南明隆武帝朱常瀛死后，朱常瀛的儿子桂王朱由榔就继承皇位成为了永历皇帝。
朱由榔这个皇帝不是他想当的，朱由榔又没有从政的经验，乱世之君往往下场都很惨。满清王朝是化外蛮夷，靠着大明王朝的内部消耗才逆袭夺取了大明江山。满清入主中原以后，对中原百姓进行血腥镇压。尽管对崇祯皇帝朱由检进行了国葬，但是对南明政权却是采取的赶尽杀绝的政策。
唐王弟朱聿粤绍武帝在广州称帝后，与在肇庆称帝的朱由榔进行了争夺南明正统皇帝的战争。但是这种情况只持续了四十天，就因为朱聿粤被清军所灭而告终结。朱由榔还未来得及高兴，便被清军的大举进攻吓得逃到了广州，不久广州又告陷落。朱由榔只好仓皇逃命到南宁暂且栖身。三姓家奴吴三桂云南立藩之后，为了表示对清廷的效忠，一直没有放弃对南明政权的征剿。朱由榔才疏学浅，本来也是个没有什么作为的明主，初始还同李自成的残部李来亨部队合作共同抗清，但是由于两方各怀异心，不能共同进退。不久李来亨部离开南明军队独自抗清，后被清军剿灭。
永历皇帝依仗李定国和孙可望的支持，在两广一带维持与清军的抗衡，时间长达数十年之久。但是随着满清政权在中原地区的逐渐稳定，南明渐渐难以支撑。1661年南明被清军所灭，永历皇帝带领南明皇室及军民被迫放弃兵器辎重，得以撤入缅甸。在此后的几年时间里，追随永历皇帝的部队或死或散，最后只剩下25名眷属跟随。
1662年1月，吴三桂的军队进入缅甸境内，缅甸王莽达的弟弟莽白发动政变，杀掉了莽达成为新任缅甸王。莽白不愿与清廷为敌，便将永历皇帝、马皇太后、王皇后及太子朱慈炬等人押入囚车，准备交给平西王吴三桂。追随永历皇帝数载的25名眷属，哭泣着不愿离开，情愿跟着永历皇帝一起赴难。在押解永历皇帝等人回云南的途中，王皇后不愿意回国受辱，便趁人不备，用破碗刺断咽喉而死，永历皇帝及众人皆啼哭不止，时天突然降下大雨，仿佛也是为王皇后惋惜。
永历皇帝回国后，吴三桂将其一干人严密拘谨，但是在待遇上却很优厚。在清军中有一名甲喇章京曾与南明大臣密谋劫狱。可惜事情不密，被清军发现。该章京便带人入狱强行抢人，吴三桂大惊之后派重兵弹压，将甲喇章京及参与谋事主使人共11人凌迟处死，不想却引起其部下哗变，吴三桂杀满洲兵2000多人后，才将此事平息。为防止再有人劫囚，吴三桂向清廷请求将永历皇帝等人就地处死，以绝后患。
1662年4月14日，吴三桂将永历皇帝及太子朱慈炬及眷属25人在昆明篦子坡用弓弦绞杀。后此地改名为“迫死坡”以纪念永历皇帝被杀事件。永历皇帝朱由榔死后，南明灭亡了。
他作风朴实、不嗜酒、不恋女色、孝母爱妻。而且他身材魁梧、体态微胖、一举一动颇有帝王之风。为了能够使南明政权能够维持下去，永历皇帝甚至想到了求助于宗教的力量，1648年永历皇帝家族全家受洗，除永历皇帝本人外，自皇后以下皆入天主教。永历皇帝以此来取悦罗马教廷，希望能够借助西方国家力量来帮助南明政权，可以看出他还是很是想把汉人政权维持下去的。
