公元11世纪，突厥人(此时早已接受伊斯兰教)远征北印度，当时北印度已经长期分裂，小国林立，在旷日持久的战争中耗尽了国力，也使人民蒙受深重的灾难。突厥人挑选了一个恰到好处的时机，在极短的时间内就消灭或臣服了大部分北印国家，建立了印度历史上第一个伊斯兰帝国——德里苏丹国。
突厥贵族通过武力征服的方式来传播伊斯兰教，其政策远比当初的阿拉伯人激进。阿拉伯帝国扩张时期，被征服土地上的人民只要交纳人丁税就可保留信仰，阿拉伯人在宗教宽容方面远比基督教国家做的好;但突厥人在印度的行为却截然不同，大肆烧杀抢掠，摧毁佛教寺院和印度教庙宇，强迫异教徒接受“先知的宗教”。佛教和印度教同时受到了严重打击，但印度教经过调整和反抗后，与穆斯林征服者实现了妥协，并继续生存发展;而佛教却因为种种内外原因，最终在印度消亡。伊斯兰教可以说是踩着佛教的尸体进入印度的。伊斯兰教向中亚、南亚、东南亚扩张的历史几乎就是一部蚕食、打击佛教的历史。
公元8世纪起，阿拉伯帝国的势力范围扩张到中亚，中亚大部分佛教国家和游牧民族都皈依了伊斯兰教;公元9-13世纪，阿拉伯人、突厥人前仆后继地进攻北印度，并最终导致佛教在印度的绝迹。到了公元15世纪，东印度群岛(今印度尼西亚)、马来亚的穆斯林国家又通过武力征服将佛教和印度教赶出这一地区，在东南亚构筑了一个伊斯兰文化圈。
在与伊斯兰教的对抗过程中，佛教在多数情况下都会遭遇失败。英国学者渥德尔曾说：“佛教教义，尤其是它反暴力的社会纲领……对伊斯兰教的残暴作不出直接的回答。”这一说法有些偏颇，但也不失为一个有道理的解释。当时印度大部分国家都支持印度教，只有孟加拉的统治者还推崇佛教，佛教失去了来自上层的保护;而在民间，佛教要么被印度教驱逐，要么与印度教融合，失去了自己的生命力。
此时的佛教既无下层根基又无上层支援，在伊斯兰教面前缺乏起码的自卫能力。而“非暴力”的信条根植于佛教思想中，佛教的教义也使佛教徒不可能自己拿起武器、组织群众来反抗突厥人的进攻。当印度教王公与突厥人坚持对抗，当印度教群众此起彼伏的起义使穆斯林统治者不得不放宽宗教政策时，佛教徒却没有组织起任何像样的反抗，只有少数僧侣远走国外，保存了一些古代印度佛教经典。
突厥征服者对佛教和印度教的残忍是令人发指的。根据英国学者渥德尔的引述，“穆斯林从左边杀过去，又从右边杀过来……被征服的人民要么接受伊斯兰教，要么只有死亡一途。”许多印度教神庙和佛教寺院都在劫掠一空后被焚烧，并在其原址上建立起清真寺。
但这种烧杀抢掠对佛教的打击更大，因为佛教此时主要集中在北印度和东印度的少数繁华地区，突厥人只要占领这些地区就可以彻底摧毁佛教寺院，消灭佛教的有生力量。而印度教神庙则遍布印度各地，从大城市到小村社无处不在，突厥人无法控制印度的每一个城市和乡村，自然也就无法根除印度教。更重要的是，印度教的哲学思想和社会纲领已经渗透到印度社会的每一个角落，任何一个外族统治者都必须利用印度教来控制印度。而佛教对印度社会虽然曾有很大影响，但却远没有印度教那么深;佛教的黄金时期早已过去，现在它的印度社会的影响有限，穆斯林很容易就能将其一举击溃。
穆斯林征服者对佛教的痛恨也是有理由的，因为佛教教义和仪式与伊斯兰教违背的地方实在太多。伊斯兰教的核心教义是 “认主独一”，而佛教却认为世界万物没有创造者和主宰者，一切都是因缘缘起所致;伊斯兰教相信人死后的归宿是末日复活和审判，佛教却认为人死后进入六道轮回，而且轮回是永远没有尽头的(除非进入涅槃);伊斯兰教相信真理来自真主的“天启”，先知也是真主派来的，佛教却在认为真理是人参悟出来的(尤其是大乘佛教，认为人人都可悟道成佛);伊斯兰教最反对崇拜偶像，连礼拜时都只拜“方位”，佛教却到处树立并膜拜佛、菩萨、罗汉等的偶像，在穆斯林眼中成为“最邪恶的偶像崇拜者”……
总之，伊斯兰教和佛教之间的鸿沟异常巨大，原先被穆斯林征服的拜火教徒、犹太教徒、基督教徒、摩尼教徒等，与穆斯林的共同点都比佛教大(当然，这只是我的个人看法，未必正确)。突厥人此时已经变成了狂热的穆斯林，在排除异己方面远远超过当年的阿拉伯人，面对如此异己的佛教徒，诉诸极端暴力也就不足为奇了。
公元12世纪末到13世纪初，突厥人攻入比哈尔和孟加拉，印度最后残存的佛教大寺飞行寺、那烂陀寺和超岩寺都被洗劫一空，僧侣要么被杀，要么逃逸。这标志着在印度传承1700余年的佛教的消亡。或许佛教消亡的直接原因的确是“对伊斯兰教的残暴做不出直接回答”，但它消亡的根本原因决不是伊斯兰教的打击。如果不是佛教过于严重的部派斗争，如果不是大乘佛教的密教化，如果不是印度教改革吞噬了佛教的生存空间，如果不是印度的政治经济环境变的不利于佛教发展，如果不是佛教在印度民间已经丧失了存在的根基，佛教是不会在这么短的时间内消亡的。穆斯林征服者只给了佛教最后的致命一击，此时的印度佛教早已不是生气勃勃的穆斯林的对手了。
在突厥贵族远征印度时，印度教和佛教一样受到了打击，神庙和经典被焚烧，信徒被迫改宗。印度教在民间的根基和在上层得到的支持远非佛教可比，穆斯林征服者很快发现要消灭印度教是不现实的。佛教对突厥人的残暴做不出直接回答，印度教却可以依靠上层王公和下层平民武装对抗突厥人，让被迫向印度教做出让步;佛教集中在少数地区，很容易丧失生命力，而印度教却根植印度社会的每个角落，也是外来征服者需要依靠的力量。因此印度教从一开始就注定不可能被伊斯兰教征服，而是会达成妥协。
突厥人在建立德里苏丹国的过程中，开始对印度教和佛教都采取斩尽杀绝的态度;但此后很快就对印度教采取了比较宽容的政策。这不仅仅是因为印度教徒的抵抗，也是由于德里苏丹国从一开始就面临着其他内忧外患。成吉思汗正在建立蒙古帝国，蒙古人的兵威如日中天，其前锋甚至曾经到达印度河流域;另外，中亚的其他穆斯林国家或游牧民族也对富庶的印度虎视眈眈，随时准备步突厥人的后尘入侵印度。另外，在入侵的穆斯林中也发生了分裂，统治集团内部矛盾激烈，内乱、政变层出不穷。在这种危急形势下，如果继续对印度教实行迫害，无异于自杀。因此穆斯林统治者采取了一定的宽容措施，改变了开始时的残暴政策，改为对印度教徒征收人丁税。
必须承认，德里苏丹国的宗教宽容是很不彻底的，也是不情愿的。印度教群众背负很重的税收，除了人头税外，各项税率都比穆斯林重;只要有清真寺的乡村，就不能再建立印度教的神庙;印度教徒在行政和司法体系里基本没有地位，当不了高级官员;在诉讼时，只要一方是穆斯林，就得按照伊斯兰教法审判，对非穆斯林显然不公平。
许多苏丹不是无心打击印度教，而是没有能力打击印度教，因为德里苏丹国实力有限，许多印度王公只是在形式上臣服而已，离实质的统一还有很大差距。尤其是南印度，只有短短几十年时间归于德里苏丹国版图，其余时候都处于封建割据状态。到了德里苏丹国中后期，蒙古人和帖木尔帝国不断入侵，苏丹国内部也出现突厥贵族和阿富汗贵族争夺权力的激烈斗争，实际上已经陷入四分五裂之中。可以说，德里苏丹国的统治者从来没有足够实力使印度伊斯兰化，甚至没有实力使北印度伊斯兰化。在众多的印度教王公领地中，伊斯兰教的影响力实在有限。
另外，即使在德里苏丹国直接管辖的范围内，伊斯兰教也不能占据完全的统治地位。因为整个印度的社会结构是以印度教为基础的，尤其是在广大乡村，没有印度教就无法维持统治，没有印度教就无法收税(德里苏丹国的税收系统大部由印度教徒把持)。对于广大印度农民来说，印度教是他们祖祖辈辈的宗教，虽然它有种姓制度等许多压迫人民的主张，但这些主张也已经渗透到印度人的骨髓里去了，是他们民族文化不可或缺的一部分;让他们皈依伊斯兰教难度不小。
印度教没有一个固定的中心，这也使它具有异常的灵活性和包容性，它就是以这个优点战胜了佛教，现在又以这个优点在伊斯兰教面前得到保全。它可以随时吸收一切其他宗教的优秀特点，伊斯兰教的一神思想就深深影响了印度教。其实印度教从多神教向一神教的转化早在8世纪商羯罗改革时期就已经开始，商羯罗吸收了佛教中的许多哲学因素，将过去神学理论发展不足的婆罗门教改造为神学理论比较发达的印度教，他的“纯粹不二论”实际上是一神论的，这也使印度教容易接受伊斯兰教的一神论。
在与伊斯兰教的长期斗争、交流之后，正如马克思所说，印度教“既是多神论的宗教，又是一神论的宗教;既是崇拜偶像的宗教，又是反对偶像的宗教……”也就是实质上的一神论和表面上的多神论。表面上的多神论有助于它争取广大下层人民的信仰，实际上的一神论则使它的神学思想更加严谨，更容易赢得上层知识分子的青睐。从这个角度来看，伊斯兰教对印度教的发展贡献还不小，它使印度教变的更加富有生命力了。婆罗门教从佛教中吸收营养成为印度教，而早期印度教则从伊斯兰教中吸收营养成为更成熟的印度教。
印度的伊斯兰教也受到了印度教的许多影响，这主要体现在社会纲领上，尤其是种姓制度上。伊斯兰教本来是讲究信徒人人平等的，与佛教类似;但在印度的长期传播中，也受到印度教种姓制度的感染，尤其是由印度教改宗的穆斯林，许多都保留了他们原来的种姓地位。现在印度次大陆的清真寺做礼拜时，各个种姓的信徒都是分开礼拜，信徒中可以看到明显的等级差别。这在整个伊斯兰世界即使不是绝无仅有，恐怕也是非常罕见的。伊斯兰教的神学思想也和印度教互相渗透，到了莫卧儿帝国时期终于形成了一种结合印度教和伊斯兰教特色的新宗教——锡克教。现在印度次大陆的印度教和伊斯兰教之间可谓有千丝万缕的联系，这两大宗教可谓在斗争中妥协，在和平中摩擦，达到宗教文化的交流和部分融合。
不稳定的德里苏丹国没有使印度伊斯兰化，印度教与伊斯兰教的文化交流也没有充分展开。但在随后的莫卧尔帝国时期，伊斯兰教被传播到几乎整个印度，印度教和伊斯兰教的交流融通也更加明显。莫卧尔帝国的统治者在宗教政策上也比德里苏丹国的统治者明智许多，在大部分时候都能做到宗教宽容，在莫卧尔帝国前期，印度各大宗教的交流可以说是最频繁的。但这已不属于笔者定义的“印度中世纪”范畴了。当然，中世纪印度教与伊斯兰教的斗争、交流是莫卧尔时期两大宗教斗争、交流的基础，德里苏丹国的宗教政策虽然比较偏颇，但也在某种程度上促进了印度各宗教的互相理解。
