仅从地位上来说（不计算所含佐领和人数），八旗满洲中上三旗的地位最高，其次是正红旗（礼王系，代表太祖门长，诸王之首），正蓝旗（睿亲王系，战功第一，诸王次首），镶白旗（肃亲王系，代表太宗门长），镶红旗（克勤郡王系，代表太祖长孙门长，郡王之首），镶蓝旗（郑王系，代表显祖塔克世支系，唯一的非太祖后裔功封铁帽子王）。
首先，满蒙汉八旗的地位
清朝八旗是一种社会管理制度，但并不是只有八旗，而是二十四旗，分别是八旗满洲，八旗蒙古和八旗汉军，地位最高的当然是“正主儿”满洲八旗，而满洲八旗各旗的地位和实力与他们的旗主有很大关系。
从满蒙汉（当时）三个民族来看，汉军八旗其前身是辽东辽西一代被掳掠为包衣的汉人和投降清朝的明军，其地位在清朝地位是最低的。八旗蒙古在努尔哈赤建立八旗制度伊始，就编入了大量蒙古牛录（佐领），到了皇太极崇德年间已经增加到一百一十七个牛录，半分佐领五个。雍正年间更是增至二百零四个，遂为定制，另外满洲建立之初与蒙古诸部渊源很深，互相征伐又相互嫁娶，所以八旗蒙古的地位以及爵位仅略低于八旗满洲。
其次，八旗互换
八旗刚刚创立之时，论旗主地位，八旗（四旗镶边后）最高的应该是两黄旗（正黄，镶黄，包括阿巴亥的三个儿子多尔衮，阿济格，多铎），由努尔哈赤亲领，其次是大贝勒代善统领两红旗（正红，镶红），二贝勒阿敏的镶蓝旗，三贝勒莽古尔泰的正蓝旗，四贝勒皇太极的正白旗和努尔哈赤长孙（褚英之子）杜度的镶白旗。
努尔哈赤在去世之前，八旗旗主发生了很大的变化，努尔哈赤将自己亲统的两黄旗很多旗份和牛录分给了自己最钟爱的三个小儿子：阿济格、多尔衮和多铎，并把四贝勒皇太极的长子豪格封入了镶白旗取代了杜度（其父褚英被处死）。而两红旗也分了家，代善的后妻和代善长子岳托、次子硕托的对立，代善家中出现矛盾，于是太祖做主让岳托、硕托与代善分家，岳托（克勤郡王系）便成为了镶红旗旗主（铁帽子顺承郡王勒克德浑是代善次子萨哈廉之子，为镶红旗小旗主）。
皇太极即位后，当时地位最高的旗是正白旗，但随后皇太极将黄、白两旗的互换，换旗的主要是因为当时的后金国已受到汉文化的强烈影响，黄色是君主帝王的代表服色，只有君主才能使用黄色。
另外此次换旗只交换旗帜和服色，各旗所属人众仍归各旗主所有，所以没有引发太大政治震荡，原两黄旗的多尔衮，阿济格，多铎三兄弟并没有太大的异议，自此多尔衮（睿亲王系），多铎（豫亲王系），转而成为镶白旗和正白旗的旗主。而皇太极和豪格（原镶白旗）父子成为两黄旗的旗主。
另外几旗的旗主也发生了变化，永平之战镶蓝旗旗主阿敏逃回关外，皇太极借此机会整肃阿敏，召集众大臣及贝勒议其弃守永平、图谋自立等十六项大罪，处理结果是削去阿敏的镶蓝旗主之位并圈禁在家，所属镶蓝旗赏给济尔哈朗，自此济尔哈朗（郑亲王系）成为镶蓝旗旗主。
正蓝旗旗主莽古尔泰在大凌河战役中因与皇太极发生剧烈冲突，甚至拔刀威胁皇太极而获罪，受到降爵、罚银等处罚，去世之后又发现他谋反的证据而被皇太极夺去正蓝旗，子孙降为红带子。之后皇太极将自己和豪格统辖的两黄旗和正蓝旗重新混编，重新划分为三个旗。由皇太极亲自统领两黄旗，将新编的正蓝旗授予豪格，于是豪格又变为正蓝旗旗主。
此时，论地位皇太极的两黄旗居首，其次是率领八旗左翼的多尔衮和多铎兄弟的两白旗，率领八旗右翼的代善，岳託的两红旗，以及在宁锦关作战的济尔哈朗的镶蓝旗以及豪格的正蓝旗。
在大凌河围攻名将祖大寿时，我们可以看出当时的八旗的作战形式和当时各旗的部署方向。
正黄旗兵马围北面之西，皇太极亲自在后率军策应。
镶黄旗兵马围北面之东。贝勒阿巴泰率护军在后策应。
正蓝旗兵马围正南面，贝勒莽古尔泰、德格类两贝勒率护军在后策应。
镶蓝旗兵马围南面之西，贝勒济尔哈朗率护军在后策应。
蒙八旗右翼兵马南面之东。固山额真吴讷格摔护军在后策应。
正白旗兵马围东面之北，贝勒多铎率护军在后策应。（可以看出年轻的多铎在皇太极心中的地位很高）
镶白旗兵马围东面之南，贝勒多尔衮率护军在后策应。
正红旗兵马围西面之北，大贝勒代善，率护军在后策应。
蒙八旗左翼兵马围正西面。固山额真鄂本兑率护军在后策应。
镶红旗兵马围西面之南，贝勒岳托，率护军在后策应。
蒙古其他诸部落贝勒，各率所部兵围其隙处。
总兵官额驸佟养性， 率八旗汉兵炮队在同往锦州的大道扎营，准备炮击和封锁锦州援军的来路。
并严令诸将各固守本地，勿纵一人出城。
皇太极去世后，为了争夺帝位，多尔衮与多铎的两白旗和忠于皇太极的两黄旗以及支持豪格（肃亲王系）的正蓝旗在盛京大打出手，济尔哈朗的镶蓝旗和代善父子的两红旗理论上也支持肃亲王豪格继位，在八旗中有六个旗支持的豪格由于过于懦弱，再加上多尔衮的强势，失去了登基为帝的机会。最终采取折中的方法，由皇九子福临继位，既是顺治皇帝。
顺治五年，肃亲王豪格被一手遮天的“皇叔父摄政王”多尔衮囚禁暴毙后，多尔衮霸占的豪格的正蓝旗并与多尼（豫王多铎之子）正白旗对调，多尔衮正式统领了两白旗。此时两白旗的地位仅次于正黄旗。
然而多尔衮死后，顺治皇帝最终将已经属于多尔衮的正白旗归为皇帝管辖，与正黄，镶黄两旗一起，被称为上三旗。另外把镶白旗与原本属于豪格的正蓝旗再次进行了调换。最后在康熙皇帝即位后，又将镶白旗（原正蓝旗）的统领之权还给了豪格的儿子显懿亲王富绶。肃亲王豪格一脉一直在镶白旗。
最后，八旗的地位
自此八旗没有在发生大的变化，上三旗为正黄，镶黄，正白。下五旗为正红，镶红，正蓝，镶蓝和镶白，下五旗之首为正红旗。下五旗的包衣进入皇帝统领的上三旗被称为抬旗。
所以，八旗中由皇帝统领的上三旗的地位最高，其次是是正红旗（正红旗门长为礼王系代表太祖门长诸王之首），正蓝旗（睿亲王系，战功第一，诸王次首），镶白旗（肃亲王系，代表太宗门长），镶红旗（门长为克勤郡王系代表太祖长门长孙郡王之首），镶蓝旗（郑王系，代表显祖宣皇帝支系，是唯一的非太祖后裔的铁帽子王）。
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清朝八旗有上三旗和下五旗之分，镶黄旗在八旗中居于首位，而上三旗的地位高于下五旗。也就是说上三旗剩下两旗之间没有地位之分，下五旗之间也没有地位之分。
清朝的八旗本无高低之分，但清军入关前，八旗中的正黄和镶黄两旗由皇帝直接统领，区别于其它由宗室子侄统领的六旗，因此正黄旗和镶黄旗的地位比其他六旗高。但后来在顺治年间，由多尔衮统领的正白旗也被归为皇帝统领，因此八旗有了上三旗和下五旗之分。
镶黄旗之所以例外，是因为他是最早属于皇帝一个人，正黄旗和正白旗都是后来才归皇帝统治。而且镶黄旗内无王，由皇帝所亲统，兵为皇帝亲兵，侍卫皇室的成员也从上三旗中选。
而且在清朝很多有名的重臣，都是出自镶黄旗的，一些后宫嫔妃们，也是镶黄旗出身的最多，镶黄旗的九大老姓分别是：瓜尔佳氏、钮祜禄氏、博尔济吉特氏、舒穆禄氏、叶赫那拉氏、辉发那拉氏、乌拉那拉氏、郭络罗氏、伊尔根觉罗氏。另外在入关前还另有两个重要的部族，一为董鄂氏，一为富察氏，此亦为外戚。
镶黄旗创建于1615年，旗帜为黄色镶红边。镶黄旗没有设置旗主，由皇帝亲自率领。在八旗中，镶黄旗的人口数量不是最多，到清朝末年，也只有约2.6万兵丁，男女老少总人口13万人。但是，镶黄旗的成员最为尊贵。
