秦姓最早是源自姬姓的周王室，周武王姬发的弟弟周公旦被他封于鲁地，旦由于无暇脱身，于是便派儿子伯禽前往，后来姬姓后裔中又有人被封于秦地，所以就形成了正宗的秦氏一系。当然还有少数是来自于嬴姓，周孝王曾封伯益后人于秦亭，秦国建立不久后被灭，于是遗民便以秦为姓。
1.秦姓始祖:伯禽的后裔
周武王姬发在位的时候将他的弟弟周公旦封于鲁地，但是由于周公旦需要辅佐周王不便离去，所以便将自己的儿子伯禽送去鲁国当国君，而伯禽的后裔中有一系就被封于秦地，于是有部分后人就以地为姓，这也是秦姓最正宗的一系。大多数的典籍都认为不管是燕国的秦开，还是鲁国的秦非，都是伯禽后裔所在的鲁氏秦姓的族人。
2. 源自嬴姓
赢姓秦氏的始祖主要是来自于舜帝时期的执政官伯益，据说周孝王将伯益的后代-非子封于秦亭之地，最终建立了秦国，后来国君传到了子婴的时候，秦国就亡了，因为子婴投降于汉，而秦国的遗民也就取姓为秦，以此来纪念故国，从而也形成了一脉秦氏族人。
3. 源自姚姓
据说在上古时期就已经出现了秦氏，比如舜帝七友中就包含了秦不虚、东不訾、雄陶、方回以及伯阳等，其中秦不虚就被认为是秦氏的先祖之一，但是目前来说并没有资料可循，所以这一说法也是不太被认可的。
4. 源自少数民族改姓
与赵姓起源和来历一样，秦姓也有不少是因为避难、政策等而改姓的少数民族，尤其是在北魏时期推行的汉化政策中改姓的人很多，人数最多的就是蒙古族、满族等，比如清朝时期达斡尔族就改为了秦姓。还有蒙古族的巴尔虎旗穆奇德氏也在清朝改为了秦氏。
