早年经历
朱聿键为明太祖第二十三子唐定王朱桱的后裔，是太祖九世孙。1606年(万历三十四年)四月丙申生于唐王府，母妃毛氏。
朱聿键的爷爷老唐王朱硕熿惑于嬖妾，心里一直爱惜小妾生的儿子，憎嫌朱聿键之父(当时的唐王世子朱器墭)。于是，他暗中把朱聿键父子囚禁在承奉司内，想活活饿死他们，当时朱聿键才12岁。幸亏暗中有个小官张书堂帮忙送些糙米饭，在囚房中，朱聿键父子苟活了十六年。身处牢笼，朱聿键埋头苦读，钻研儒学典籍，没有浪费光阴。朱聿键的父亲气息奄奄，在快要熬出头时，却被急切想袭唐王王位的弟弟于1629年(崇祯二年)毒死。老唐王准备封爱妾的儿子为世子，还想取消了朱聿键的世子地位。结果，地方官员陈奇瑜吊唁唐世子时，警告老唐王说，世子死因不明，贸然改变世袭人选，说不定朝廷日后会怪罪。老唐王害怕日法追究，赶忙立朱聿键为“世孙”。同年老唐王也去世。
1632年(崇祯五年)朱聿键继为唐王，封地南阳。崇祯帝赐其皇明祖训、大明会典、五经四书、二十一史、通鉴纲目、忠孝经等书。朱聿键在王府内起高明楼，延请四方名士。
起兵勤王
此时的朱聿键锋芒毕露，在宗室换授等问题上与崇祯朝臣多有冲突，得罪了不少大臣。为其父当年被毒死一事报仇，竟在1636年(崇祯九年)七月初一，杖杀其两位叔父福山王朱器塽(死)、安阳王朱器埈(未死)。当年八月，清朝王爷阿济格率兵攻打北直隶等地，清兵入塞连克宝坻，直逼北京，京师戒严。朱聿键心切，上疏请勤王，崇祯帝不许，竟不顾“藩王不掌兵”的国规，招兵买马，自率护军千人从南阳北上勤王。行至裕州，巡抚杨绳武上奏，崇祯帝勒令其返回，后朱聿键没有遇到清军，却中途和农民军交手，乱打几阵，互有胜负，乃班师回南阳。明朝对藩王防备极严。依照明朝规制，藩王尽可在王府内享乐，惟独不能兴兵拥将离开藩属。即使朱聿键动机纯粹，仍使当时在位的崇祯帝大怒，冬十一月下部议，废为庶人，派锦衣卫把这位唐王关进凤阳皇室监狱。崇祯帝改封其弟朱聿鏼为唐王。
朱聿键高墙圈禁期间，凤阳守陵太监索贿不得，用墩锁之法折磨之，朱聿键病苦几殆。熬了七年，终于能保住性命。1643年(崇祯十六年)明朝的凤阳巡抚路振飞到当地巡视，前往监狱拜见朱聿键。朱聿键当时已经被磨掉许多锐气，待路振飞彬彬有礼，使后者对他好感非常，并派人对这位唐王加以特别护理。后路振飞向崇祯帝上疏陈高墙监吏凌虐宗室之状，请加恩于宗室。乃下旨杀欺凌唐王之陵监石应诏。
南下福建
1644年(崇祯十七年)，崇祯帝在北京自缢，南京拥从洛阳逃出的福王子朱由崧为帝，在南京即位，改年号弘光，实行大赦。在广昌伯刘良佐奏请下，囚于凤阳的朱聿键也被释，并封为南阳王。南京礼部请恢复唐王故爵，朱由崧不允，并令朱聿键迁至广西平乐府(今桂林南)，但朱聿键贫病不能多行。
1645年(清顺治二年、南明弘光元年)五月，朱聿键赴平乐途中，在苏州闻清军已破南京，弘光朝覆灭，遂至嘉兴避难。六月，朱聿键至杭州，遇潞王朱常淓，奏请其监国，不听;请朝陈方略，不允。当时镇江总兵官郑鸿逵、户部郎中苏观生至杭州，与朱聿键谈及国难，泣下沾襟。后朱聿键被郑鸿逵护送，前往福建。而朱常淓最后在众人推戴下于杭州称“监国”(代理皇帝)。清军杀到时，一直被寄予厚望的朱常淓与属下没做任何抵抗，向清军献城投降。途中在浙江衢州闻得潞王常淓已在杭州降清，于是南安伯郑芝龙、巡抚都御史张肯堂与礼部尚书黄道周等商议奉朱聿键为监国。
1645年(清顺治二年、南明弘光元年)六月十五日，黄道周第三次请朱聿键监国疏，十七日，朱聿键行至浙江衢州，就在检阅军队时发布誓词，表示将亲提六师恢复中原。表明他已公开接受监国重任。
君临天下
1645年(清顺治二年、南明弘光元年)六月二十八日，朱聿键在福建建宁称监国。闰六月丁亥(初七)至福州，以南安伯府为行宫。二十天后，朱聿键于福州正式称帝，改元隆武，宣布从七月初一起改弘光年号为隆武元年。改福建布政司称福京，改福州行在为天兴府，改布政司为行殿，建行在太庙、社稷及唐国宗庙。升郑芝龙为平虏侯、郑鸿逵为定虏侯，封郑芝豹为澄济伯、郑彩为永胜伯。以黄道周为吏部尚书、武英殿大学士，蒋德璟为户部尚书、文渊阁大学士，朱继祚为礼部尚书、东阁大学士，曾樱为工部尚书、东阁大学士，黄鸣俊、李光春、苏观生等人为礼、兵各部左右侍郎兼东阁大学士。
隆武帝即位后上高曾祖父四代帝号，高祖唐敬王朱宇温为惠皇帝，曾祖唐顺王朱宙栐为顺皇帝，祖父唐端王朱硕熿为端皇帝，父唐裕王(追封)朱器墭为宣皇帝。四代祖妣皆追封皇后。封弟朱聿锷为唐王，封国南宁;升叔德安王朱器?为邓王;追封弟朱聿觨为陈王，子朱琳渼为陈王世子。遥上弘光帝尊号“圣安皇帝”。隆武元年七月下令将嘉靖年间皇极殿、中极殿、建极殿三殿之名恢复为奉天殿、华盖殿、谨身殿，各衙门前加“行在”二字。
依据伦序，最有资格继承皇位的帝广西的桂王，但桂王当时距离江南太远。而众明臣齐推唐王朱聿键的另外一个原因是他的封地在南阳。这是东汉光武帝刘秀的起家之地。众臣推唐王朱聿键为帝，想把他当作重振大明的标志，很想让他暗和天意，争取做一个明朝的“光武帝”，复兴明朝。
隆武帝举行大典仪式当天，大风雾起，拔木扬沙，尚玺官的坐骑受惊，玉玺摔落，碰坏一角。众人心惊，皆认为兆征不祥。虽然如此，隆武君臣还是很有平复天下的决心，锐意恢复。
如同傀儡
隆武帝虽为英明之主，却一直为郑氏家族集团所架空。以郑芝龙、郑鸿逵、郑芝豹、郑影为首的郑氏家族，都是大海盗头子出身，数十年横行福建、广东、浙江一带沿海，兼商兼盗。他们崇祯初年受招安后，趁天下大乱之际一直忙于扩大地盘，充实自己的私人力量。
郑家惟一的忠臣，其实只有一个郑成功。郑成功原名郑森，是郑芝龙和日本老婆生的儿子。郑芝龙有一次带郑成功入宫，隆武帝见之大悦，以手抚其背，说：“恨无一女配卿，卿为尽忠吾家，毋相忘也。”赐郑森名成功，命为御林军都督、仪同驸马都尉，时人称之为“国姓爷”。隆武帝此举，也有笼络郑氏家族的意思在里面。
郑氏家族傲慢无上，卖官鬻爵，大肆搜刮百姓，横毒凶暴，甚至超过弘光朝的马士英。他们在败走江南时候，依然大肆抢掠，以至于当时造成这种现象：“受害者延颈待清兵，谣曰‘清兵如蟹，曷迟其来!”
一帝一王
由于满清剃发令下引发了血腥杀戮，浙江大地抗清斗争如火如荼。明朝诸王杀的杀，降的降，走的走，原本降清的明朝浙江防倭总兵王之仁重新举起义旗，与张国维等人在绍兴推举鲁王朱以海为“监国”。鲁王政权仍旧沿用“弘光”年号。此时，他们并不知道隆武政权在福建成立的消息。两个朱明同姓政权产生龌龊，最后竟闹出互杀来使的事情。
正因隆武帝和鲁王两个人都为疏宗，所以，鲁王一方得知隆武帝称帝消息后，并未立即退位归藩。双方各自手下的大臣为争拥立之功，自然都紧上疏要求不要退位，硬顶各自的“招牌”。
隆武帝起先很有诚意，他派人来信携赏银要鲁王承认自己天下一统，并笼络浙东的明臣明将，答应个个要加官晋爵。一般人可以接受隆武帝，鲁王手下的张国维、王之仁等人不答应，因为如果这样，他们就没有“拥立”大功。鲁王本人在给隆武帝的回信中，也称隆武帝为“皇叔父”而不称“陛下”，表明他不承认隆武政权。朱聿键怒，令杀鲁王信使。
当时的鲁王君臣，很想快速攻下南京这个象征性极强的城市。如果南京在手，“监国”成为“皇帝”，自然名正言顺，这样鲁王比起远在福建的隆武政权，要“合理”“合法”得多。鲁王军力不行，进攻杭州大败而归，1646年夏天，清朝的征南大将军博洛率数万大军从杭州对鲁王军队发起进攻。不巧的是，一向水深浪急的钱塘江突遇数十年不遇的大旱，江流干涸，顿失屏障，清朝马队从江中旱地以及水浅处尽数渡过，明军不敌，绍兴失陷。鲁王逃往海上避难。
出师北伐
隆武政权一直处于三面受困的境地，一受制于郑氏家族，二要防鲁王军队，三则有李成栋率领的清军节节逼近。清军中的汉将进展迅速。顺治三年春天，金声桓部队已经占领了吉安，很快推进到赣南。到了九月间，清军汉将高进库(高杰原部下)等人攻克重镇赣州。如此一来，这个联结湖南、福建、广东等地的咽喉要地，落入清朝手中。
赣州失陷，全因湖广总督何腾蛟等人私心所致。正是因为他安置处理先前的农民军不当，造成众心离散，协调不一，最终江西、湖南等地被清军各个击破。
无奈之下，隆武帝声言要亲自北伐，以挽颓势。总领大军的郑芝龙只想割据福建，独享一方，理也不理。而明朝老臣黄道周眼见郑氏家族按兵不动，军队诸部怯懦观望，已过花甲之年的黄道周对隆武帝表示：“与其坐而待亡，不如君臣共出一拼。我为大臣，当先于皇帝而行，以为人臣表率。”要先于皇帝北上抗清。
1646年(隆武二年)，清朝贝勒博洛率军攻福建，黄道周凭一腔忠义，自己出钱，加上朋友资助，仅带万余两白银，携数名弟子慷慨出征。福建各地义民闻之而附，近万人加入他的指挥之下。隆武帝非常感动，流涕送行。由于人、财、物皆在郑芝龙家族掌握之中，隆武帝只能给这位老忠臣一百道空白委任状，没能拔给他一两军饷和一个士兵。
黄道周组织“扁担军”迎战清军，这支拼凑起来的军队，全无作战经验。黄道周救国心切，他出闽入赣，进至江西广信(今上饶)。清军已经抢先一步，占领了黄道周原拟为收得基地大本营的徽州。情急之下，黄道周紧急上疏隆武帝，请求增兵益饷。郑芝龙等人丝毫不为所动，隆武帝只能着急，没有任何办法，只能坐视黄道周身陷窘境。黄道周如此临危不惧冒死出征，郑氏家族仍旧在朝中散播闲话，说黄道周交通外臣，欲谋不轨。
忧急之间，身在清军占领县城的婺源的明朝县令，是黄道周学生，他给老师发来“密信”，表示说可以充当内应，要老师一定率军前来攻取婺源。其实，这个人已经为清廷卖命。黄道周不知是计，贸然发三路兵前往。结果，半路皆被预先设伏的清军各个击破。黄道周手下仅剩三百人，战马十匹，仍旧义无反顾，直前冲杀。一战全部覆没，黄道周被擒，押入婺源县城大牢看管。
关押二个多月后，清廷下令杀害黄道周。将其押行至南京东华门时，黄道周坐地不起，高声说：“这里与太祖皇帝陵寝甚近，可于此处杀我!”扭头之际，看见市坊中有福建门牌，黄道周更坚定了要受刑当地的决心：“福建，皇帝正在那里，临行拜君，臣子之礼。”言毕，他南向再拜，慷慨就义。与其同死者，还有职方主事赵士超等数位弟子门人。
隆武帝再也不顾郑氏阻拦，携数千明兵“御驾亲征”从福州抵达延平，准备冒险去湖南。郑影等人忽然弃新城(今江西黎川)而逃，门户大开。郑芝龙早已暗中与清兵约降，福建各关隘均无人把守。不久郑芝龙降清，郑成功与其父决裂，率部南下。李成栋的清军在浙江等地一路大胜，先后攻下绍兴、东阳、金华、平州，很快攻陷郑鸿逵所守的仙霞关，直入福建，攻陷建宁，直扑延平。杨凤苞称“福京之亡，亡于郑芝龙之通款”。
绝食身亡
1646年(隆武二年)8月21日，隆武帝逃出延平，又想取道汀州去江西。如此危难紧急关头，酷嗜读书的隆武帝仍然“载书十车以行”，边逃边读，边读边逃。小路狭隘，书又沉，更拖慢了诸人的逃跑速度。
到汀州城外时被清军追上，他带着曾皇后和随驾的周之藩等躲入关帝庙。清兵在门前厉声呼喝：“谁是隆武?”周之藩舍身想掩护隆武帝脱险挺身呼曰：“吾乃大明皇帝也”，清军群射之。周之藩拔箭，手杀数十人，最后脑后中箭，坠马被杀。将军熊纬督二十余人格斗，最后喉咙中箭而死。清兵也怀疑他不是隆武帝，进庙搜查，只见后门洞开，庙内空无一人，知隆武帝和曾皇后已从后门逃入汀州城内。
到汀州时，隆武帝的随从仅仅五百人而已。隆武帝在汀州刚歇过一口气，转天凌晨，清军前锋统领努山命令几百个兵士穿上明军服装，打着明军旗号，直奔城门。汀州守军以为是败退下来的明军，让清军进程，清军一拥而入，俘获了隆武帝和曾皇后，并将他俩分别押入轿子送往福州。到闽江支流九溪边停下休息时，曾皇后猛然窜出轿子，哭喊一声，陛下宜殉国，妾先去了。纵身跳崖身死。朱聿键也几次想自尽，都因清兵的严密监守而未成，于是绝食而死在福州囚处。
不过另有一说是隆武帝是被清军乱箭射死在汀州城衙的大堂上，同时遇难的，还有其皇后曾氏、沈嫔、陈嫔和不满月的皇子。隆武帝终年四十五，百姓敛葬于罗汉岭。壬戌，天兴府陷落，阳曲王朱敏渡、松滋王朱演汉、翼城王朱弘橺、奉新王朱常涟遇害。十月辛卯漳州陷落。其弟唐王朱聿鐭于十一月在广州继位，改元绍武，是为明文宗。永历帝即位后，不知隆武帝下落，初上尊号思文皇帝。当时有说法称隆武帝潜至安溪妙峰山为僧，或称在汀州单骑逃跑，藏于乡民蒋氏家中，清兵去后前往大帽山。1651年(永历五年)曾遣侍郎王命璇巡访隆武帝下落，1657年(永历十一年)，确信隆武帝已死，上庙号绍宗，改谥号为配天至道弘毅肃穆思文烈武敏仁广孝襄皇帝。
