爱奥尼亚起义约499-493年导致了波斯战争，其中包括电影《斯巴达300勇士》中描述的著名战役塞莫皮莱战役，以及一场马拉松长跑比赛的名字。爱奥尼亚起义本身并不是在真空中发生的，而是在其他紧张局势之前发生的，尤其是纳克索斯的麻烦。爱奥尼亚希腊人起义的原因基于曼维尔:不得不向波斯国王进贡，国王未能理解希腊人对自由的需求。作为对小亚细亚经济危机的回应，阿里斯塔科拉斯希望摆脱因纳克索斯远征而导致的阿塔弗瑞内斯的困境。
希斯蒂约斯希望摆脱在苏萨温和的囚禁，纳克索斯探险队中的人物。以希罗多德为基础介绍爱奥尼亚起义有关的主要名字是那些参加纳克索斯远征的人:希斯提阿斯，吕萨哥拉的儿子，米利都的暴君公元前515-493。阿里斯塔格拉斯公元前505-496年，莫尔帕哥拉斯之子，雄心勃勃的女婿，希斯泰奥斯的副手。阿塔普赫尼斯，莉迪亚总督，小亚细亚。大流士公元前521-486年，波斯伟大的国王，阿塔普赫尼斯的同父异母兄弟，他是大流士和波斯海军指挥官的表亲。
米利都的阿里斯塔斯托拉斯和纳克索斯远征，纳克索传说中的忒修斯抛弃阿利亚德涅的繁荣的基克拉迪群还没有在波斯的控制之下。拿西亚人赶出了几个财主，他们逃到米利都，要回家去。他们向阿里斯塔科拉斯求助。阿里斯塔古拉斯是米利都的副暴君，米利都是真正的暴君希斯蒂亚约斯的女婿，在波斯国王大流士与斯基提亚人的战斗中，米里基诺斯在多瑙河大桥上的忠诚得到了奖赏。于是王请他到撒狄去，大流士将他带到书珊去。阿里斯塔科拉斯同意援助流亡者，并请求西亚的总督阿塔普赫尼斯帮忙。在得到达瑞斯的许可后，阿塔派赫内斯向阿里斯塔科拉斯派遣了一支由200艘船只组成的舰队，由一位名叫迈格贝茨的波斯人指挥。
阿里斯塔戈拉斯和纳西安的流亡者与迈格贝茨等人一起启航，他们假装前往达达尼尔海峡。在基奥斯，他们停下来等待有利的风。与此同时他巡视了他的船只。他发现有一个人被忽略了，就命令司令官惩罚他。阿里斯塔科拉斯不仅释放了指挥官，还提醒迈格贝茨，迈格贝茨只是二把手。由于这种侮辱，他背叛了行动，提前通知了。这给了他们准备的时间，所以他们能够在米里斯-波斯舰队的到来和四个月的围攻中幸存下来。最终，战败的波斯人和米利西亚人离开了，流亡的纳克索斯人在周围建造了堡垒。
希罗多德说，阿里斯塔科拉斯害怕波斯因战败而报复。他向一个奴隶，阿里斯塔托拉发送了一个秘密消息，关于他头皮上藏着的叛乱。反抗是阿里斯塔戈拉斯的下一步行动，阿里斯塔科拉斯说服他加入的那些人，让他们起来反抗。持保留意见的人之一是笔迹学家赫卡泰奥斯，他认为波斯人过于强大。当赫卡泰厄斯无法说服安理会时，他反对以军事为基础的计划，转而敦促海军采取行动。
在对纳克索斯的远征失败后，阿里斯塔科拉斯成为他们革命运动的领袖，爱奥尼亚的城市废黜了亲波斯的希腊傀儡暴君，取而代之的是一个民主政府，并准备进一步反抗波斯人。因为他们需要军事帮助，阿里斯塔科拉斯越过爱琴海来到希腊大陆寻求帮助。阿里斯塔古拉斯为其军队向斯巴达请愿失败，但雅典和埃瑞特里亚为爱奥尼亚群岛提供了更适当的海军支持，正如历史学家赫加泰厄斯所敦促的那样。来自爱奥尼亚和大陆的希腊人一起掠夺和烧毁了莉迪亚首都萨迪斯的大部分地区，但阿塔弗瑞内斯成功地保卫了这座城市的城堡。
希腊军队撤退到以弗所，被波斯人击败。拜占庭、卡里亚、库努斯和塞浦路斯大部分地区都加入了爱奥尼亚起义。虽然希腊军队偶尔会取得胜利，比如在卡里亚，但波斯人正在取得胜利。阿里斯塔古拉斯把米利都交给毕达哥拉斯，然后去密基诺斯，在那里被色雷斯人杀死。希斯蒂约斯告诉波斯国王，他将安抚爱奥尼亚，说服大流士让他离开。希斯蒂约斯离开苏萨，来到撒狄，试图重新进入米利都，但没有成功。在莱德的一场主要海战导致了波斯人的胜利和伊奥尼亚人的失败。米利都下降。他是被阿里斯塔格拉斯抓获并处死的，他可能是嫉妒他与大流士的亲密关系。
