶级斗争急剧高涨，从根本上改变了进军的内容和规模，使哥萨克的军事行动大都具有反政府和反封建性质。
除1667年春在顿河上游由哥萨克下层和逃亡农民组成的拉辛部队(人数有时超过2000人)之外，亚伊克哥萨克军、射击军，还有顿河哥萨克的一些较小的队伍、奴仆和逃亡农民也参加了起义运动。这些队伍有些是单独行动，其余皆投奔拉辛。
1667-1669年，起义军在与政府军进行武装斗争过程中，明显地表现出他们的阶级倾向：他们处决地方行政官吏、沙皇军队的指挥官员、封建主和富商，分发他们的财产，开狱释放囚犯等。在军事方面有三点十分重要，在1667-1669年的军事行动中，起义军骨干已经形成，选拔了起义军各级首领，并筹备进军俄国腹地所必需的物质和军事资源。取得了与政府军大部队作战和夺取伊朗拉什特、法拉哈巴德以及古里耶夫等要塞的经验。
拉辛于1669年11月返回顿河，在顿河岸边卡加利尼克镇附近一个岛上安营扎寨开始下一步军事行动的准备工作。
第二阶段(1670年年初-1670年9月初)
这个阶段斯洛博达乌克兰和扎波罗热极端贫穷的(“赤贫”)哥萨克、农民和俄国南部和中部各县的逃亡农民、市民、奴仆，纷纷投奔到拉辛起义军。1670年春，拉辛实际上夺取了顿河地区的政权，镇压了哥萨克缙绅和富裕哥萨克的抵抗。拉辛处死沙皇派赴顿河刺探起义部队意图的使臣叶夫多基莫夫，是公开反政府的行动。拉辛主动与扎波罗热赛切和右岸乌克兰的督军多罗申科保持联系。1670年5月初，拉辛的部队移防潘申镇，乌斯派重兵投奔其麾下。进军“罗斯”的准备工作已经就绪。拉辛在全体大会上提出了给“黎民百姓”自由，杀“乱臣贼子——贵族、督军和衙门官吏”的口号，作出了“进军伏尔加，再取罗斯”的决定。
1670年5月14日，起义军(7000多人)进至伏尔加河察里津(今伏尔加格勒)附近，5月15日包围察里津要塞。市民和当地射击兵士把该城献给了起义军。接着，起义军又击败了前来增援贵族、督军的莫斯科射击军的一支大部队。但是，位于后方的阿斯特拉罕尚未夺取。起义军大会决定夺取该城，遂将溯河而上进军罗斯，推迟到农民收完庄稼之后进行。拉辛为确保起义军基地察里津，保障与顿河的联系畅通，并为日后沿伏尔加溯河北上，留一支相当大的守军(约2000人)防御察里津。拉辛率大部起义军(7000人，由顿河流域的起义军、伏尔加河流域的“普通”工人和察里津市民和射击兵组成)，乘船南下阿斯特拉罕。骑兵则由舍卢佳克大尉、叶列梅耶夫大尉率领沿伏尔加河岸的山地开进。
6月6日，起义军在黑亚尔附近与利沃夫公爵的沙皇军队(约5000人)遭遇。拉辛派哥萨克乘8艘平底船前往侦察，主力隐蔽待机，迫敌投入战斗。战斗刚一开始，大部分射击兵和士兵即倒戈投到起义军方面，几乎所有的军官均被处死。射击兵大量投奔起义军，为沙皇部队公开加入起义奠定了基础。黑亚尔之战对拉辛领导的农民战争以后的发展有着重大意义。
6月19日，拉辛部队兵临阿斯特拉罕城下。督军普罗佐罗夫斯基公爵拒绝了交出该城的建议。为攻取该城。拉辛将起义军分兵八路，由拉辛和乌斯分头率领。起义军主力在库图莫夫卡河畔集结，等候夜幕降临。起义军(8000-1万人)与盼望着拉辛解救他们的当地居民取得联系，遂于6月21日夜间开始对坚固的要塞(有两道石砌围墙、要塞炮500余门、守军1.2万人)发起攻击。由于社会下层群众(城市贫民和“普通”工人)的积极支援，6月22日午前要塞即被攻克。相当多的普通射击兵和工商平民没有对拉辛的起义军进行抵抗。根据有阿斯特拉罕居民参加的起义军大会的判决，许多行政官吏、督军、贵族被处死，他们的财产被没收、分掉。起义军焚毁沙皇公文卷宗，并建立以乌斯和起义军及当地居民代表为首的哥萨克式的市政自治机构。
7月，起义军积极改编和补充部队，准备北征，吸收缺乏军事素养的“普通”工人和“流浪人”以及阿斯特拉罕的射击兵和市民参加起义部队，以接替留守阿斯特拉罕的老拉辛起义军战士为核心的守军(2000人)的防务。起义军编为千人团、百人队、十人队。当开出阿斯特拉罕时，部队总兵力为1.1-1.2万人，其中约8000人装备火器，其余均使用冷兵器(镖枪、马刀)，炮兵装备波斯远征遗留的火炮和起义军在黑亚尔附近缴获的野炮。起义军弹药充足，多为在阿斯特拉罕缴获的弹药。
1670年7月，起义军开始沿伏尔加溯河北征。8月4日抵达察里津，当日召开起义军大会，最后通过以主力沿伏尔加河远征莫斯科的计划(原定入冬前攻下喀山)，并拟定了从顿河上游和斯洛博达乌克兰实施辅助突击的计划。
8月7日，起义军(1万人)由察里津出发，8月15日兵不血刃进入萨拉托夫，市民捧着面包和食盐热情迎接起义军，一周后，进占萨马拉。9月4日，起义军进抵辛比尔斯克(今乌里扬诺夫斯克)。该城是由鹿砦防线环绕的坚固要塞。米洛斯拉夫斯基率4500人(包括莫斯科射击兵、当地射击兵、莫斯科精锐团士兵、当地封建武装，工商平民除外)在此设防。8月31日，巴里亚京斯基公爵率骑兵部队(2个雇佣骑兵团和伏尔加河流域各县的封建民团)，由萨兰斯克驰援该城，配合守军作战。9月6日，部分射击军士兵和工商平民把起义军放进辛比尔斯克的尖柱城堡。巴里亚京斯基企图夺回尖柱城堡，但未得逞。拉辛部队几乎全歼撤向喀山退却的巴里亚京斯基的部队，并攻占辛比尔斯克大部，包围了躲藏着颇大一部分守军(近4000人)的内城。但4次强攻均未奏效，牵制了拉辛军队主力。
第三阶段(1670年9月初-1671年2月)
这时，起义已扩展到伏尔加河中游地区、扎沃尔日耶、坦波夫地区和斯洛博达乌克兰的广大地区，这些都是封建土地所有制比较发展的地区。同时，俄罗斯中部许多县(图拉、叶弗列莫夫等县)也有小股起义军活动。农民骚动已席卷俄罗斯中部、乌拉尔和西西伯利亚的许多县份。拉辛呼吁给黎民百姓自由的“具有诱惑力的文告”传遍了全国各地直至西部边界各县，阶级斗争已达到白热化程度，城乡普遍建立了哥萨克式的自治机构。
起义军夺取了约25座要塞。截至10月中旬，伏尔加河中游地区的绝大多数城市皆处于起义军控制之下。他们与沙皇讨伐军进行40余次大规模战斗。数千俄罗斯农民、奴仆、中下层市民、“招募”公职人员、伏尔加河流域各族人民(摩尔多瓦、鞑靼、楚瓦什、马里等族)参加战争，决定了这场战争具有阶级斗争的性质。并涌现出许多有才干的军事首领(如阿尔马凯、博利亚耶夫、卡拉丘林、穆马林等)。
镇压农民战争需要动员大批军队。多尔戈鲁科夫公爵统率的讨伐军编有精锐部队——莫斯科团、雇佣骑兵团、龙骑兵团、精锐步兵团、莫斯科射击军6个团、莫斯科城郊和乌克兰各县贵族义勇军、斯摩棱斯克贵族武装。1671年1月，对起义军作战的军队共有3.2万余人。
1670年9月15日，巴里亚京斯基公爵率大批军马(“外国编制”骑兵和步兵、炮兵)由喀山出发驰援辛比尔斯克内城被围沙皇军队，沿途与起义军交战4次，直至10月1日才逼近辛比尔斯克。
1670年秋，许多起义队伍在伏尔加河流域活动。9月16日，奥西波夫的部队攻占了阿拉特里，接着又攻占了库尔梅什、亚德林和瓦西里苏尔斯克诸城。这时，哈里东诺夫和其他统领的部队在辛比尔斯克以西活动。9月19日，他们攻克萨兰斯克，接着又占领奔萨，哈里东诺夫与费多罗夫两军在此会合。10月，起义军连克纳罗夫恰特、上洛莫夫、下洛莫夫，克连斯克、捷姆尼科夫和卡多姆，并包围集中在沙茨克地区守卫通往莫斯科要道的大量沙皇部队。邻近各县也爆发起义。起义军经10天围攻，占领马卡里耶夫修道院。起义烽火席卷了下诺夫哥罗德、库尔梅什、亚德林、齐维利斯克和切博克萨雷各县。10月1日，伊万诺夫(舒姆利夫)领导的起义军占领科济莫杰米扬斯克，在此建立了波诺马廖夫部队，他们在伏尔加河中下游左岸林区(加利奇县)点燃了武装斗争的烈火。在这种情况下，多尔戈鲁科夫公爵讨伐军(9月26日)被迫在阿尔扎马斯停止前进，在那里，发起攻击的起义大军从四面八方包围了多尔戈鲁科夫部队。但由于沙皇军队在武器装备和军事素质上居优势，各起义部队行动又不协调，致使起义军于9月底至10月初在阿尔扎马斯附近连续4次交战皆遭失败。
9月末，在辛比尔斯克附近就连拉辛率领的起义军主力内部亦发生了重大变化：兵员数额虽有增加(超过2万人)，但战斗素质却大为下降。经验丰富、装备精良的士兵大量减员，所补新兵(俄罗斯农民、市民、奴仆、以及伏尔加河流域各族新兵)，既无武器装备，又缺乏实战经验和组织纪律。坚定的阶级意识和英勇顽强的战斗精神只能部分地弥补军事训练上的不足。
10月1日，起义军与进抵辛比尔斯克的巴里亚京斯基公爵部队接触，初战顺利，但因沙皇军队炮兵居于优势而终遭失败。战斗中拉辛两处负伤(头部和脚部)，一度使起义军军心涣散。结果巴里亚京斯基攻进辛比尔斯克，于10月3日与米洛斯拉夫斯基会合。当日傍晚，政府军合击在尖柱城堡设防的拉辛部队。起义军用一部兵力击退敌军进攻，夜间突然调动精锐部队强攻内城。然而沙皇军队于10月4日在辛比尔斯克城下最后挫败起义军。拉辛部队乘船沿伏尔加顺河而下，撤至顿河对岸。
10月14-17日，沙茨克附近发生激战，其他起义部队也被击溃。10月22日，在穆拉什基诺(下诺夫哥罗德县)一战，尽管起义军英勇抵抗，最终仍然战败。
10月底，沙皇军队在多尔戈鲁科夫统一指挥下转入进攻。辛比尔斯克解围后，巴里亚京斯基部队直捣辛比尔斯克防线。11月，沙皇军队经数次大规模战斗，占领阿拉特里。政府军向萨兰斯克推进途中多次与起义军进行激战，1个月后才夺取该城。巴里亚京斯基公爵部队在喀山西北对起义军作战，起义军所占城市务需强攻方能夺取。11月，起义军企图在这一地区转入进攻，重新占领科济莫杰米扬斯克。直至12月，政府军才在苏拉河和伏尔加河之间的重要中心地带挫败起义军的抵抗。11-12月，多尔戈鲁科夫主力先后将捷姆尼科夫和卡多姆两县起义镇压下去。希特罗沃部队由沙茨克向克连斯克推进。12月13日，沙皇军队在伏尔加河中下游左岸地区追上并击溃了波诺马廖夫部队，12月20日，起义军在伏尔加河中游地区的最后一个堡垒奔萨陷落。
在这一时期，起义席卷了坦波夫一带地区，而且持续时间最长。1670年9月，起义军首次包围坦波夫。10月，梅谢里亚科夫率坦波夫士兵和哥萨克举行起义，再次包围坦波夫。11-12月初，起义军第3次强攻该要塞。沙皇军队重兵来援，迫使起义军退入森林。哥萨克部队由霍皮奥尔河赶来增援。12月4日，起义军巧妙设伏，一举击溃政府军先遣部队2000人，并再度包围坦波夫。到1671年1月底，多尔戈鲁科夫派重兵力驰援该城，才使沙皇军队处于优势地位。2月3日的一场激战中，起义军彻底失败。清剿伏尔加河流域农民战争策源地的军事行动一直持续到1671年春。
斯洛博达乌克兰武装斗争的规模较小。9月9日，科尔切夫率一支不大的起义部队占领奥斯特罗戈日斯克，尔后在该市军民帮助下，又占领奥利尚斯克。几切尔卡舍宁部队沿北顿涅茨河北征进展顺利。10月，起义军依靠盐场“普通”工人和乌克兰普通哥萨克连克莫亚茨克、察廖夫-鲍里索夫、兹米耶夫、丘古耶夫等要塞。科萨戈夫重兵讨伐以及当地哥萨克缙绅相继背叛，迫使起义军退却。11月初，他们在莫亚茨克附近遭到惨败。至1671年春，此地的起义军被镇压下去。据不完全统计，讨伐军杀害1.1万余人。许多村镇被夷为平地。
第四阶段(1671年3-11月)
此时起义军仍控制伏尔加河下游地区和顿河流域部分地区。拉辛的失败使哥萨克缙绅公开采取敌对行动，促使动摇不定的哥萨克转到他们的阵营。1670年12月，拉辛的拥护者在切尔卡斯克被杀，拉辛在卡加利尼克镇的驻地亦遭袭击。政府向顿河哥萨克缙绅许诺：如交出斯捷潘·拉辛和弗罗尔·拉辛兄弟二人并积极参加镇压起义，就可得到宽恕。1671年4月，由于以军事统领雅科夫列夫为首的哥萨克诸缙绅的部队进行第二次征讨，拉辛被俘，并被押赴莫斯科，经法庭刑讯和审判，于1671年6月6日被处死。
然而，军事行动仍在继续着。1671年5月，舍卢佳克和康斯坦丁诺夫率起义大军由阿斯特拉罕出发再次北征。起义军对辛比尔斯克进行3次强攻，均未奏效，6月初返回阿斯特拉罕。8月底，沙皇军队(近3万人)包围阿斯特拉罕。尽管粮弹不足，起义军民仍英勇抵抗达3个月之久。城防首领舍卢佳克谈判时受骗被扣，沙皇许诺宽恕起义军民，因而阿斯特拉罕才在11月27日不战而降。沙皇政府却未履行自己的诺言，从1672年夏开始刑讯和屠杀起义军民。
最初，沙皇政府低估拉辛起义的力量和规模，只派少量军队去镇压。在起义军节节胜利，战争扩展到伏尔加河中游地区和斯洛博达乌克兰后，政府才动员和投入大批军队镇压起义军。沙皇军队在军事学术上的表现，是力图在起义军主要突击方向造成兵力兵器优势。在同起义军作战中，沙皇军队的指挥官采取了极端残酷的镇压手段。例如根据督军们的指令，在战场大批杀害俘虏。
