泗州古城始建于公元579年，时为北周宣政元年，因该城倚泗水而建故名泗州，泗州的具体城址在江苏宿迁市泗阳县郑楼乡。唐朝开元23年，唐玄宗将泗州迁址到泗洪县最南端，在汴河和淮河的入口之处，以利于漕运管理。
到了明朝时期，泗州城北有皇帝的祖陵，此地被视为明朝的龙兴之地。每当重大节日，皇室贵族、重臣高官云集于此，举行盛大的祭祀典礼。而这时候的泗州，经过一千年的发展，已然是一座繁华热闹、极具规模的城市。泗州城市轮廓呈椭圆形，里面有住户近万，十五条街道三十四条巷子，寺庙、高塔、楼台、祭坛等数十座，并且有里城一座，辅城四十五座。
泗州城地势低洼，城内城外河沟密布，是名副其实的水城。自建城以来，多次遭受洪水肆虐。尤其是清朝以后，统治者不懂疏导洪水，只会筑造水坝拦水，造成了更大的安全隐患。1860年，在连下70天暴雨之后，泗州古城终于遭遇灭顶之灾，带着千年的荣耀淹没在滚滚洪涛之中，并被厚厚的泥沙掩埋，在水底沉睡了三百年之久。同时，泗州古城是中国唯一的灾难性古城，具有浓烈的悲剧色彩。
关于这场水淹泗州的浩劫，民间一直流传有各种传说，让它蒙上了神秘的面纱。1963年，在淮河上空出现了海市蜃楼的奇观。泗州古城曾经的街道、树木、人流、车马隐隐约约呈现在空中，令人惊叹。
近年来，泗州古城渐渐浮出水面，面貌逐渐公开于众。考古学者汇集在这里，对古城遗址进行大量的发掘和研究。它原滋原味地保留了清朝时期的原状，具有巨大的考古价值。目前，已经出土一批珍贵的文物。
