在搜捕名单上，康有为、梁启超师徒风闻事变，立即在外国友人的帮助下，逃往海外避难。而其他人等或自甘授首、或躲避不及，未能逃脱追捕。徐致靖、刘光第、林旭、杨锐、杨深秀、谭嗣同、康广仁七人被捕下狱，被判斩立决。
徐致靖在当时官至礼部侍郎，是朝中的开明派人物。在变法之初，康有为、梁启超、谭嗣同、黄遵宪、张元济这五名维新干将，就是由徐致靖向光绪上书保荐的。戊戌政变后，徐致靖因此受到牵连，但由于李鸿章出面为其求情，徐致靖最终保住了一条性命。
也正因如此，本应一同被杀的“戊戌七君子”，因徐致靖逃过了一劫，只留下了“戊戌六君子”的英雄传奇。
让我们回到正题。原本，清政府是有堂而皇之的理由处决戊戌六君子的。根据《清实录·光绪朝实录》对此事的记载，在戊戌政变后，光绪下了一道谕旨：
“主事康有为首倡邪说，惑世诬民，……前日竟有纠约乱党谋围颐和园，劫制皇太后陷害朕躬之事。幸经觉察，立破奸谋。又闻该乱党私立保国会，言保中国不保大清。其悖逆情形，实堪发指。……康有为学术乖僻。其平日著作。无非离经畔道非圣无法之言。”
清政府给康有为等维新党派公布的几条罪状，一是“妖言惑众”、二是“乱党谋反”、三是“离经叛道”，其中最为严重的就是谋反这条大罪。当时有传闻说，康有为等人曾得到光绪授意，谋划率众包围颐和园，绑架甚至杀害慈禧太后，让光绪重掌大权。仅仅是意图绑架太后这条罪名，按照《大清律例》，就足以诛他们九族了。
不过奇怪的是，在处决戊戌六君子之后，无论朝野中外，都有许多人对清政府的这套说辞表示怀疑。
尤其是戊戌六君子已被斩首，死无对证，康有为、梁启超又拒不承认有谋反之事，导致后来清政府的宣传工作极其被动。尽管清廷极力澄清，但大家都倾向于相信这是慈禧强加给六君子的罪名。
用最近很流行的一个词语来说，清政府在此事件中陷入了“塔西佗陷阱”中，公信力出了问题，无论说什么话，大家都不愿相信。
清政府在此事中失去公信力，基本上是咎由自取。首先，在办理此案的过程当中，清政府就没有走正规的司法程序。
在《花随人圣庵摭忆》一书中，记载了当时看守的狱卒所描述，六君子临刑前的一则小故事。
在处决当日，狱吏提六君子出监时，带他们从监狱的西角门走出。刘光第曾任刑部主事，知道从西角门出，意味着带犯人到市曹斩首，于是大骂道：“未提审、未定罪，即杀头耶?何昏聩乃尔!”
事实上，戊戌六君子处刑的确是“未审先斩”，没有经过正式的司法流程。对不审而斩的原因，在上面那道谕旨中，光绪解释说，
“旋有人奏稽延日久，恐有中变。朕熟思审处，该犯等情节较重，难逃法网，傥语多牵涉，恐致株连，是以未俟覆奏，于昨日谕令将该犯等即行正法。此事为非常之变，附和奸党，均已明正典刑。康有为首创逆谋，恶贯满盈，谅亦难逃显戮。现在罪案已定，允宜宣示天下。”
这一则解释非常令人困惑。朝廷对搜捕维新党人，明明是出动了雷霆手段，从严从重、顶格处罚。但在这里，又说害怕株连过广，因此不等审结就先将犯人正法。这于情于理，都是不太说得过去的。
此外，前面这道谕旨，以光绪的名义来发表，也让人疑窦丛生。诚然，慈禧用光绪名义发表这道谕旨，是想对外营造两宫和睦的假象，防止给洋人插手宫中事务的借口。
然而，慈禧回宫训政，天下皆知;光绪被囚禁，也是公开的秘密。此处用光绪的口吻，来痛斥他自己之前一直重用的臣子，反而坐实了皇帝已被太后控制的事实。清政府企图在谎言的基础上，来澄清一个真相，是绝难得到大部分民众的认可的。
清政府之所以这样做，主要还是前面提到的，慈禧老太后出于担心洋人插手大清事务顾虑。担心拖延日久，洋人过问戊戌政变及囚禁皇帝之事，会使光绪倒向洋人一方，来与她分庭抗礼。是故慈禧决定尽快将这六人斩首，以免节外生枝。
但慈禧没想到的是，她这样直接将戊戌六君子公开处刑，也带来了许多副作用。由于程序不规范、澄清的公告逻辑不严谨，让国内外舆论指责大清皇权压倒法律。即便清政府对康有为等人谋反的指控并非无中生有，但人们都更愿意相信这只是清廷单方面的欲加之罪。
清政府对此事的处理不当，让康有为、梁启超师徒有机会撇清谋反举动，将自己塑造成受政治压迫的变法英雄，打着戊戌六君子为改革流血牺牲的旗号，在海外散播抨击清廷的言论，博得了许多舆论的同情，也给大清的国际形象造成极大的负面影响。
清政府指控维新党人谋反，但康、梁却拒不承认。那么，究竟纠众包围颐和园，绑架甚至杀害慈禧太后的计划，是否真的存在呢?
从遗留下来的史料看，尽管康有为等人曾试图掩盖真相，但仍有一些蛛丝马迹残存了下来。综合各方面的证据，应当认为维新党在当时，是有过“围园杀后”的意图的。
证据一：康有为篡改光绪密诏
在维新变法后期，光绪自知变法过急，已经触怒慈禧太后，自己的皇帝之位也是朝不保夕。为抓住最后一根救命稻草，光绪通过杨锐向宫外的维新党人发出了一封衣带诏。这份诏书，后来辗转于杨锐的儿子杨应昶、学生黄尚毅之手。1909年，他们将这份密诏交还给了清政府都察院。
“ 近来朕仰窥皇太后圣意，不愿将法尽变，并不欲将此辈老谬昏庸之大臣罢黜，……今朕问汝，可有何良策，俾旧法可以全变，将老谬昏庸之大臣尽行罢黜，而登进通达英勇之人，令其议政，使中国转危为安，化弱为强，而又不致有拂圣意。尔其与林旭、刘光第、谭嗣同及诸同志等，妥速筹商，密缮封奏，由军机大臣代递。候朕熟思，再行办理。朕实不胜十分焦急翘盼之至。特谕。”
从这份诏书中可以看出，光绪的意图最多只是罢黜老谬昏庸之臣，推行变法，但前提是不能“有拂圣意”。可见，光绪当时的想法是比较保守的，其本人并未敢有劫持太后的念头。
光绪这份密诏，主要是发给杨锐、林旭、刘光第、谭嗣同这军机四章京的，康有为可能也曾见过这份密诏。后来戊戌六君子被处斩，康有为流亡海外之时，以为这份密诏已经丢失，无人知道真实内容，于是对其内容进行了篡改。
“朕维时局艰危，非变法不能救中国，非去守旧衰谬之大臣，而用通达英勇之士不能变法，而太后不以为然。朕屡次几谏，太后更怒。今朕位几不保，汝可与杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第及诸同志妥速密筹，设法相救，十分焦灼，不胜企盼之至。特谕。”
在这份诏书里，康有为不但把光绪的主要求助对象从杨锐换成了自己，而且还将光绪对变法之策的询问，变成了走投无路的呼救。这样一来，虽然康有为并不承认有“杀后”计划，但万一事情败露，也给自己铺好了后路。凭着这一说辞，康有为在海外募集了许多华侨捐款，说要杀回瀛台，救出皇上。但他却始终不肯把这份诏书的原件公布出来。
证据二：袁世凯的说法与梁启超的信件
关于维新党人意图谋反的举动，主要是由袁世凯抖出来的。后来，袁世凯也在《申报》上公开了他当年的日记。在这段戊戌日记中，袁世凯记录了在政变前夜，谭嗣同前来邀他共谋大计，劫持慈禧以归政光绪的过程。
“(谭嗣同)出一草稿，如名片式，内开：‘荣某废立弑君，大逆不道，若不速除，上位不能保，即性命亦不能保。……迅速载袁某部兵入京，派一半围颐和园，一半守宫，人事可定，如不听臣策，即死在上前。’各等语。予闻之魂飞天外，因诘以：‘围颐和园欲何为?’谭云：‘不除此老朽，国不能保。此事在我，公不必问。’”
也正是基于袁世凯的指控，清政府才给维新党定了谋反之罪。对于袁世凯的说辞，康、梁二人均矢口否认。在1908年，康有为给光绪的同父异母弟，摄政王载沣写了一封书信。在书信中，康有为给自己进行了辩白。
“戊戌春夏之交，先帝发愤于中国之极弱，强邻之侵凌，毅然维新变法以易天下。其时慈宫意旨所在，虽非外廷所能窥伺，就令两宫政见小有异同，而慈孝感召之诚，终未尝因此而稍杀。自逆臣世凯无端造出谋围颐和园一语，阴行离间，遂使两宫之间常有介介，而后此事变遂日出而不穷，先帝所以备历艰险以迄今日，实惟此之故。”
按康有为信中之意，维新党意图谋反，完全是袁世凯生造出来的。他还把光绪皇帝被慈禧囚禁十年的责任，全都推到了袁世凯一人的头上。当时载沣正想借机打击袁世凯，因此康有为的说辞，颇能中其下怀。
但是康有为的说法，却有一个疑点。因为当年谭嗣同想拉袁世凯下水，袁为保命而向太后出卖他们，道理上是说得通的。但若维新党没有谋逆之举，袁世凯却诬告他们谋反，不但对袁自己没什么好处，反而会因此担上巨大的风险。袁世凯乃精明绝顶之辈，断不会为这种有百害而无一利之事，赌上自己的政治前途。
近年来，学者杨天石在《万木草堂遗稿外编》中，发现了当年梁启超寄给康有为的一封书信，对破解上述难题颇为关键。信中说道：
“师所上监国书奉到时。袁贼已败，故措词不能不稍变易，已僭改若干，誊写递去矣。戊戌密谋，鄙意谓必当隐讳，盖投鼠忌器，今两宫皆殂，前事非复嗣统者所忍言。非伤德宗，伤孝钦，为监国计，实无从理此曲直也。故弟子写信入都，皆力辩戊戌绝无阴谋，一切悉由贼虚拟，专归罪于彼一人，则能够开脱孝钦，而事易办，师谓何如?望尔后发论，跟此一线，以免异同，为叩。”
原来康有为前面这封《上摄政王书》，原稿是先寄给了徒弟梁启超，再由梁启超代呈给载沣的。梁启超在信中说，自己对康有为的上书进行了一些修改，而修改的部分，就是当年的“戊戌密谋”。
从梁启超的字面意思理解，应该可以推断，在康有为一开始的上书中，是透露了些许当年维新党谋反的秘密的。但梁启超认为此事若公告天下，舆论将对己不利。于是梁启超对这封上书进行了“僭改”，并要求康有为和他统一口径，咬定“一切悉由贼(袁世凯)虚拟，专归罪于彼一人”，以免两师徒说法不一致，让人给留下了口实。
此封书信本意为掩盖戊戌真相，不料后来未被销毁，反而成了揭露真相的关键证据之一。
证据三：尘封多年的日记浮出水面
在当年的“围园杀后”计划中，谭嗣同对袁世凯说，“我雇有好汉数十人，并电湖南招集多人”。因此，这里面还有一位关键人物，即维新党雇佣而来，组织进行最后“杀后”这一步骤的实施者。他的名字，叫做毕永年。
毕永年是湖南长沙人，在“围园杀后”失败后，他逃到了日本，后来加入了孙中山的兴中会。在上世纪80年代，日本外务省公开了一批档案，其中就有毕永年当年关于这一事件的日记《诡谋直纪》。
在日记中，毕永年记录了行动开始前，康有为与他的秘密对话。一则为：
“或以百人交汝率之，何如?至袁统兵围颐和园时，汝则率百人奉诏往执西后而废之可也。”
另外一则是梁启超转达康有为的命令：
“顷梁君谓我云，先生(康有为)之意，其奏钢皇上时，只言废之，且俟往颐和园时，执而杀之可也。未知毕君肯任此事乎?”
若毕永年此日记不是伪造，从公布的资料来看，基本坐实了当年康有为等维新党策划“围园杀后”的阴谋。只是康、梁师徒为了自己政治上的利益，对此三缄其口，一直在竭力掩盖真相。而袁世凯公布的所谓真实记录中，其实也有为自己文过饰非，篡改史实的行为。因此，袁世凯和康有为等人在这段历史上纠缠不清，无非都是为自己一方的利益集团服务而已。
