终极蜘蛛侠之死
首先，终极蜘蛛侠在2000年推出，紧接着又在2002年推出了终极X战警，最终推出了终极神奇四侠。在此，都是以0开始计算期数。并且，这些漫画被定义在616宇宙之外，互不影响。人物故事设定与原版相比做了很大的调整以反映过去于现在的连续性。其中大部分是上世纪60年代与70年代创作间的差异。例如，帕克是被基因工程的蜘蛛咬了而非放射性蜘蛛。而他的兼职工作本是拍照，而现在是号角日报网络管理员。另一点与主宇宙不同的是里面的角色都比原来的年龄小一些。从2005年月到2007年初，marvel公司的漫画都在打终极宇宙的广告，终极宇宙漫画开头都带有终极2字，并有一口号“Ultimate Marvel: The Gold Standard”创作终极宇宙的漫画家包括Brian Michael Bendis, Warren Ellis, Orson Scott Card,Mark Millar. 和Mark Millar. Joe Quesada 。甚至连MARVEL公司前总裁Bill Jemas 也参与过创作。后来在终极通牒事件后，整个终极宇宙被重启了一次，2009年重启后更名为 终极漫画#### 。紧接着，在2011年8月，MARVEL用终极蜘蛛侠之死事件再次重启，这次以 Jonathan Hickman, Nick Spencer 和Brian Michael Bendis 为首，重启后有终极漫画：终极漫画X战警，终极漫画：蜘蛛侠和终极漫画。此外，终极漫画：辐射和终极漫画：“鹰眼”作为微型系列发布终极蜘蛛侠
从2000年开始的新系列。以《神奇蜘蛛侠》为蓝本，重新开始蜘蛛侠的故事。人物设计也与原版不同，更满足21世纪的风格。目前连载至160期，大事件“蜘蛛侠之死”已结束。在160期中绿恶魔与Peter Parker互击而死。此后开始新系列《终极漫画 全新蜘蛛侠》，主角换为一个拉丁混血的少年。
终极x战警
终极x战警x战警的终极版，推出了100期，后来在终极通牒后又推出了终极x。
终极起源
可能Marvel想把终极系列所有故事都联系起来~所以就有了这部作品~让大家知道原来终极世界里所有超级英雄都和一个计划有关系~同时这部作品也是终极通牒的前奏~观察者的降临预示着要有大事件发生~并且里面揭示了终极世界变种人最大的秘密~当然里又出现一个终极世界里的新英雄——黑豹~
新终极联盟
终极蜘蛛侠第一期封面
这个故事应该和终极漫画复仇者是一条线的。终极联盟的老大是 丹佛斯上校，执行正大光明的任务。复仇者的老大是尼克。弗瑞，执行见不得人的任务……
终极毁灭
Peter的复制人Jessica Drew(Spider-Woman)来到专门研发科技的Roxxon集团外面，她想调查它揭发它的阴谋，突然大厦却出现大爆炸，一只怪物从内至外爆出，她救出几个科学家，同时间Reed Richards的家也发生大爆炸。在神奇四侠的基地Baxter大楼内，Ben(The Thing)自空军放假回来探望Susan，当他知悉Susan和Reed已分手后，向Susan表白爱意，但不待Susan回覆已然要离开，这时Baxter大楼也受到同样的外星怪物袭击。
在街上，Nick Fury也一样受袭，正好Johnny(Human Torch)和Peter(蜘蛛侠)路过，两人亦发现Baxter大楼被袭，幸好Susan无事。他们去找Reed，知道他已遇难被杀，Peter猜想可能自己的家也会受袭击，於是赶回家中，正好遇上一些外星人，Peter、Johnny、Ben和大批SHIELD特工一起将那外星人制服，但战斗中Ben的皮甲却一一脱落，更变得全身发出紫光，幸好他也无事，在使用力量时才发出紫光，平常则回复人类型态。他们擒获一个外星人，在Nick Fury的逼供下，说出他是由其制造者派来，要毁灭这个世界，然后再建造一个全新美好的世界。
Ultimate Galactus Trilogy（终极版银河王三部曲）
三部曲分别为 Ultimate Nightmare、Ultimate Secret 和 Ultimate Extinction。另外要注意的事情是，在终极世界观中，银河王不是宇宙神，而是一群专门摧毁星球的巨大机械人种族 Gah Lak Tus（仔细看，就知道发音跟银河王的原文 Galactus 类似），他们的使者就是模仿银色冲浪手的模样，用宗教名义鼓励一些盲从者自杀，之后再循序渐进用各种方式杀死该星球居民，最后再吸取星球的能量并毁灭。
距离当初坠落到地球已经有一世纪的现在，幻视开始慢慢自我修复，并在地球各媒体散发银河王即将到地球的讯息。尼克跟军人科学家 Sam Wilson（山姆?威尔森，英雄代号 Falcon），还有黑寡妇和美国上尉等人组成一个搜索小队，另一方面X教授也收到这讯号，於是也派出金钢狼、琴和巨钢人去调查讯号所在地。美国上尉的小队进去该基地时，发现那裏有一些冷战时期被遗弃的苏联版超级士兵，经过一番战斗后，又与X战警小队对抗上，可随即发现了正在进行修复中的幻视，她警告银河王将会在短期内前来毁灭地球。
美军基地内这时正在试射一艘使用新引擎的载人用穿梭机，一个机械人突然出现，打算要破坏穿梭机，这时有名叫做 Philip Lawson 的科学家，著装一个外星装甲摧毁了该机械人，但随后神盾却逮捕他。尼克及他的左右手 Carol Denvers 上尉（在正统世界是超级女英雄 Ms. Marvel，可在这只是个普通军人）一起调查 Philip，他承认自己是外星种族 Kree 的军官，原名是 Mahr Vehl 也就是 Captain Marvel（神奇上尉）。他本来被派到地球阻止地球人开发火箭穿梭机的，因为 Kree 族的信仰就是要奉行银河王的任务，所以不能让地球有任何逃脱的方法，要他们等死接受其制裁。
不过 Mahr Vehl 爱上了地球，所以反过来背叛并帮忙。
尼克结束神奇上尉的审问后，马上找来惊奇四超人来和终极战队联手，并随后将两队英雄整合分成两组，一个跟神盾部队留守穿梭机，一个则派去攻入了 Kree 派到地球的太空船，来获取有关银河王的资料。山姆也在这时修理好了幻视，得知银河王这几个世纪以来的毁灭历史，而幻视就是其中一个星球的种族，在他们被毁灭前所建造出来，好送到其他星球去警告的使者，可是通通都失败。而神盾也找来X教授，制作一个可以比他在X学院使用的机器，还要能更扩好几倍心灵能力的装置，让他来跟银河王沟通。惊奇先生则另外想到一个反击方法，就是建造一个可通往多重世界的巨大传送门，然后投放一枚超级炸弹，透过传送门丢进一个新生的宇宙，好加速宇宙大爆炸 Big bang 的形成，并将大爆炸释放的能量，经传送门变为炮台射向银河王。
在地球只剩下一个星期的期间，一个私家侦探 Misty Knight 因调查一件案件，看见了一个水银样貌的人，和一个光头女人 Heather（此世界版本的 Moondragon），这女人属於一个崇拜银河王的宗教组织，水银人是派来的使者（在随后 Ultimate Fantastic Four 连载里，有揭露出这使者是银河王模仿某星球王子，用其形象所创造出来，该王子就是银色冲浪手）。这个水银人发现 Misty 跟踪他们而发动攻击，接受到攻击警报的美国上尉跟 Falcon 制服水银人，同时也透过 Misty 得知光头女所在地，并随后跟神盾小队拿下她。此时X教授也透过机器强化心灵能力跟银河王种族沟通，但他们视他为低下种族，认为有交流是个污染，将其反击回去，使得X教授遭到反馈的心灵能量攻击而受伤。但银河王种族仍不爽，于是又派出一个水银人飞往神盾基地进行破坏，所幸在钢铁人和神奇上尉联手出击，辛苦消灭了这个水银人。
那位光头女说到自己家族（透过复制扩大）已经侍奉银河王许久，所以只要时机到了，他们整个家族就会帮助银河王摧毁地球。果然才刚讲完，数以万计的光头男和光头女部队，手持重武器袭击神盾基地。终极战队和X战警，率领神盾部队进行反击。接著X教授透过琴的帮助，让地球人民也跟X教授一起用心灵传送，使得银河王种族稍微减缓行进，最后再由惊奇先生使用他们的方式，将百分之二十的的银河王种族给毁灭。第一次受到如此重创，感到害怕的银河王种族，於是离开地球。事后，尼克说到已经将地球对抗银河王种族的方式，透过幻视转交给其他外星世界，同时尼克也表示这是让其他世界知道，地球不是他X的那麼好惹的宣言。
Liberators Invasion（解放者入侵）
这些想要私底下报复美国的国家为法国、伊朗、俄罗斯、中国、朝鲜和叙利亚等六国，当然上段也说过，一些仇视美国的国家也偷偷赞助这项恐怖攻击计画。这个多国联盟的超人类团队叫做 Liberators（解放者），意指将从美国的蛮横无理中解放出来，重新获得自由。而这群超人类小组率领的军队也正慢慢集结，准备在适当时机侵略美国，他们首要的目标就是瘫痪美国一切的军事和实验设施，并绑架美国主要的超人类，让美国不再保持超人类士兵科技发展的优势，顺便藉此重创美国军事和经济。
此外，解放者还跟洛基结盟，而洛基则企图让终极战队内哄。首先再提一次，索尔在终极世界观早期里，没有人相信他是个神，只是认为某位可以操控闪电，拿著鎚子的超能力者，并用北欧神话的雷神名字当作其英雄称呼而已。而且此世界观索尔战甲和早期槌子，都是比利时为了自己的超级士兵计划所创造之科技产物，为此当索尔常常讲神话的东西时，大家都认定他在幻想。也因为有这样的克板印象，每当索尔跟他那些一般人看不见的同胞交谈时，其他人都会以为索尔是在跟空气讲话，更认定他就是一个神经病。
洛基挑拨离间的第一步，就是透露出浩克是布鲁斯的事实，让社会大众挞伐终极战队，而美国上尉则认定之前不满终极战队，而离开队伍的索尔透露出这秘密。但索尔说自己跟同胞谈过，这是洛基的阴谋，不过美国上尉认为又是索尔犯精神失常而胡言乱语。接著布鲁斯被公审，钢铁人把他绑在一艘船舰上，打算让布鲁斯被炸弹炸死，没想到最后一刻，布鲁斯变成浩克逃了出来（中间过程请看下段介绍）。
第二步是故意让索尔在欧洲大闹，使得终极战队跟EDI联手制伏他的当下，自己再伪装成一个名叫 Gunner 的科学家来出面解释。他对众人的说词是索尔身上的装备都是由他发明，而索尔是他的亲生兄弟，真实名字叫做 Thorlief，可是 Thorlief 却偷走这一套装备，然后藉此自称是奥丁之子索尔。众人藉由以前的克板印象，相信这位洛基所伪装的科学家所说，因此即便索尔再怎麼解释，仍就被关了起来。
接著，透露出终极战队的黑寡妇是协助解放者的间谍，不是因为她是俄罗斯人，也不是她赞成解放者的思想，而是恨美国将她的祖国变成一个流氓充斥的国家。黑寡妇杀死鹰眼的老婆和孩子们，并挟持鹰眼，而洛基则假造摄影机影像，让画面呈现出来的是美国上尉所为，使得美国上尉被陷害给关起来。
然后黑寡妇还杀死未婚夫东尼的管家贾维斯，并也绑架东尼，打算掌控史塔克集团的一切资产。而同样也是终极战队成员的蚂蚁人汉克?皮姆，因为超级英雄和科学事业都遭遇低潮，加上分居的妻子胡蜂女也在跟美国上尉交往。在这种双从打击下的怨天尤人心态，也促使汉克成为另一个背叛的队员，将自己原本替神盾开发出来的机械人士兵部队 Ultron（奥创），提供给解放者当作军队使用。先提醒一下黑寡妇和蚁人早已背叛，根据故事暗示，解放者组成的时候就有跟两人连络，但黑寡妇明目张胆的杀人行为，是当解放者军团攻击的当下，同时间做出来的，因为她认为时机已到，不需要再隐瞒。
所以解放者除了有自己的士兵部队外，加上还有机械人援军，以及两个终极战队成员的里应外合，於是开始向美国进军。首先，解放者的士兵屠杀了神盾的超能力者部队，并绑架了蜘蛛人、惊奇四超人、X战警和大部分的终极战队成员。但鹰眼逃走，放出 Quicksilver（速银侠）和 Scarlet Witch（猩红女巫），而没在第一波攻击被抓拿的胡蜂女也救了美国上尉，至於东尼也挣脱黑寡妇的挟持，成功穿上新装甲，浩克也出现帮忙对抗解放者，汉克见情形不对，指挥奥创军团改攻击解放者的士兵，辩称自己是间谍而非真心背叛。解放者被打败，但洛基在这时却招换出一些恶魔和半兽人军团，猩红巫婆也用魔法放出索尔，但索尔不再拿比利时超级士兵计画所做的科技槌，而是拿著真正的雷神之槌，因为这次奥汀回应其呼救，并让他恢复神力。接著索尔就招换自己神兵神将的同胞一起作战，这时众人才知道自己身边的这位索尔，真得是北欧神话中的"索尔″。
这事件过后汉克被捕，鹰眼杀死黑寡妇替家人报仇，美国上尉认为终极战队是被当作政府利用，好发展国际权力的棋子，才会引发这次的入侵事件，於是决定脱离政府变成独立的超级英雄团队。而一些有参与解放者计画的国家，尤其是中国和俄罗斯等联合国会员国，当然vsk任撇的一乾二净，并解释里面有自身国家的人民会去参与，是他们个人行为，甚至还派出团队援助美国进行灾后重建，以及全力配合调查。
Ultimate Wolverine vs. Hulk & X4（终极版金钢狼对抗浩克和X4）
这故事发生在终极X战警六十九到七十一回之间，以及终极战队二第十一回之前，叙述因为洛基公开布鲁斯就是浩克的秘密后，他就被绑在战舰上，等著炸弹来执行自己的死刑，但布鲁斯最后变成浩克逃掉了。原本以为浩克死掉的众人，结果被尼克发现布鲁斯还活著，而金钢狼则因为自身的嗅觉能力加上杀手技巧，所以被找来处理浩克。接著，金钢狼来到上次报告中浩客出没的地点－中国西藏，他发现一个女人都没有，后来追踪到浩克时，才发现这些女人都被抓来当作浩克的后宫，而浩克也自立为王。
金钢狼在与浩克的战斗中被撕碎成两半，这时却有一个女浩克降落了，但跟正统世界是布鲁斯表妹不同，终极世界的女浩克是布鲁斯情人贝蒂。结果神盾丢一颗核弹下来，浩克去阻止，并说了一些话给贝蒂，而贝蒂则说我爱你之后，金钢狼就陷入一层黑暗中。接著，尼克跟金钢狼的头说话，也说是神盾投核弹，却没发现男女浩克的踪迹，於是他们把当时在场的金钢狼其头部砍下来，这样就不用怕金钢狼反抗。金钢狼脑海里知道当下浩克说的话，就是要贝蒂几天后，去摩洛哥的卡萨布兰卡市会合，但金钢狼跟他内心的野兽精神－熊猫打过一架后，熊猫说千万不要跟尼克讲，所以隐瞒这件事情，导致金钢狼头部中一枪，又昏迷了过去。
接著，金钢狼发现自己双手被限制住且关在神盾的监狱里，而刚好也遇到正要逃狱的万磁王手下 Forge，於是两人合作逃出去。然后金钢狼要 Forge 制作一个 "情侣版" ，且可以封锁对方能力的项圈，这项圈是只要你使用超能力，就会被杀死。於是金钢狼先是制服了贝蒂的行动，接著在往卡萨布兰卡的班机中，也给布鲁斯戴上这项圈。布鲁斯为了赌金钢狼是好人，所以故意跳机，追上来的金钢狼，只好把布鲁斯项圈给切破，让他变成浩克。这时尼克也出现，说到他是故意让罗根和 Forge 成功逃狱，藉此得知浩克所在地，然后尼克对浩克威胁说，贝蒂在神盾这里，所以当他需要浩克帮做事时就要过来，而他也说过金钢狼从此在他的黑名单上，不过金钢狼说，我是个突变人，老早就在人类的黑名单上。随后尼克走了，故事在金钢狼和浩克互相吐槽下结束，并随后连接到终极战队二，解放者入侵的故事中。
此故事是重新讲述正统世界金钢狼与浩克的第一次见面，也就是浩克自己连载的 Incredible Hulk 第一百八十到一百八十二这三回，同时这三回也是金钢狼在漫画历史，以及在惊奇世界观首次登场的漫画。有趣的事情是当这 Ultimate Wolverine vs. Hulk 这故事在还没推出时，是用正统世界金钢狼的梦境叙述来做为预告，也就是他梦到终极世界观的自己在跟浩克对决，金钢狼一开始以为是梦到过去，但心里纳闷有点不太一样，最后自己下个结论是可能这个对决已经过太久，导致梦境跟现实有点不同。
有一天，X教授突然发现有收到疑似外星人的求教讯号，於是派一些X战警前往。结果没想到这是个调虎离山之计，Mad Thinker 藉此偷走X教授的心灵放大机器，并伪造成是惊奇四超人所为。这导致X战警和惊奇四超人打了起来，但随后两队知道是 Mad Thinker 所为合力打败他。这个合作故事 Ultimate X4，也是致敬正统故事的X战警和惊奇四超人合作短篇连载X4，当然剧情完全不一样。
Ultimate Power（终极力量）
Squadron Supreme（至高中队）是惊奇致敬正义联盟设定所创作的团队，所在世界是 Earth-712。后来他们有一个重新朔造的版本，连载故事叫做 Supreme Power，所在世界是 Earth-31916。而 Earth-712 原始版本的至高中队则有跟正统世界的复仇者交流过，甚至也常到正统世界做客。由於这段两个至高中队我都会提到，所以接下来 Earth-712 的至高中队我会称为旧至高中队，Earth-31916 的我会称为新至高中队。
惊奇先生李德想要治疗石头人班，所以打算派探测器，去 N-Zone（反物质区）以及平行世界收集相关资料，於是跟神盾报备需要的相关设备和资源，但尼克考虑到安全性不准。因此李德不管命令，就将五个探测器派往不同空间做调查，没想到过几天后，惊奇四超人基地－巴克斯特大厦屋顶突然爆炸，出现了新至高中队。这时彼得跟他女友 Kitty（凯蒂，暗影猫）正在巡逻，发现巴克斯特大厦冒烟的情形，也看到惊奇四超人正在跟新至高中队在作战，於是赶去帮忙，而凯蒂则叫了X战警，随后尼克也带来终极战队来支援。新至高中队则说，在他们的世界里出现一群怪物，结果发现是李德的探测器所导致，於是要带他过去处理并受审。
李德认为是他的错，於是自愿跟新至高中队去 Earth-31916，不过尼克整合超级英雄团队，也找来末日博士，并跟神盾部队组成联军，然后藉著索尔开启的通道，跑到 Earth-31916 去拯救李德。这时两队人马打了起来，蜘蛛人发现尼克好像跟末日博士有隐瞒事情，而尼克则跟一个未显示出来的盟友提到要回收侦测器，然后就回到终极世界。但没想到神盾的天空战舰被重创，那位未显示的盟友也透露出，末日博士倒戈，还打败了新至高中队和终极战队，企图征服 Earth-31916。尼克这时才透露出，他知道李德会违背命令，所以找来末日博士偷改造了探测器，而探测器会在传达资料给李德前，先告知神盾。而这未显示的盟友，则被揭穿是 Earth-31916 的 Emil Burbank 博士（尼克和末日知道他，只是读者一直看到的是黑影人，致敬雷克斯?路德的角色），因为他一直想杀死 Hyperion（亥柏龙，致敬超人的角色），所以透过李德的传送器放出怪物。就在这时，旧至高中队也从 Earth-712 来到 Earth-31916，声称自己世界也遭受到破坏，来这里了解原因。
从两方战斗现在变成三方混战，而末日博士击败钢铁人后，却被石头人撕碎，才发现此末日博士并非本人而是机器人替身，中间则发生 Earth-712 的 Nighthawk（夜鹰，致敬蝙蝠侠的角色），误认终极世界的美国上尉是正统世界版本。接著，尼克放出他偷偷昏迷带来的浩克，打算一口气结束这场混战，但没想到浩克狂暴化，最后就被再度发挥神力的石头人给撞昏。两个版本中队的 Arcanna Jones（致敬女魔法师莎坦纳的角色），透过猩红女巫帮忙，将旧至高中队送回去 Earth-712，终极战队则将尼克留在 Earth-31916 待审，因为他也是惹出事情的罪魁祸首之一。至於新至高中队的 Power Princess（力量公主，致敬神力女超人的角色），则跟终极战队来到终极世界，帮他们追捕另一个罪魁祸首－末日博士。但尼克则暗示万磁王有阴谋，所以把他留在这边是一个天大的错，不过众人认为这是他想回去的藉口，而神盾则由 Carol Denvers 接管。
Ultimate Human（终极人类）
布鲁斯打算请东尼制造一些微型机器人，好进到体内阻止自己变成浩克，可是却来一个名为The Leader 的大头反派将两人抓走。原来 Leader 的本名为 Peter Wisdom（彼得?卫斯德，在正统世界是英国秘密机关 M16 的成员，各位可以看看他的短篇，或者英国上尉的漫画，这角色是蛮有趣的反英雄），原本是一个 M16 机关的干员，由於接受英国一个名为 Enhancile 计划的实验，所以反增加自己增强心灵和精神能力。但也导致他的头变得太巨大，而且实验结果的副作用也导致下半身瘫痪，为此彼得被开除。
为了能治疗他的残疾，以及将身体尺寸提升到可以符合自己的大头，於是他绑架东尼和布鲁斯，还瓦解钢铁人的装甲，以及让浩克的愤怒消变回布鲁斯，然后企图将他们的血液抽出来，（终极世界观的东尼体内有许多奈米机器人）挪到自己身体使用。最后东尼用计，让布鲁斯再度变回浩克，打死 The Leader，不过在他死前已先用心灵能力，调派 F-22 轰炸机来进行轰炸，打算同归於尽。最后，浩克走了出来，不过也因为这次临时的变身，布鲁斯体内已经产生排斥奈米机器人的抗体，所以他变身浩克逃走，而东尼则跟他说抱歉。
Ultimatum（终极通牒）
在解放者入侵事件时的前几个月，尼克替终极战队带来了一个新成员－黑豹（在此世界观设定为 Weapon X 计画下的突变人，可伸出亚德曼金属的豹爪），但黑豹离开国家很久，很想念自己家园，所以美国上尉伪装成他的样子，让黑豹能回去处理事情，另外还有一个自称拥有北欧女武神瓦尔基莉神力的年轻女孩，也加入了终极战队，并跟索尔同居。终极力量事件过后，市面上出现东尼跟黑寡妇限制级的影片，然后猛毒突然冲进东尼的大厦进行攻击，但终极战队成功消灭猛毒。接著黄蜂女珍妮特发现蚁人汉克服药过多昏倒，猩红女巫被暗杀而死，鹰眼则去找蜘蛛人用"很客气的方式″问他有关猛毒的事情。
这时终极战队又遭到另一次攻击，这次来袭的是万磁王的突变人兄弟会，他们打算将猩红女巫的尸体带走，而万磁王透过雷射投影跟儿子速银侠派特罗交谈，然后要他带回姊妹猩红女巫旺达的尸体回来。终极战队与兄弟会的战斗结束后，发现派特罗跟兄弟会离开了，这时金钢狼也来到东尼的大厦。金钢狼跟终极战队一起行动，打算到 Savage Island 找万磁王，企图抢回旺达的尸体，好有线索找出杀人者。於是终极战队分成两队，一队跟金钢狼去找万磁王，一队则留在史塔克大厦找寻线索。而这时钢铁人将射死旺达的子弹带回来，可是却露出他是机器人的真面目攻击珍妮特，结果美国上尉用盾牌打破机器钢铁人的头，但接受治疗恢复的汉克马上也把那位美国上尉击破，原来这美国上尉也是机器人假扮的。
汉克说到这些机器人就是奥创，自从上次解放者事件后，他们就从战斗机器人变成管家机器人，可是其中一台却爱上猩红女巫，而那台奥创发现到速银侠和猩红巫婆这对姐弟（兄妹）有不伦恋，认定旺达不可能会爱上自己的奥创，用一颗设定有旺达DNA的子弹杀死她。接著伪装成汉克的奥创自称为 Yellowjacket（黄蜂侠），也讲出刚刚袭击终极联盟的猛毒事件，以及东尼和黑寡妇的性爱影片，都是他们所作的，目的就是要先毁坏大众对於终极战队的形象和信任。而旺达的死则是打算让万磁王跟人类开战，等双方两败俱伤后，机器人再坐收渔翁之利，同时终极战队则与 Savage Island 残存的人类一起跟兄弟会战斗。
接著，终极战队那一方面临苦战，而机器人版的终极战队则赶去 Savage Island 进行攻击，於是汉克和珍妮特放出早就被绑的东尼后，三人也一起赶去队友的所在地。最后三方开始了大混战，这时也揭露出机器人为了对抗万磁王，是用特别制成自己的身体，不汉克随后巨大化，把伪装成自己的奥创的头给扯了下来，而这台奥创就是母体，一摧毁其他奥创就失去动力。此时鹰眼则拿一把十字弓射向万磁王，但速银侠替自己父亲档下这一箭，使得愤怒的万磁王将岛上的大地飘浮起来，形成一个空中堡垒，并把受重伤的儿子带走，不过索尔也奋力一击将槌子丢出，却被万磁王用磁力接收。最后万磁王跟皮特罗说些父亲多爱自己孩子的话，接著就说到要人类付出终极代价。最后的最后，则出现了末日博士，意指他策画机器人执行这些计画，尤其暗杀旺达就是要让万磁王向人类宣战，这样子他才能因为阻止万磁王，而被全世界当作救世主来景仰。
一群自称是 Watchers（观察者）种族的机器石像出现，神盾派出惊奇四超人跟他们沟通，而观察者透过隐形女苏发言。他们说到世界将会发生巨变，所以会选择一个地球人当作他们的代表，接著就讲到终极世界观的一些过去历史。比方说尼克也是超级士兵，找了一些科学家进行第二期超级士兵计画，突变人是人为产生的，而非自然天生。至於被选中的使者，则是此世界的 Rick Jones（里克?琼斯），也是彼得的邻居。
万磁王用磁力改变地轴，让纽约市遭受海啸袭击，许多英雄和角色都死亡，尤其万磁王还亲手扭断好友X教授的脖子。这时突变人兄弟会也趁乱，藉机用 Multiple Man 无限分身能力产生出来的复制人，发动自杀炸弹客攻击，企图瘫痪美国各个超人类机关和英雄团队，许多英雄也因此跟著战死，最后金钢狼找到复制人本体，发现他原来只是个单纯的小男孩，只是被 Lorelei 的控制才会大量用自己能力。所以原本想说服他，告诉他所处的现在一切都是个幻觉，Lorelei 用能力伪装成他的母亲，甚至让他以为现在才一九九四年。没想到这小男孩无法收回自己分身，金钢狼只好忍痛杀死他，暂时解决这场复制人危机，让所有人有缓冲休息的机会。这时，陷入重伤且昏迷状态的美国上尉，灵魂则跑到了北欧神的地狱，并遇见为了爱人复活而战的索尔，结果是海拉女王耍诈，只打算让三人中的两人复活，於是索尔留在地狱，让美国上尉和瓦尔基莉苏醒。
美国上尉聚集残存的英雄，也与末日博士和力量公主两人，一同回到 Earth-31916，将尼克带回来主持大局。之后众人就去攻打万磁王的空中堡垒，但万磁王控制独眼龙的雷射眼镜和钢铁人的装甲，让他们两人联手攻击将金钢狼轰到剩骨头，但金钢狼仍用最后一口气，将爪子刺进万磁王体内，可万磁王也使用他的能量将金钢狼轰成渣。接著瓦尔基莉又砍断万磁王拿著索尔槌子的手，不过万磁王随后击退她来到自己的王座间。
这时尼克出现了，透过琴的心灵能力，让万磁王知道变种人不是天生的基因份子，也是人类改造基因而得来的超级士兵，这让万磁王崩溃并理解自己错了，就将地轴磁极改了回来，但独眼龙不能原谅万磁王所做的事情，於是用最大输出的雷射杀死他。事件结束后，因为万磁王惹起的事件，让民众越来越讨厌突变人，而政府也决定让突变人接受管制，当独眼龙正在进行相关演说时，突然头部遭狙击中弹身亡。原来开枪的是速银侠，且这一切也是他的计画，这样子父亲死了，X战警也解散，其他英雄团队又受到重创，没人能阻挠他了。接著石头人透过李德，知道这一切是末日博士所导致，於是来到其所在地，用尽全力捏爆他的头。
Post-Ultimatum（终极通牒之后）
目睹大海啸发生时，不惜牺牲性命拯救众人的蜘蛛人，号角日报老板 J.Jonah Jameson（J约翰詹姆森），开始认同他（跟正统世界完全不同），於是在自己报纸大力发表支持蜘蛛人的言论，让其免受跟突变人和其他超能力者一样的指责。玛莉珍也在终极通牒事件后，主动提出跟彼得分手，彼得则跟因 Carnage（屠杀）事件，就住在他们家的关（终极世界原本的关已经死了，这个是屠杀复制出来的复制人）开始恋爱。
由於惊奇四超人也在终极通牒后解散，火炬人强尼也来寄住在彼得家。X战警的冰人巴比，也因为终极通牒事件后，对於突变人舆论的压力，终於被受不了的母亲赶出来，於是打算住在暗影猫凯蒂家。可凯蒂母亲不准，所以凯蒂则去找彼得收容，於是彼得家现在有三个超能力者，另外彼得三任女友也开始互相比较，惹出不少搞笑剧情。一个新的超级恶棍 Mysterio（迷幻人）出现，并把纽约黑道之王 Kingpin（金宾）杀死，掌管了纽约黑道势力。另外也出现另一个穿著红色大衣的超级英雄，从迷幻人手中救出蜘蛛人好几次，但是随后迷幻人推测出蜘蛛人的真实身分，於是用他的分身机器人来到彼得的校园攻击他，结果神秘的红衣英雄击破该机器人，并揭露出她就是凯蒂（但彼得不知道），因为要躲避政府追捕突变人才改变身份。然后被观察者选出来的使者－里克，开始对如何成为超级英雄感到兴趣，於是试著使用自己的力量，然后叫自己为 Nova。
东尼发现有人在贩卖他的科技和装甲技术，使得他得动身去处理，结果发现这是他小时假死的祖父，想要企图夺取史塔克集团的计画，最后就在自卫下，东尼杀死自己爷爷。接著火炬人因为跟女蜘蛛人（终极世界的女蜘蛛人，是彼得女性版的复制人）合作对抗一对母女档强盗后开始约会，甚至两人还接吻起来，这让彼得得知后感到恶心，因为好像是他在跟强尼接吻。这时出现一个新兄妹档反派 Chameleon（变色龙），伪装彼得搞乱他的生活，甚至也偷取他的蜘蛛人设备和服装，还绑架彼得和詹姆森，让他们俩关在一起，并企图毁坏蜘蛛人的名声，打算用蜘蛛装去抢银行。詹姆森透过聊天得知彼德就是蜘蛛人，打算让他回来工作，甚至还愿意出资学费让他读大学。这时伪装成蜘蛛人的变色龙正在抢劫，梅婶透过电视派出冰人和火炬人击败这位反派，也跟著他来到仓库救出被绑架的两人，之后神盾就逮捕这对犯罪兄妹搭档。
终极通牒事件后，海啸造成的破坏也影响经济，为此东尼无法再支出终极战队的费用，於是终极战队又转回成神盾的超能力小队，因此经费就由神盾负责。某一天晚上，一群自称 Defenders 的团体突然袭击终极战队，钢铁人和鹰眼用看似没默契的合作方式，成功拖延到让美国上尉、瓦尔基莉和力量公主赶来支援。战斗期间，瓦尔基莉将索尔之槌丢过去，没想到这是 Defenders 的目的，他们用魔法能力将槌子带走撤退。这时在冥界的索尔，问海拉怎麼能离开而回到人间，海拉则说她想要一个索尔的儿子。接著东尼非常生气的询问 Carol 有关这些 Defenders 的事情，Carol 则说别担心，里面成员有一个是神盾干员当他们内应，但越吵越凶於是 Carol 叫东尼跟他私下谈，实际上他们是吵到床上，所以吵架只是不让其他人知道两人在一起的伪装。至於美国上尉知道瓦尔基莉跟这些 Defenders 有认识，所以询问一些事情。这时来纽约观光的 Ka-Zar 和 Shanna，由黑豹当导游带领他们观光，三人加两只两虎到中央公园时，却遇见洛基和他的大军。
画面转到美国上尉询问瓦尔基莉，但因为怕黑寡妇是间谍的事情再现，所以将瓦尔基莉赶出队伍，这时力量公主又对美国上尉调情，但美国上尉仍不甩她。这时 Enchantress 出现，并对力量公主说到这些人对她都不尊重而把她洗脑。这时东尼跟 Carol 上床的样子被鹰眼看到，使得 Carol 气呼呼跑出来，同样也因为以不受尊重为理由被洗脑。接著 Enchantress 又出现在被赶出来的芭芭拉面前，她给芭芭拉看海拉跟索尔**的画面，让芭芭拉感到被背叛后再洗脑。这时新终极战队的男性成员都出去，跟洛基的半兽人和恶魔军团战斗，结果被洗脑的三位女性给打败，尤其瓦尔基莉还用剑砍断了上尉的盾牌。
中间透露出，原来瓦尔基莉本名是 Barbara Norriss（芭芭拉?诺拉斯），后来加入 Defenders 这一群想要效法终极战队的年轻人团队。原本汉克也被邀请加入，众人认为他可以提供真正的超能力给团队，没想到汉克却还想在萤光幕前活跃，所以出尔反尔导致实验失败。失望的芭芭拉这时被洛基找上，并赋予她力量，之后芭芭拉则以女武神瓦尔基莉做为自己的英雄名字，加入终极战队并跟索尔谈恋爱。画面转回现在，美国上尉等三人被囚禁，这时神盾指挥官 Carol 就偷偷跟鹰眼说到她没有被控制，所以私下把美国上尉盾牌的碎片给鹰眼，接著鹰眼松绑后就很"客气地″揍 Carol 一拳，因为要演戏。然后黑豹、Ka-Zar 和 Shanna 等三人也丢出烟幕弹来救援，於是众人先退回基地，并让钢铁人接受治疗。在北欧的地狱里，索尔仍问何时才能回到地球，但是海拉说规定是要有一个死者进来，另一个才能复活。索尔觉得被耍想要杀死她，结果海拉说她已经怀了索尔孩子并大肚子，索尔很惊讶毕竟昨天才做那档事，怎麼可能那麼快，海拉解释地狱时间的流逝是随她而异。
接著新终极战队再度向洛基大军进攻，鹰眼射伤了 Enchantress，解除了瓦尔基莉和力量公主的洗脑，而瓦尔基莉愤怒的冲向洛基，结果反被刺穿而死。由於一命换一命的规定，使得索尔归来，索尔看见自己爱人的死亡极为愤怒，开始不分敌我乱攻击。东尼这时拿出浩克装甲，终极世界观的浩克装甲有怕浩克越生气越强，所以多了可以让索尔充电，好藉此加强装甲能量的装置，为此东尼认为这套装甲可以用来对抗索尔，不过索尔改用双手扯开装甲，但也使得东尼跟索尔沟通成功。这时洛基想要偷袭索尔，结果反被杀掉，而杀他的人就是芭芭拉，她这次透过海拉已经变成真正的瓦尔基莉，接著力量公主回到自己世界，黑豹也离开终极战队。
突然有个AIM的杀手，他说自己叫做红骷髅，经过查证他是美国上尉跟其二战女友所生的无名儿子，原本是美国政府确定当美国上尉死亡后，接著训练他成为第二代超级士兵，结果反而让他变得比父亲还强大。一九六三年，这位传奇士兵的儿子十七岁了，他杀害基地所有士兵和人员，并用菜刀刮掉脸上所有的肉，开始自称为红骷髅，就逃出基地。红骷髅所做的第一件事情就是暗杀甘乃迪总统，然后在各种战争里，负责训练对抗美国的恐怖份子。在终极通牒事件后红骷髅加入了AIM，并带部队偷走了李德的宇宙立方体其设计图。至於美国上尉知道他有儿子后，整个就是不爽政府的隐瞒甚至反抗逃走，於是神盾领导者 Carol 将尼克招回，要他组织一个黑色行动秘密部队－Avengers（复仇者），来对抗红骷髅和逮捕美国上尉。
复仇者成员有原本是属於终极战队的鹰眼，还有鄙视东尼的大哥－Gregory Stark（格雷葛里?史塔克），是名担任复仇者任技术支援的科学家；东尼的好友－吉姆?罗德斯上校，穿载著格雷格里发明的最新型战争机器装甲；黑寡妇，是尼克的前妻 Monica Chang（莫妮卡?张），Carol 派来监视尼克的；蜘蛛人，另一个有蜘蛛人能力的超能力者，穿著一样的服装和配备。格雷格里声称这位蜘蛛人是来自未来，是用X教授和蜘蛛人DNA合成的复制人，所以有两者能力；Nerd Hulk（书呆子浩克），是格雷格里用布鲁斯细胞做出来的复制人，同时拥有布鲁斯的智慧和浩克的力量，可是却没有原本浩克愤怒下的爆发力；Red Wasp（红色胡蜂女），本名为 Petra Laskov ，由於她的丈夫是替红骷髅敌人工作的科学家，所以红骷髅找上门来，以她儿子的性命逼她杀死自己丈夫后，就将她儿子丢出窗外摔死，并让部下强奸她。之后她以 Warm 的代号，加入袭击美国的解放者，尼克就是知道她与红骷髅的过去，才找她入队。
复仇者发现红骷髅已经完成宇宙立方体，并杀死他所有部下，且也打败整个复仇者团队，但之前被抓拿却逃出神盾基地的美国上尉，驾驶一台能穿越空间的飞机赶来现场，用其穿越能力令飞机头插入红骷髅体内击败他。在医院的红骷髅则说到自己是想用宇宙立方体改变历史，创造一个他能在有父母陪同的正常家庭下，所长大的正常世界。最后，红色胡蜂女装做医生，混入红骷髅的病房杀死他。而尼克也跟格雷葛里说到，他老早就知道莫妮卡是派来监视他的，也是他故意让红骷髅夺取宇宙立方体的设计图，好让他能够回到神盾掌权。
在终极通牒事件后，突变人就被政府整个监管，政府还下令可以当场杀掉或交给有关单位，为此突变人再度面临迫害。而一个叫做 Jimmy Hudson（吉米?哈迪森）的十六岁年轻人，之前玩赛车受重伤，接著伤口就马上痊愈了。隔天，凯蒂出现在他面前讲出他现在的父母并非亲生的，他真正的父亲就是金钢狼。原来吉米现在的养父，是跟金钢狼为从军时期的战友，也是金钢狼把他的养父母送做堆，所以当金钢狼有孩子时，他认为自己不适合当父亲，所以才托他战友照顾。接著凯蒂也把金钢狼在终极通牒事件时，跟其他英雄组队去攻打万磁王前交给她的盒子转送给吉米，原来里面有雷射投影机器，影像中的金钢狼说到希望吉米能尊重他的养父母，因为他们把他养大，此外也希望他能放眼於未来，言下之意就是要让他选择自己往后的人生。
至於琴，她把头发染黑外，另外还用自己的心灵感应，洗脑巴尔的摩一个城镇其周遭人，现在她的表面身分是一个跟男友住在这城镇三年的美丽女子。不过有天 Mystique（魔形女）装成 Rouge（小淘气）出现，原来是因为被琴洗脑的表面男友，只是单纯把女友照片放上脸书，结果导致魔形女带著剑齿虎过来。琴的表面男友来阻止剑齿虎结果反被杀，琴难过得把所有人记忆给消退，之后回到自己公寓，却遇见吉米。
之后他们两人又帮助一个羽毛翅膀的突变人－Derek Morgan（德瑞克?摩根），他一直用自己能力担任城市的义警，不过却会要歹徒把抢来的钱给他，因为他要缴住在**哥哥 Joe Morgan（乔?摩根）家的房租。但德瑞克的哥哥认为他都没有工作，哪来的钱可以缴房租所以产生怀疑，不过德瑞克碍於突变人法案，不敢说出其真相，导致大嫂虽然认为德瑞克是好人，但也不知道怎麼帮忙。之后德瑞克选择跟哥哥说真相，但由於乔是个**，所以选择法律，还枪伤了德瑞克，所幸琴和吉米出现救了他，之后琴就对乔洗脑，让他认为自己弟弟有个非常非常好的工作，所以才离开他们，接著德瑞克也加入吉米和琴的 Ultimate X 小组。
再来他们要找的突变人，叫做 Lin Allen（莉兹?艾伦，正统世界是著名的女英雄 Firestar），在这世界里曾跟火炬人交往过，是个全身能转变成火的突变人，以及莉兹的弟弟 Teddy（泰迪），两人的父亲就是万磁王著名手下 Blob。原本泰迪也是个明星学生，就是擅长运动且家里有钱的那种男学生，只不过认识一个痞子朋友把他带坏，使得泰迪现在变得很痴肥，而莉兹也觉得有这弟弟很丢脸。有次泰迪以前的校队朋友嘲笑他和那个痞子，但痞子气炸了，拿出一把手枪，还把来制止的老师开枪打死，泰迪为了阻止也被这痞子开一枪，结果却被他整个肥肉给挡掉，这时才接露出泰迪也跟姊姊一样是突变人，而莉兹也为了保护泰迪，发挥出突变人能力。可是莉兹的朋友却因为突变人法案加上终极通牒事件，已经被媒体洗脑到认为突变人就等於恐怖分子，结果纷纷逃掉，而那痞子还装英雄，说啥我用这把枪拖延他们，你们赶快出去。这时 Ultimate X 出现了，而速银侠也率领著兄弟会跟著露脸，说跟琴一样，他们要把残存的突变人聚集起来，可是琴认为他们跟兄弟会不一样，所以要这对姐弟选边站，结果莉兹选择琴，泰迪则因为姐姐的瞧不起，加上父亲的关系选择速银侠。
某天晚上，吉米出去买酒，却被剑齿虎袭击成重伤，因为他想亲手杀掉金钢狼，可金钢狼死了，所以想用他儿子来代替，结果在千钧一发之际，剑齿虎被速银侠带走。随后 Ultimate X 小组把吉米带回所居住的汽车旅馆疗伤，众人说下手为强，於是琴认为既然要跟速银侠宣战，他们需要一个强大武力，也就是浩克。在终极通牒事件后，布鲁斯就隐姓埋名，担任义工给无家可归的人发送食物，而琴则透过心灵感应跟他对话，布鲁斯说到突变人一向不是都只靠自己，但琴则说以起源来看，突变人的定义很复杂（详见这篇文章的相关段落），也许浩克也算是突变人，琴也答应可以用心灵能力帮助布鲁斯抑制浩克，让浩克再度变成英雄。这时正在酒馆的剑齿虎，突然被人拍肩说 "嘿~你霸占到我的专属座位了。" 剑齿虎则得意笑说 "哈~兄弟，你找错人碴了"，正作势转身打算挥舞爪子杀下去时，才发现此人是浩克，结果反被揍得半死。这时两队突变人的人马都出现了，速银侠解释现在突变人很少，所以不该伤害对方，而剑齿虎是违背他的命令私自行动，为此他希望琴能识大体让彼此井水不犯河水，於是琴就让他们离开了。
接著回到汽车旅馆，琴说到她和吉米之所以会有资讯，来找寻人马组成这个小队，是透过一个等下要进来房间的人其帮忙，结果那人就是神盾前指挥官尼克。尼克说，他不是以神盾关系人的身分帮忙，而是他也很不爽突变人法案，所以才自愿帮忙琴。琴也说到，这个小组不再是被动帮忙，即便被歧视，他们会像X战警一样，尽全力保护和平，如果终极战队需要协助，他们也会去协助，甚至他们也不是完全听从尼克的命令行事，因为他们有自己的准则，可这也代表如果被抓，不会有靠山能帮忙，只能靠自己。
惊奇四超人在终极通牒后，隐形女苏为了阻止海啸，使用过多的力量导致身体状况出现问题，救了她的石头人则发现苏体内有微型机器人，看似李德怕有危险时能够追踪每人的信号。可是苏认为没沟通就放这东西，感到非常生气，加上父亲则因海啸死亡，在伤心欲绝的情况下跟李德分手。强尼则在巴黎度假几个月后，就入住在彼得家。石头人班则回去空军服役，李德也离开巴克斯特大厦，不想影响还在那工作的前女友。
结果李德家突然爆炸，众人以为包含李德在内所有人都死亡，这时又有一群外星人攻击神盾基地和巴克斯特大厦，结果班在这次攻击中，石头皮肤完全脱落，变成一个全身发紫光，但外表是他普通人的形态，后来得知只有发挥力量时，才会全身紫光。结果被里克出现制止怪兽化的神奇上尉，随后也跟隐形女揭露出那些外星军队的首领，就是之前被认为死掉的李德。中间发生女蜘蛛人认为这些事情是 Roxxon 集团所为，为此卧底进去反被发现，而被八爪博士抓走（终极世界观的复制人传奇故事，就是八爪博士搞得），结果被蜘蛛人救出来的事件。随后尼克聚集终极战队和神盾部队，跟其他英雄来到李德所在的世界，合力对抗外星军队，并启动一个机器，摧毁李德和旗下军队所在的世界，而李德的脸也被火炬人烧伤。战斗结束后，众人认为杀死李德，但其实李德没死，至於班则之前有跟苏示爱，可不了了之，所以苏这次主动跟班求婚。
终极世界版的李德变坏看似很突然，其实是有铺成的，李德从小就被欺负，又被自己父亲瞧不起（其实可能李德太天才，他自卑所导致，像自从李德获得超能力回去住时，他爸只敢出一张嘴骂，不敢像以前一样打他），所以自小就有点不服这个社会。所幸班这个朋友一直挺他，还认识了女朋友苏，让他的愤恨之心稍微平复。不过当终极力量事件时，他被诬陷是罪人，让李德的愤恨之心又回来了。而终极通牒跟苏的分手，可能就是被压坏的最后一根稻草，所以自此李德才想毁灭他所讨厌的这个世界，然后再重建自己想要的世界。加上他比正统世界的里德年轻太多，态度和想法上也没那麼成熟，所以无法忍受自己被污辱。
