但是到了清初，却出了一位不要国家俸禄，不收传主后人贿赂，专心修成《明史》的史学大家万斯同。万斯同(1638-1702)，浙江鄞县人，字季野，号石园，门生私谥贞文先生。
万斯同幼年聪慧异常，十四五岁时，他已遍读家中藏书;十七岁那年，其父又送他跟诸兄一起受业于浙东学派的一代宗师黄宗羲，成为最得力弟子，热爱明史的研究。后来有机会专门研读了明十五朝实录。为他以后编纂明史，打下了扎实的基础。
但是正如其师黄宗羲一样，万斯同也重气节，不愿为清廷的官。1678年，有大臣推举万斯同为博学鸿词科，他坚辞。1679年，大学士徐元文任修明史馆总裁，又荐他入馆，他开始仍不愿去，但老师黄宗羲觉得这是挽救明史的好机会，劝他赴京。送别时，黄宗羲以“四方身价归明水，一代奸贤托布衣”的名言相赠鼓励他。当时，凡入史馆者至少可授七品俸禄，但万斯同赴京后，只寓居于徐元文家，不受官职，不受俸禄，以布衣身份入馆修《明史》，担任实际上的主编，前后达十九年。
万斯同对明史情有独钟，研究深入，编纂严谨。所以万斯同坚持史实至上，绝掺不得任何渣滓。清代陈康祺《郎潜纪闻初笔》载：有个运粮饷的官员，半路上遇到强盗，吓得逃到山里而死。死者的孙子怀藏白银，送给万斯同，请求他把死者，附在《忠义传》里。万斯同说道：“史家之笔是中流砥柱，歪曲不得。你想让我当第二个陈寿吗?”
