14世纪，侯赛因和铁木尔成功地从东察合台汗手中夺回了河中地区。但是，秃黑鲁。帖木儿之子也里牙恩即位之后，为了重新夺取河中地区，又起而反对侯赛因和帖木儿。公元1365年，侯赛因和铁木尔集合军队，在阿雷锡河畔同敌军遭遇。因为战争在大雨滂沱之下进行，战马滑得站不住脚而纷纷跌倒，这次战役在历史上被称为“泥泞之战”。铁木尔和侯赛因战败，铁木尔带领部分军队过阿姆河的，成功地逃进巴尔赫。
而也里牙恩汗的军队在撒马尔罕却遇到了意想不到的反击，市民们由于厌恶他的贪婪和掠夺，自发组织了“萨尔巴多尔运动”，组成了守城卫队，也里牙恩汗尽管想方设法地攻城，却也没能如愿以偿，最后只得撤退。
铁木尔很快便得到了东察合台军队从撒马尔罕撤退的消息，公元1366年初春，他与侯赛因率军回到撒马尔罕，但“萨尔巴多尔运动”的领导人们也拒绝他们入城，于是他们给萨尔巴多尔集团写信，其中宣称：“我们完全相信你们，将会比其他统治者更好地对待你们。”萨尔巴多尔的领袖们相信了这些诺言，前往铁木尔的大营，但当他们到达那里以后，统统被逮捕处死。这样，侯赛因和铁木尔极为容易的重新掌管了撒马尔罕。不过，侯赛因自任埃米尔，任命铁木尔为沙赫里夏勃兹和卡尔西的行政长官。一直以成吉思汗继承者自居的铁木尔当然不会屈居于侯赛因之下，1370年，在撒马尔罕的一次政变中，侯赛因被杀死，铁木尔成为整个河中地区的统治者。
有了自己根据地的铁木尔终于可以大展拳脚了，在他的一生中，几乎与所有当时最为显赫的国家作战，取得了一个又一个辉煌胜利，简直可以哀叹“苦于没有对手”了。于是，在他去世前，他把自己目光注视到了刚刚经过“靖难之役”明帝国的身上，1404年，已经69岁的铁木尔亲率八十万大军，远征明朝，但在中途便因病去世。这对于军事爱好者来说是一个极大的遗憾，明朝皇帝中最为好战的明成祖也是一个出色的军事家，手中也有一支骁勇善战的军队，他与铁木尔交手，必定会相当精彩，而胜负也难以预料。不过，如果明成祖失败，狂热的伊斯兰教徒铁木尔面对中国根深蒂固的儒教传统会发生什么，也实在让人不寒而栗。
铁木尔在遗嘱中给他的子孙各留下一块封地，在他死后，他的后裔立即展开了争权夺位的血战，帝国因此四分五裂。与此同时，奥斯曼土耳其人、贾拉尔人、土库曼人在西部开始恢复失地，结果，西部地区落入了两个土库曼王朝手中：黑羊王朝（1378～1468年），据有亚美尼亚和阿塞拜疆；白羊王朝（1378～1502年），据有迪亚巴克儿、阿塞拜疆。铁木尔的后裔的控制区只限于河中、阿富汗斯坦和伊朗东部。15世纪中叶，术赤的后裔昔班率领乌兹别克游牧部落在中亚草原兴起，1500年攻占布哈拉和撒马尔罕，建立乌兹别克汗国，铁木尔帝国灭亡。
