中心由林毅夫、张维迎、海闻等从海外归来的经济学家于1994创建，林毅夫教授为第一任中心主任。2012年11月起，姚洋担任国发院第三任院长。
2008年，在北京大学中国经济研究中心基础上，北京大学国家发展研究院（NSD）组建，中国经济研究中心（CCER）作为国家发展研究院（NSD）内设机构（由于历史的影响现如今，大众所指ccer或中心就是如今的国家发展研究院），将集中精力组织学术、科研活动，推进经济学科建设，继续为中国经济的改革和发展、为当代经济学理论的研究做出贡献。姚洋教授担任中国经济研究中心（CCER）主任，赵耀辉教授、朱家祥教授担任中国经济研究中心（CCER）副主任。
办学宗旨中心成立目的在于动员各界资源，聚集一批杰出中青年经济学、管理学者，为北京大学的教学科研、为中国经济改革和发展、为当代经济学、管理学理论的研究做出贡献。中心立志于推动中国经济研究的本土化、规范化和国际化。中心直属北京大学，实行学校和董事会领导下的主任负责制。
办学背景中心成长于中国经济高速发展的时代，以中国顶尖学府——北京大学为依托，坐拥昔日皇家园林——“朗润园”。在这个大好机遇下，中心秉承北大优良学术传统，以推动中国经济改革和发展为己任，以建立一所世界一流的经济学和管理学研究与教学机构为目标，不懈致力于科研发展、教学革新、人才培养、国际国内学术交流与合作。
研究方面在研究方面，中心专职研究人员根据个人学术专长和兴趣对经济管理理论和我国经济改革与发展中各个领域的主要问题进行研究，撰写了一系列报告，在国际国内一流学术期刊发表论文和出版专著。中心还接受政府部门、国际组织以及企业的委托，对我国当前改革和发展中的热点难点问题进行专题研究。
教学方面在教学方面，中心按国际一流大学的标准开设博士、硕士、本科生双学位和国际MBA课程，培养了大量经济管理人才。博士硕士专业包括经济学、金融学和管理学等；经济学双学位（学士学位）和辅修招收北京大学非经济学专业的本科生和校外符合条件的其他学生。中心还与美国20余所大学联合举办北京大学国际MBA项目（英文简称为BiMBA），共同培养面向国际、面向未来的高级经营管理人员。
培训方面在培训方面，中心设立培训项目，为高校经济学和管理学教学培训师资，为新闻媒体培训财经记者，为国内外企业和其他机构提供咨询和培训服务。
学术交流在学术交流方面，除参加各种国内外学术会议外，中心经常邀请国内外著名学者、政要、企业家等来中心讲学和访问。定期举办“经济理论与政策研究”、“金融论坛”、“BiMBA讲座”等系列讲座；不定期主办或与国内外其它机构合办国际性学术会议，以加强学术交流和提高研究水平或对国内外重大政策问题进行讨论。中心还设立客座研究项目，每年邀请国内外经济学者到中心进行短期客座研究。
出版物中心还出版内部讨论稿、简报以及《经济学》（季刊）（经济学季刊分中英文版，英文版名为China Economic Quarterly）等各种出版物，在学术界、决策界和舆论界普受好评。内部讨论稿为中英文双语刊物，刊登中心研究人员、客座研究人员及其它学者的学术研究成果。内部讨论稿主要用于国内外学术机构、政策研究部门和学者之间的交流。中心不定期出版的简报主要用于向决策部门及媒体报道中心的活动和介绍中心的研究成果。
网上联系方式中心设有互联网页，介绍中心的基本情况，及时发布中心的研究成果和报道中心的各项活动。中心还建有中国经济学教育科研网，以促进中国经济学界的交流，该网已经成为中心发起的“中国经济学年会”的官方网站。
CCER的发展，得到了北大领导和社会各界的支持，凝聚了一批具有共同理想和信念的师生员工的心血。回顾过去，展望未来，CCER将与时俱进，努力为中国经济的改革和发展、为经济学的教学和科研做出更大的贡献，使中国经济研究中心成为一所中国第一、世界一流的科研、教学机构。
陈平
北京大学国家发展研究院经济学教授。中国科技大学物理系物理学学士（1968），美国德克萨斯大学（奥斯汀）物理学博士（1987）。
主要研究与教学领域：金融工程学，宏观经济。
宫玉振
北京大学国家发展研究院教授。军事学博士，主要研究领域：大国国家发展战略，不确定环境下的领导力与竞争战略，战略文化与战略行为，中国文化中的领导力。
海闻
北京大学国家发展研究院经济学教授。北京大学经济学学士（1982），美国加利福尼亚大学（戴维斯）经济系博士（1991）。
主要研究与教学领域：国际经济学，发展经济学。
胡大源
北京大学中国经济研究中心副主任李玲
北京大学国家发展研究院经济学教授。中国人民大学经济学学士（1983），河北农业大学农学硕士（1988），美国肯 塔基大学应用经济学博士（1995）。主要研究与教学领域：环境与资源经济学，区域经济学，应用计量经济学。
黄益平
北京大学国家发展研究院经济学教授。澳大利亚国立大学经济学博士，曾担任花旗集团董事总经理、大中华首席经济学家、亚太区首席经济学家
研究领域：宏观经济、国际金融、农村发展
黄卓
北京大学国家发展研究院助教授，斯坦福大学经济学博士，其论文曾荣获2012-2013年度Journal of Applied Econometrics颁发的“Richard Stone最佳论文奖”
研究领域：应用计量经济学，金融计量学，实证金融学，能源和大宗商品市场
霍德明
北京大学国家发展研究院教授，台湾政治大学教授，中华金融学会秘书长，罗切斯特大学经济学博士。
研究领域：货币金融，宏观经济，经济增长。
雷晓燕
北京大学国家发展研究院副教授，美国加利福利亚大学洛杉矶分校经济学博士
研究领域：劳动经济学，健康经济学，应用计量学。
李力行
北京大学国家发展研究院副教授，马里兰大学经济学博士
研究领域：制度与发展，人力资本，公共财政，城市经济学，政治经济学
李玲
经济学教授，美国Towson大学经济系终生教授。武汉大学物理学学士（1982）, 美国匹斯堡大学经济学硕士（1990），美国匹斯堡大学经济学博士（1994）。
主要教学和研究领域：卫生经济学，卫生管理，老年经济学，经济增长理论。
林毅夫
北大中国经济研究中心主任林毅夫
经济学教授。台湾政治大学工商管理硕士（1978），北京大学经济学硕士（1982），美 国芝加哥大学经济学博士（1986）。主要研究与教学领域：农业经济学，发展经济学，中国经济改革。
卢锋
经济学教授。中国人民大学法学学士（1982），中国人民大学经济学硕士（1985），英国利兹大学经济学博士（1994）。
主要研究与教学领域：农业经济，中国经济史。
马浩
管理学教授。北京工业学院管理工程学学士（1987），黄河大学经济管理专业研究生班毕业（1989），美国德克萨斯大学奥斯汀校区战略管理学博士学位（1994）
主要研究与教学领域：竞争优势的实质和起因，企业领导决策模式等。
平新乔
经济学教授。华东师范大学政治教育学学士（1973），北京大学经济学硕士（1985），美国康乃尔大学经济学博士（1998）。
主要研究与教学领域：微观经济学，产业组织理论，财政学。
沈明高
南京农业大学农业经济学士（1985），中国社会科学院农村发展研究所硕士（1988），美国斯坦福大学国际发展政策硕士（1995），美国斯坦福大学经济系博士（2001）。
主要研究与教学领域：公司金融，发展经济学，比较制度分析，中国转型经济。
沈艳
北京大学国际经济系学士（1997），美国南加州大学经济学博士（2003）。
主要研究与教学领域：计量经济学，宏观经济学，板块资料分析。
施建淮
经济学副教授。南京大学数学学士（1982），上海财经大学经济学硕士（1987），日本大阪大学经济学博士（1999）。
主要研究与教学领域：宏观经济学, 国际金融学，货币银行学。
宋国青
经济学教授。北京大学地质学学士（1982），1991－1995就读于美国芝加哥大学经济系，经济学博士候选人。
主要研究与教学领域：宏观经济学，金融经济学。
汪浩
南开大学数学学士（1992），中国人民大学信息系经济学硕士（1995），俄亥俄州立大学经济系经济学博士（2002）。
主要研究与教学领域：产业组织，企业战略，反垄断。
杨壮
管理学副教授。北京大学英语语言文学系学士（1974），普林斯顿大学公共关系硕士（1984），哥伦比亚大学社会学硕士（1986）及工商管理博士（1991）
主要研究与教学领域：管理学基础、人力资源管理和组织行为学。
姚洋
经济学教授。北京大学地理学学士（1986），北京大学经济学硕士（1989），美国威斯康星大学农业经济学博士（1996）。
主要研究与教学领域：农业经济学，宏观经济学。
易纲
经济学教授。美国哈姆林大学管理学学士（1982），美国伊利诺大学经济学硕士（1984）和博士（1986）。
主要研究与教学领域：宏观经济学，货币银行学，计量经济学。
曾毅
经济学教授。华东师范大学理学学士（1986），比利时布鲁塞尔自由大学人口学博士（1986），1986－1987年在美国普林斯顿大学从事博士后研究。
主要研究与教学领域：人口经济学，老龄健康与经济发展，家庭人口预测分析方法及其在市场经济与社会规划中的应用，人口政策分析。
赵耀辉
经济学教授。北京大学经济学学士（1985）和硕士（1987），美国芝加哥大学经济学博士（1995）。
主要研究与教学领域：劳动力经济学，微观经济学，农业经济学。
朱家祥
经济学教授。台湾东吴大学经济学学士（1980年），台湾大学经济学硕士（1982年），美国加州大学（圣地亚哥分校）经济学博士（1990年）。。
主要研究与教学领域：计量经济学理论；时间序列分析；财务金融实证
“下个世纪将是中国经济学家的世纪。”这是10多年前，北京大学中国经济研究中心（CCER）主任林毅夫在中心成立之初的一句豪言。当所有的人把它当作一句祝词时，林和易纲、海闻3位初创元老却把它当作CCER奋斗目标，开始了迄今10几年的实践。
作为“播火者”，CCER系统地将原汁原味的现代经济学带到了中国经济学的教育中，将分析和研究现实经济问题的经济学分析工具引入了中国经济学术界，大大改变了中国经济学学术和教育与现代经济学严重脱节、与中国经济现实脱节的被动局面。从大学普通教育到硕士、博士的培养，从中外合作的MBA项目到高级培训教育，受惠者不仅有学生、教育科研者，还包括企业高级管理层、政府官员。CCER“授人以渔”，使现代经济学在中国有了繁荣和壮大的肥沃土壤。
作为“开拓者”，CCER致力于中国经济转轨的研究，将“经世济用”的理想融入了对中国改革的关注。林毅夫“比较优势”理论不但弥补了发展经济学的缺憾，更扎实地解释和探索了中国发展道路和方向；宋国青以精当准确的宏观经济分析，展现了现代宏观经济分析与中国现实国情的结合；易纲由于对中国货币、信贷和银行业的出色研究，学而入仕成为中国人民银行行长助理；卢锋和姚洋对中国农村问题和粮食问题的研究，丰富了中国“三农”问题的改革思路……
这是一个不断聚集壮大的学术精英团体，和而不同，又各有专攻，从宏观到微观、从国际到国内，将研究阵地置于学术最前沿，构成了新世纪中国经济学家中最前卫的一组群像。
作为“桥梁”，CCER将中国的改革、中国的现代经济学研究介绍给了国际经济学界，同时将国际经济学同人及其思想介绍给中国。一来一往，让中国与世界走的越来越近，让国际主流经济学界越来越关注中国经济，关注中国改革引发的经济学思考。从1998年开始，前美国总统经济顾问委员会主席、美国国家经济研究局（NBER）局长马丁·费尔丁斯坦领导下的NBER经济学家代表团与CCER已经联合举行了6届中国经济改革与发展年会。每一次年会，马丁·费尔丁斯坦都带领多位世界一流的经济学家来到中国，与国内的经济学家和政府官员探讨中国经济问题，研究中国经济改革。
不仅如此，CCER还经常邀请世界著名的学者、专家和政治领袖，包括诺贝尔经济学奖获得者道格拉斯·诺斯、詹姆士·莫里斯、罗伯特·福格尔、阿马蒂亚·森、罗伯特·蒙代尔、詹姆斯·海克曼、约瑟夫·斯蒂格利茨、弗农·史密斯；前芝加哥大学经济系主任和美国经济学会会长盖尔·约翰逊、芝加哥大学经济系主任罗伯特·唐森、前后两任哈佛大学国际发展研究所所长德怀特·珀金斯和杰弗里·萨克斯、美国前总统吉米·卡特、澳大利亚前总理霍克、美国商业部部长威廉·戴利，以及世界贸易组织总干事雷诺托·鲁杰罗等前来讲学。通过这些世界著名的学者、专家和政治领袖的到来，中国经济改革和中国经济研究备受世界瞩目。
作为CCER开创者之一的易纲，回顾往事感慨万千，“我们当时想请中国在海外学成的学者，特别是优秀的教员和研究人员能够回到中国，在中国扎根，在中国进行教学、科研，并且进行中国改革的政策研究和经济学的理论研究，使得中国的经济在世界中的位置越来越重要，使得中国的经济学研究也在世界上占有一席之地。这几个目的都达到了，甚至远远超过我当初的预想。”
1994年——CCER元年
1994年8月17日，北京大学第347次校长办公会研究决定，成立北京大学中国经济研究中心，明确中心为实体机构。同时任命林毅夫为中心主任，易纲和海闻为中心副主任。
同月下旬，林毅夫由国务院发展研究中心来校工作，易纲、海闻、张维迎、张帆、余明德回国到中心工作。
9月，中心正式开展工作，当年为经济学院和管理学院开设了宏观经济学、微观经济学、计量经济学和发展经济学4门课程。
这一年林毅夫42岁，一年前获中国经济学界最高奖——孙冶方经济学奖。这位芝加哥大学经济学博士、诺奖获得者舒尔茨的弟子，为了在中国建立一座像世界经济学“重镇”芝加哥大学经济系那样的学术机构，酝酿了多年。终于和同岁的海闻、36岁的易纲、35岁的张维迎走到了一块，实现了愿望的第一步。
林毅夫把自己归入鸦片战争后的第6代知识分子：从林则徐、魏源等人的“师夷人之长以制夷”，历经维新时期的康、梁、严复，到孙中山，到陈独秀、李大钊和毛泽东，到学习马克思革命理论的一代知识分子，经历了向西方学习物质技术、政治制度、文化民主、革命理论的过程。
而今，他们这一代向西方学习只是一种研究方法。“西方的理论和经验在我的知识结构中不起决定性作用，而恰恰是中国自身的经济发展已在世界上创造了奇迹，我们要做的是研究它并且提升它为理论。”他回忆道，当初决定回国时，有人劝他，回去后不易看到文献了，对研究不利。林笑了，他说：“我从来就不是从文献出发的。”
虽然CCER一开始就被当作北大的学术“特区”，但校方只能提供简单的设施，6位“海龟”博士坐在简陋的北大老地学楼109号办公室，坚信这是一块“孵化”未来中国诺奖获得者的热土。媒体怀着兴奋的心情表达了对这个机构的厚望，但又用保留的态度关注林毅夫等人“开创中国经济学家世纪”的豪言。毕竟CCER还只是众多国内经济学术机构中一个不起眼的“新生儿”。
这一年6月，林毅夫和蔡妨、李周共同完成了以“比较优势战略”理论模型阐释中国改革的专著《中国的奇迹：发展战略与经济改革》，3个月内一销而空，成了学习中国经济改革的一本必读书，并且畅销10年。
“在北京大学成立中国经济研究中心，就是希望把这个看到的前景（21世纪是中国经济学家的世纪）变为现实。当然，达到这个目标要靠一两代人的努力。怎样才能把这个前景变为现实呢？重要的是要改变研究方法，目前国内经济学界最缺乏的是规范研究的传统，要把以往的从经济思想史入手的研究方法，变成以经济分析为主的研究方法，把别人的东西记得再清楚还是别人的东西，真正要对经济学的发展做出贡献，要从生活中发现问题。我相信，只要我们按规范的方法，以中国的成败兴衰，尤其是建国40多年和改革这10多年的历史作为分析对象，扎扎实实地研究，我们一定会实现这个目标，下个世纪将是中国经济学家的世纪。”——林毅夫
1995年——初露锋芒
这一年的3月10日，CCER正式成立大会在北大电教报告厅举行。1993年度诺奖获得者道格拉斯·诺斯到会演讲。同时，CCER还举办了为期一周的“中国经济学前沿系列讲座”。
4月24日—26日，CCER与国际食品政策研究所和国际水稻研究所成功举办了“水稻中长期供给和需求的预测和政策意义”国际研讨会。巴基斯坦、孟加拉国等10多个国家的高层农业决策官员及专家学者70余人参加了会议。
1995年5月3日，CCER首次举行理论与政策系列研讨会。哥伦比亚大学教授罗伯特·蒙代尔（1999年诺奖获得者）作了题为“通货膨胀与中国经济增长”的讲座。
1995年5月23日，时任美国明尼苏达大学教授的王一江在CCER双周论坛上作“集权政府为何要实行分权制？”的内部报告；9月6日，访问学者邓保罗作题为“捷克私有化后的公司治理结构”的报告。
12月，留美学者宋国青，留英学者卢锋回国到中心工作。
1995年，宏观调控进入了最关键的时刻。虽然成功在望，但“一放就乱、一收就死”的怪圈仍然让改革手足无措。显然，宏观手段已无法根治。中国经济学界开始把国有企业作为进一步改革的中心环节。
随即，媒体惊曝“北大发生一起‘交火’事件”。准确地讲，是在1995年6月6日北大CCER经济理论和经济政策双周研讨会上，林毅夫和张维迎在国企改革核心问题上发生了学术分歧。林的观点是国企改革应先滤清外部信息，而张认为下手处该明确由谁选择老板。这一事件经《经济学消息报》的报道，最后“放大”成了整个经济学界的大讨论。
谁也没有想到这个机缘竟让国企改革的理论研究进入到了前所未有的深度，许多核心问题在理论层次得到了廓清。而北大CCER也因此走到了国企改革研究的最前沿。
事实上，这样的事件、这样的结果在某种程度上是种必然。张维迎在牛津大学求学时，师从于1996年诺奖获得者詹姆士·莫里斯和产业组织经济学家唐纳德·哈耶，主攻产业组织，而林毅夫芝加哥大学经济系的学术功底和对中国国有企业生存环境的深刻认识，使他们的“交锋”产生了最具冲击力的思想火花，激发了中国国企改革的理论突破。
这一场“内战”，让整个中国经济学界第一次领略了CCER这个新锐思想学术群体的威力。但最迷人之处是CCER内部独立、自由、进取的学术气氛。它使国内许多派系林立、学阀气足的机构颇多汗颜。
这一年，CCER的经济学家们在中国经济的各个研究领域频频出击。张维迎的专著《企业的企业家-契约理论》出版，成了国内文献引证次数最多的经济学论著；易纲的《中国的货币供求与通货膨胀》，利用模型对中国通货膨胀的传导机制进行了完整分析；还有海闻对国际贸易新理论的研究、张帆对规制理论的研究、余明德对人力资本的研究……CCER开局华丽。
1
996年
1996年2月1日，CCER与世界银行中国代表处联合在北大召开世界银行1996年度“世界发展报告”初稿讨论会。
4月19日，世界银行高级副行长、首席经济学家迈克·布鲁诺应CCER邀请来北大演讲。
6月11日，CCER与台湾“中央研究员经济研究所”联合在北大召开“两岸经济发展经验与策略研讨会”。
7月，留美学者胡大源、赵耀辉、姚洋回国到CCER任教。
9月，CCER首批硕士和博士入学。
“我是和家人在风雪中回到北大的。在中心工作的7年时间里，我目睹和参与了中心由一个小型教学机构演变为中国经济学教学和研究“重镇”的过程。植根于本土，是中心获得成功的关键所在，我个人对此的体会很深。初到中心工作时，我脑子里装的净是书本上的知识，并且不自觉地把它们套用到对中国现实问题的解释上去。随着对中国现实了解的加深，我的治学态度有了很大的改变。以前的研究是到现实中寻找理论支持，我更多的是从现实中发现理论。
中国正在经历一场伟大的变革，这其中有无数好的经济学问题等待着经济学家去研究。中国经济学家当然要在国际刊物上发表文章，但经济学毕竟不像自然科学那样是无国界的，中国今天所面对的问题有其独特性，需要独立自主的研究。而且，中国的伟大变革需要经济学家的参与，中国经济学的基础建设也需要许多人的热情投入。中心在这方面做了扎扎实实的工作。
中心过去的10年是本土化的10年。展望未来10年，沿着植根于本土的思路走下去，中心一定会对中国的经济学建设以及中国社会的转型做出更大的贡献。”——姚洋
1997年
4月17日，1996年诺奖获得者詹姆士·莫里斯应CCER邀请来北大访问。
4月21日，世贸组织总干事鲁杰罗应中心邀请，在原外经贸部副部长龙永图陪同下来校作题为“世界贸易组织与中国”的演讲。
4月25日，CCER迁入修葺后的皇家园林——朗润园致福轩办公新址。
7月30日，芝加哥大学教授、2000年诺奖获得者詹姆斯·赫克曼来CCER演讲。
卢锋就自己的研究《我国粮食贸易的政策与粮食禁运风险分析》作了内部报告；易纲受一家外企委托研究中国汇率走势，在没有任何内部信息的条件下得出人民币3年内不贬值的结论，并在1997年开始的亚洲金融危机中经受了考验。由此奠定了他在金融领域的影响，经同意，以《人民币汇率的决定因素及走势分析》公开发表。
12月，留美学者陈平来CCER工作。
“中国有句老话：‘十年树木，百年树人。’中国经济研究中心的建立，是海外学子又一次推进中国教育和科学现代化的尝试。来北大中国经济研究中心，是两位曾任中国留美经济学会会长的易纲和海闻将我打动的。我也认同林毅夫建立中国经济学规范、培养诺贝尔奖级研究人才的目标。10年间，中心同仁的艰苦奋斗，北大学生是最好的见证。但是，中国经济研究中心能否实现当年的初衷，我们这一代学子的报国之梦能否比我们的前辈走得更远，不仅取决于大家的苦干，更取决于对中国与世界的未来有无远见与胆识。
我个人这几十年的观察，中国的经济转型与西方的结构调整，其历史发展对经济学现有理论体系的挑战，不亚于当年英国工业革命对经典政治经济学的挑战；复杂科学对分析科学的挑战，不亚于上世纪初相对论和量子力学对牛顿力学的挑战。要理解当代急剧变化的技术革命和制度创新，以牛顿时代均衡理论为基础的新古典经济学日益捉襟见肘。我们新一代的经济学家，是满足于做现有经济学的传道授业解惑者，还是新经济学的探索和开拓者，将会决定中国经济学家在世界的学术地位。”——陈平
1998年——丰硕的一年
3月11日，北大国际MBA项目正式启动，CCER与美国国际教育联盟亚洲部联合培养国际工商管理硕士。
6月21日，CCER与美国国家经济研究局（NBER）举行首届中国经济年会，主题为“中国经济改革与发展”，并决定每年夏季举办一次。
7月20日，世界银行副行长、首席经济学家、2001年诺奖获得者约瑟夫·斯蒂格里茨教授应邀在CCER讲演。
7月5日，海闻应邀赴新加坡国立大学东亚研究所访问，就中国经济改革、乡镇企业发展等问题作学术报告；7月22日，林毅夫赴菲律宾参加“亚洲发展银行顾问委员会”理事会会议；10月5日，林毅夫应邀到美国华盛顿参加世界银行年会，并在会上就政策研究机构对经济发展的影响问题作报告；11月27日，易纲、赵耀辉参加中国社科院与福特基金会主办的“中国：走向21世纪公共政策选择”国际研讨会；11月29日，林毅夫赴罗马参加国际议会联盟主办的粮食安全国际会议，并作题为“如何达到粮食安全：中国的经验”的主题报告。
1998年的CCER令人眼花缭乱。4岁的CCER已经硕果累累，研究成果在国内外经济学界和政策研究部门引起了巨大的反响。中心人员以自身能力优势，成功地向政府部门和国际机构承揽了一系列重大项目，包括世界银行通过中国财政部实施的大型调研项目“中国粮食市场与流通”、国家经贸委的“国企经营机制转换”、劳动部的“农村劳动力转移”、人民银行的“金融发展规划”、亚洲基金会的“国际贸易政策研究”和联合国开发总署“经济改革的社会效果”等等。
特别是林毅夫和宋国青主持的粮食市场与流通项目，对我国通货膨胀、农民储粮行为、粮价波动之间的关系进行了深入研究，提出的独到解释引起了学术界和中央财经领导小组的高度重视。
这一年的热点是亚洲金融危机，中国安然度过并不证明中国经济无恙。在宏观调控任务基本完成的同时，宋国青的一篇文章《宏观经济提防通货紧缩》，判断中国已经出现通货紧缩，提醒央行调整货币政策，避免通货紧缩的进一步恶化，由此打下了他中国经济增长预测研究的“中国一号”名望。
这一年，
北大国际MBA诞生
。中国的MBA出现一个大的误区是很多人把MBA当做摇钱树，美国、欧洲也有这样的情况，但是这样的项目维持不下去，通过市场竞争一定会被淘汰。为什么？如果赢利目标很重，从老师到学生的整个教学过程会走进误区，教出的学生未必能达到你所期望的价值。MBA赢来的不是钱，而是通过办教育，为其项目赢得声誉。把教育当做摇钱树，不但误了自己，也误了他人，实际上你收了钱，但是你没有想怎么为这个人提供最大的价值。这种现象一定要改变。——北大国际MBA美方院长杨壮
1999年
1月27日，林毅夫参加瑞士达沃斯世界经济论坛，作“亚洲金融危机和中国的经济”报告。
3月，梁能、金甫春、平新乔来CCER工作。
3月11日，卢锋到菲律宾参加“APEC农业和食物战略国际研讨会”并发表演讲。4月8日，宋国青、林毅夫和卢锋到国家计委参加“十五”计划前期研究报告会并承担课题。
6月25日，诺奖获得者、芝加哥大学教授罗伯特·福格尔应邀为CCER学生作题为“20世纪美国经济的变迁极其对中国的借鉴意义”的讲座；6月27日，CCER与美国国家经济研究局联合举办第二届指甲花经济年会及社会保障制度研讨会；7月18日，“宏观政策调整与坚持市场取向”研讨会在北大正大国际中心举行。
10月7日，著名经济学家张五常到CCER访问；11月3日，CCER与湘财证券联合举办“农村发展和启动内需研讨会”；11月4日，CCER联合香港科技大学商业管理学院、北大光华管理学院和国家经贸委举办“国有企业改革与发展研讨会”。
12月17日“中国经济世纪论坛”在北大正大国际中心举行，林毅夫作“通货紧缩的治理与对策”的演讲。
这一年3月，CCER与《财经》杂志联合举办了第一届财经记者奖学金班，为中国财经新闻的成熟做了一件善举。
2000年
1月7日，海闻、陈平、张帆参加2000年在波士顿召开的美国经济学年会，张帆作题为“中国宏观经济模型”发言；2月29日，林毅夫出席科技部召开的“十五”期间我国科技发展与技术创新战略座谈会。
3月16日，北大国际MBA项目签订“西部开发MBA师资奖学金”合作协议，为西部工商管理院校教师提供到“北大国际MBA项目”进修的机会。
3月31日，CCER与亚洲协会举办“中国经济：新千年中的机遇和挑战”研讨会。4月6日，陈平应欧洲委员会邀请，参加“新经济与信息全球化”国际会议，并作题为“平衡经济的局限性与信息全球化社会的挑战”的主题发言；4月10日，施建淮出席财政部在钓鱼台宾馆召开的“财政政策与区域开发国际研讨会”。
5月4日，北大出版社举办林毅夫新书《再论制度、技术与中国农业发展》座谈会。陈锡文、杜鹰、柯炳生、蔡放、黄季锟等政府官员、学者30多人参加。6月20日，宋国青出席国务院发展研究中心召开的“通货紧缩学术研讨会”。并在会上介绍了目前正在承担的由国家自然科学基金会资助的“中国通货紧缩问题及其对策研究”报告的主要内容。
7月2日，CCER于美国国家经济研究局举办第三届中国经济年会，会议主题为“中国的经济改革与发展”；7月26日，CCER与亚洲开发银行联合举办“亚洲开发银行长期发展战略框架”咨询座谈会；8月26日，卢锋出席国家粮食局“改革粮油补给方式”高级研讨会。
10月17日，CCER与国家统计局农调总队联合召开“农业收入和消费增长论坛会”。中财办副主任段应碧、原国务院研究室副主任杨雍哲、国家统计局局长朱之鑫、国研中心农村部部长陈锡文、农业部法规司司长杜鹰等政府官员及陆学艺、张晓山等国内外经济学家参加发言。
“策士”之争
2000年，治理通货紧缩越来越紧迫，政府急需办法解决供给过剩、“内需”不振带来的这场从未遇到过的困难。
林毅夫给出了新颖的思路，“治通缩应走农村包围城市的道路”，建议进行“新农村运动”，在全国范围内发起一场以实现农村自来水化、电气化、道路网化为核心的建设，加快农村地区和生活消费有关的基础设施建设，“一旦解决了农村这些问题，将大大刺激农村市场和消费，创造出巨大的社会需求，把各个行业现存的巨大过剩生产能力消化掉”。
林的这个“四两拨千斤”的办法，判断前提是认为问题出在总量上。易纲的判断却不相同，认为关键还是结构调整。他认为中国没有出现通货紧缩，而是有通缩的迹象。
易纲的分析是，“当前国民经济速度下降，主要不是因为国内没有需求，也不是国内缺乏投资机会，关键是我国供给结构和技术能力不适应需求结构的变化。结构问题不解决，宏观经济诸多问题，新一轮经济增长周期也罢，增长的质量和效益也罢，可持续发展也罢，都不可能从根本上解决。”
随着这场争论的深入，研究宏观经济走势的宋国青也参加了进来。宋国青对当时走出通货紧缩表示不乐观，认为中国今后所要面临的是一个长期疲软的经济，通货紧缩是一个长期现象。易纲则反驳说，按照CPI分析，认为2000年年底前将走出通缩的阴影；林毅夫对易纲所说的一些乐观的数据并不认同，指出过剩不消化掉，通缩压力仍然会存在。
随后，问题又到了通缩起因上。林毅夫坚持源于供给普遍大于需求。宋国青则认为：“目前中国的现实是总需求调节不动，这说明经济中存在问题。如果造成通缩的原因是供给过剩，那么单纯限产压库就可以解决问题。但如果造成通缩原因是债务通缩，那么限产会适得其反，会加剧通缩。”
如何反通缩？宋国青建议政府只要不投资少收税，对经济发展总是有益的，“为了支持1998年大规模的基础建设投资，政府发行了大量国债，在这种环境下，小企业的生存环境急剧恶化，不利于老百姓收入的增加”。易纲则担忧一些现象，“现在我们有些反通缩的做法，实际上会阻碍计划经济向市场经济过渡，是有利于恢复计划经济的。从长远看对中国的经济发展是不利的。”
这是一场高水平的政策争论，许多结论和观点，直到现在仍然影响着我们对经济形势的判断和分析。CCER的政策研究走到了一个成熟的阶段。
“中国经济改革和高速经济发展提出了许多重大而复杂的问题，迫切需要运用现代经济学分析方法对这些问题进行深入规范研究。提高经济理论和政策研究的质量，使现代经济分析手段为我国经济转型的历史进程发挥应有的积极作用，是建立中心的根本目的和全体中心同人的共同志愿。中心研究人员在这方面具有特殊优势。一方面，他们在国外接受了较为系统的经济学理论和方法的训练，知识功底和研究能力比较强；另一方面，主要研究人员在出国之前或来中心工作之前，大都或曾在农村插队，或在工厂、政府研究机构等其他单位工作。这样的特殊的生活经历使他们对中国现实情况有较多的观察和体验，有利于他们把现代经济学方法与中国国情较好地结合起来，提高经济学研究的学术水平和致用功效。”——林毅夫
2001年
2月13日，CCER与世界银行研究院合作举办“21世纪扶贫与发展”系列国际研讨会；2月24日，“中国证券市场的前景与隐忧”政策研讨会在CCER召开；3月28日，CCER与亚洲协会举办“十五计划与中国经济发展”理论政策研讨会。
5月9日，两岸共同市场基金会会长萧万长访问CCER；6月12日，世界银行首席经济学家、发展经济学高级副行长尼古拉斯·斯特恩访问CCER。
6月24日，时任国家主席江泽民会见来京参加“CCER-NBER”中国经济年会的美国国家经济研究局局长马丁·费尔丁斯坦；10月16日，严复经济学纪念讲座首讲，哥伦比亚大学教授罗伯特·蒙代尔作了题为“新千年的汇率稳定”的演讲。
10月16日，首届中国经济学年会在中心召开，来自香港科技大学、复旦大学、国务院体改办等50多所高校和研究机构参加；11月8日，CCER与美国智库加图研究所举办“中国养老基金制度危机与挑战”研讨会，外汇管理局局长郭树清、劳动保障部司长孙建勇等参加并发言；2月16日，CCER举办“国有股减持及证券市场前景研讨会”。
“北大中国经济研究中心作为国际一流的经济研究机构，在解决中国‘三农’问题方面，包括整个中国宏观经济改革、中国经济发展和对外开放方面，提出了非常多的、很超前的、很好的政策建议，他们已经形成了自己的流派，为中国的改革和发展发挥着巨大作用。”——国务院发展研究中心农村部部长韩俊
2002年
2月26日，CCER与中国留美经济学会举行“中国入世与资本输出”研讨会；4月24日，香港大学经济系张五常教授在CCER作了题为“需求理论”的演讲；5月21日，CCER与美国道琼斯公司举办中国企业高峰会，主题是“入世后中国企业的机遇与挑战”。
6月30日，CCER-NBER第五届年会，会议主题为“全球化背景下的中国经济”；第二届严复年度经济纪念讲座上，1998年诺奖获得者阿玛蒂亚·森作了题为“不平等研究所面临的理论挑战”的演讲。
7月13日，“中国医院管理高级培训项目”在CCER召开开学典礼，该项目得到了中国卫生部的大力支持，由北大国际MBA负责项目具体实施。
10月30日，美国议会代表团访问CCER。
“对于中国入世的问题，要从全民的利益而不光是生产者的利益来考虑，要从中国未来的发展方向和中国在世界经济中的地位来考虑。经过20年的改革开放，中国已不再是贫穷、落后、保守的中国，我们已经有能力参与世界竞争。我们不应老想着我们是发展中国家，我们应该有信心向发达国家努力。阻碍我们进步的主要因素，不是我们的能力和资源，而是我们的体制，入世最大收益不是某些具体的得失，而是要建立一个有助于发挥我们潜力的现代经济体制。如果从这一点出发，入时对中国经济发展的影响是深远的。”——海闻
2003年
1月18日，CCER与香港大学经济金融学院合办“中国证券市场与金融体制改革研讨会”；2月25日，CCER与中国人民大学财政金融学院和梁晶工作室共同主办“中国金融：走向理性繁荣”论坛。
3月8日，CCER与世界银行合办“转型的第一个10年——东欧和前苏联的分析和教训”讨论会；5月13日，林毅夫出席博螯亚洲论坛与亚洲开发银行举办的“SARS与亚洲经济”研讨会并做重要发言；6月2日，CCER与《北京青年报》联合主办“SARS考验中国——中外学者越洋对话”网上论坛开幕，一共举办了7场。
9月，留美学者李玲、沈艳、马浩和曾毅来CCER工作。
9月9日，美国前总统卡特来中心演讲；9月29日，澳大利亚前总理霍克来中心演讲。
10月15日，CCER举办“走出通货紧缩与人民币汇率”研讨会。
铁肩学人
这一年，一场突如其来的灾难降临到了中国，SASR袭击了正在起飞的中国经济。但这场祸患更大程度上似乎是在考验中国经济和中国人对民族腾飞的坚韧和信心。
CCER和全国人民一起积极参加了抗击SARS的“战斗”。以林毅夫、胡大源为首的学者们在SARS肆虐的100多天里，主动请战，将每天的病疫报告进行数理分析，作出预测判断，提供决策部门参考。对于他们奋不顾身的忘我工作，决策部门最后给予了高度评价。
“铁肩担道义，妙手著文章”恰当地写照了CCER里这群学人的学术精神。
“我对中国的经济充满信心，我在美国生活了近17年，放弃了国外的工作和生活回来到中心工作，就是因为对中国经济充满信心。特别是从外面回来，我感觉到跟美国和其他国家比，神州大地是一片生机盎然，从上到下从来没有像今天这样一心一意搞发展。确实我们还有很多问题不尽如人意，但我深信，凭着中国人的智慧一定能解决这些问题。”——李玲
2004年
2月21日，中国人民银行行长周小川应邀到CCER万众楼，作关于中国金融机构责任结构改革的授课式演讲。
2月27日，CCER与美国耶鲁大学中国法律研究中心共同举办“中国征地制度改革中美研讨会”；3月13日，波兰前副总理兼财政部长格·科沃德克在CCER演讲；4月3日，中国人民银行副行长、国家外汇管理局局长郭树清在万众楼做了题为“中国经济和金融的宏观分析”的演讲；4月30日，英国就业部长克雷斯·庞德来中心演讲。
5月13日，CCER举行城市医疗卫生体制改革研讨会；6月21日，CCER与耶鲁大学管理学院国际金融研究中心举办“中国经济发展的历史透视”研讨会。
7月1日，第六届CCER-NBER年会举行。
“中国经济研究中心转眼成立10年。顾成立之初，6位老师与3位职员拥挤在老地学楼的两间半办公室办公，实在不能想象能有今日美轮美奂、大观园似的朗润园作为我们办公、研究的地点。中国经济研究中心取得的成绩，首先归功于大好的时代环境，我国的经济改革顺利进行，社会稳定，经济腾飞，使我们有广阔的发展空间。中心每一点成绩都凝聚着全体教职员工的心血，只有这样一个不计个人利益而奉献的群体，才能把握住时代和环境给予我们这一代学子为国家、为社会做贡献的机会。
10年不短，上下求索跬步才起；10年不长，学术和教育是百年树人的事业。生逢这个数百年来最好的时代，中国经济研究中心的全体教职员工将永铭创办时的初衷，秉承北大优良的学术传统，以建立一所世界一流的经济学和管理学研究与教学机构为目标，致力于科研与教学的革新，为中国经济的发展做出不懈的求索与努力。”——林毅夫
