古代中亚的大宛与中原王朝交往很多，特别是汉朝因为大宛盛产汗血宝马，曾两次派兵远征大宛。但后来大宛衰弱并灭亡。16世纪，金帐汗国迁到乌兹别克斯坦的一个叫明格的部落建立了三个汗国，其中一个就是浩罕汗国，这个汗国虽然在古代大宛的地盘，但已经与汉朝时的大宛截然不同了。
清朝属国
浩罕汗国已经是一个伊斯兰化的国家，但该汗国壮大很快，强盛时曾占领了费尔干纳盆地，该国人种也很复杂，既有乌兹别克人，也有塔吉克人、吉尔吉斯人和哈萨克人。该国首任首领是沙鲁赫，他于1710年建立浩罕汗国时，国家还很弱小，经常受到天山北麓的准噶尔汗国的侵略。
但1757年，清朝征服准噶尔汗国后，解决了浩罕汗威胁，成为与清朝为邻的一个国家。但一些瓦拉贵族以及被清朝征伐的和卓们逃到浩罕汗国避难，于是浩罕汗国就与清朝为敌。
清朝派大将兆惠征讨浩罕汗国时，浩罕国王伊尔达娜向邻国阿卜达里王朝求援，但未能如愿。浩罕汗国只得臣服清朝，成为清朝一个藩属国。
也正是在清朝保护下，浩罕汗国迅速发展起来，经济与军事实力都很强，此时强大了的浩罕汗国开始向外扩张，在18世纪末统一了费尔干纳地区各个小部落。
据记载，1800年，浩罕国王爱里木打败了希瓦汗国，夺取了中亚地区大都城塔什干。攻下塔什干后，浩罕就打通了哈萨克大草原到俄罗斯的通道，爱里木也被各部落称为“大汗”。爱里木死后，他的弟弟奥巴尔汗执政，浩罕汗国达到了前所未有的强盛，并再次向哈萨克地区和吉尔吉斯地区征服，其国土面积北达巴尔喀什湖，西至锡尔河。
浩罕汗国除了向清朝朝贡以外，还与清朝、俄罗斯进行商贸往来，获得了大量经济利益。据资料记载，浩罕商人甚至垄断了新疆的进出口贸易，成为中亚地区一个商贸中心和社会中心。
骚扰宗主国
浩罕强大后，虽然向清朝朝贡，但此时的浩罕汗国势力开始向新疆延伸。清朝也意识到强大浩罕汗国是清朝的一个重大威胁，还有扩张意图。清朝不得不在新疆投入人力财力进行管理。19世纪末，为了遏制浩罕汗国的强大，清朝在新疆开始限制浩罕商人活动，这就为浩罕汗国找到了借口，浩罕对清朝的措施表现出不满情绪，而且对新疆喀什蠢蠢欲动。甚至支持新疆反对清朝的势力。
当清朝要求浩罕汗国引渡大和卓的儿子萨木萨克时，浩罕汗国拒绝了清朝的要求，并在英国支持下，想帮助萨木萨克复国。1820年，萨木萨克死后，浩罕汗国又支持他的儿子张格尔入侵新疆想复国，出兵占领清朝叶尔羌地区，这就是清朝史的“张格尔之乱”。
清朝随即中断与浩罕汗国的来往，出兵平定了张格尔之乱，俘虏了张格尔。但张格尔之乱却让清朝受到沉重打击。为了维持清朝在新疆的统治，清朝不得不与浩罕汗国妥协，允许他们向新疆派长老，浩罕汗国甚至直接在新疆对浩罕商人收税。在清朝的纵容下，浩罕汗国不断在新疆制造事端。
走向灭亡。
浩罕汗国不断骚扰新疆时，该国内部也潜藏隐患。因为浩罕汗国是征服很多部落建立的国家，很多部落不愿受浩罕的统治，国内时常发生部族之间的叛乱。而且19世纪时，另一个强大布哈拉汗国也威胁着浩罕的统治。1842年，布哈拉汗国君主纳斯鲁拉入侵浩罕汗国，并一举攻下浩罕城，杀了阿里汗全族人。从此，浩罕汗国灭亡，其领地被纳入布哈拉汗国。布哈拉汗国占领浩罕城后，还扶植了一个傀儡统治者。但浩罕汗国已然灭国。
不过浩罕汗国虽然被灭，该国还有一个部族在西尔·阿里汗带领下又夺回了政权。但此时浩罕国王由谁来当可汗，就产生内部争斗，毕竟阿里汗没有原来浩罕汗国王室血统，至此浩罕虽然短暂复国，但国内已经分裂，而且各部族之间不断争斗。此时崛起的俄罗斯帝国的势力深入哈萨克草原，曾经强大一时的浩罕汗国无力抵抗俄罗斯的入侵。
但浩罕汗国为了保住自己的领地，居然向同为伊斯兰教的奥斯曼帝国求助，想抵挡沙俄势力。而且这个汗国还与英国保持友好，但此时浩罕汗国已经名存实亡。
浩罕在新疆的势力也时常发生叛乱，已经破坏了浩罕汗国的经济贸易。这股浩罕部族势力，不时在新疆制造叛乱，特别是以阿古柏为首的势力，竟然想在新疆建立的一个国家，后来清朝不得不派左宗棠到新疆平乱。
可见浩罕汗国从强盛到灭亡，并不是清朝打压导致，而是内部叛乱导致其衰弱。左宗棠派兵镇压的只是浩罕汗国的一个首领，与浩罕汗国并无直接关系。1876年2月19日，俄罗斯占领浩罕城，浩罕汗国最后一个可汗纳西尔丁汗投降，至此浩罕汗国灭亡。
