乌龟的祖先是原颚龟，根据演化分类来看，乌龟是从杯龙类动物分化而来的，而目前发现的最早的龟化石则是诞生于2亿年前的原颚龟，所以可以说几乎一切的龟鳖类的祖先都是原颚龟，它长有坚硬的背甲，但是无法将身体缩入壳内。
原颚龟诞生于2亿年前的三叠纪末期，属于龟鳖类中最古老的物种，因此也是现代龟类的最原始祖先，它的外形和现代普通龟类相比极为庞大，体长可以达到6米，有着龟类的原始特征，比如它的牙齿开始退化消失，身体虽然长有背甲，但是无法缩入其中等，原颚龟最独特的点就是它的背甲上长满了坚硬的金字塔状突起。
原颚龟的外形都是一些最基本的龟类特征，所以原颚龟之后的龟类进化都是在它的基础之上出进行的，比如后期的龟鳖类牙齿完全消失，开始向着角质喙状进化，而原颚龟则在颚骨部分还长有牙齿，后期龟鳖类还发展出能够将脑袋、四肢以及尾巴等多个部位全部缩入壳内的能力，但是原颚龟还没有，而这一切都让之后的龟类能更好的适应环境。
乌龟最初是由杯龙类动物演化来的，虽然颅骨数量在进化过程中逐渐减少，但是它还是保留着原始爬行类的坚硬头骨特征，直到后来为了更好适应环境，才更多的演化出其他特征，比如它的角质喙状嘴巴可以更好的切割，不管是肉还是植物都能轻易的切碎，而且它的脚趾数量也开始减少，最终海龟类动物甚至还进化出了鱼鳍状的四肢。
其实乌龟最独特的外形变化就是背部的龟甲，在乌龟祖先原颚龟开始，它们就代代保留了龟甲，主要是由肋骨过分演化而来，最终将乌龟的四肢和躯干几乎全部都包裹住了，最终腹部也发展出了腹甲，都是骨骼特化而成，也就逐渐放弃了爬行类的灵活性，而加强了龟鳖类的防御能力，而这样的选择也确实由时间证明是对的，因为龟鳖类几乎是目前四足类脊椎动物中最原始的物种之一。
