宏基因组学的介绍
宏基因组学（Metagenomics）又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构建宏基因组文库，利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。它是在微生物基因组学的基础上发展起来的一种研究微生物多样性、开发新的生理活性物质（或获得新基因）的新理念和新方法。其主要含义是： 对特定环境中全部微生物的总DNA（也称宏基因组，metagenomic）进行克隆，并通过构建宏基因组文库和筛选等手段获得新的生理活性物质；或者根据rDNA数据库设计引物，通过系统学分析获得该环境中微生物的遗传多样性和分子生态学信息。
什么是宏基因组?
2011年，当时我被分配到了老东家综合楼514室的医口业务线小RNA组混。
做小RNA测序服务业务的技术支持。
某日，办公室里，同事A不知哪根筋堵塞，突发灵魂一问：“到底什么是小RNA？怎么定义？”
同事B比较皮，答案脱口而出："就是很小的RNA呗！"
见此回答，大家一笑，也没把这个当回事，倒是有人看不下去了。
同事C：“这说法有点太不负责啊。小RNA一般包括miRNA、piRNA和siRNA三种RNA，这三种都是小RNA，咱公司小RNA测序针对的是18-40nt长度的小RNA，以miRNA为主。”
本着实事求是的心，那天晚上回去查了下相关资料。
小RNA的定义为：长度小于200nt的RNA，通常是非编码RNA。
发现同事B和C的回答都正确，但是都较为片面。不过，如果说这是一道价值2分的名词解释题的话，相较之下，同事B能得1分，同事C估计最多0.5分。
因为人家问的是小RNA是什么，人没问你小RNA包括哪几种，小RNA也不止这三种，而且小RNA的长度也说错了。
接下来问题来了，“根据同事B的推理方式，什么是宏基因组？”
可能会有人说：“宏基因组就是很’宏观‘的基因组啊！”
没错！太聪明了，一学就会啊。
不过呢，能给出这种回答的一般分两个极端，一种是什么也不知道瞎说，一种是真正理解此概念的洒家。
凡事向美好看齐，我姑且把上面的回答默认为是后者。
看似漫不经心，其实包藏玄机，但考试的时候这么回答注定是要得0分的。
可能这时候又有人会说：“宏基因组不是研究微生物群落的么？还宏什么？
宏基因组在维基百科上的定义是环境样本中基因组的总和 。
由于宏基因组学主要针对的是微生物群落研究，所以这个概念现在主要指特定环境样本中的微生物基因组总和 （图1）。
进一步对”宏“这个字的理解，可参考古代圣贤王阳明12岁的时候作的一首诗，叫《蔽月山房》：
山近月远觉月小，
便道此山大于月。
若人有眼大于天，
当见山高月更阔。
王阳明12岁的时候，思绪就如此放荡不羁了，那么不妨效仿一下。
环境样本可大可小，如果你以一座城市、一个省、一个国家或者是整个地球作为环境样本呢？（注意：这里假设有外星人，不然地球就是总体，而不是抽样得来的样本了。）
是不是可以说这里面所有的生物的基因组都可以归为宏基因组的一部分？
所有生物的基因组，岂不是包括人、马、牛、蟑螂、跳蚤、大肠杆菌……等的DNA。
很严格地根据定义，这也是宏基因组。
这样我们就很容易理解宏基因组的这个宏是什么意思了。
既然研究基因组的话，我们一个一个物种去测序就行了，为什么还会有宏基因组测序？
这存在技术层面的原因，需要解释一下为什么现在认为的宏基因组学研究主要针对的是环境微生物样本，而不是针对城市、国家的所有生物这种样本。
研究城市里所有DNA？
呃，……首先，难以操作不说，经费也是一个问题，而且城市里动植物与人的生态关系，多数我们肉眼可见，可以单独提取DNA去研究。
然而， 微生物之间的关系是肉眼不可见的，只能用实验的方式去了解，而且只有不到1%的微生物是可以分离培养，传统方法对微生物世界的认识主要集中于实验室纯培养的微生物物种，所以对微生物群落作为整体的认识远远落后于对其个体的研究。而宏基因组方法无须对微生物进行纯培养,从而可全面地对某一环境的微生物进行研究。
宏基因组就是宏观层面的基因组，这就没错了。只不过这些方法在现实中针对的是微生物。
既然叫宏，还有另一层意思。
就是说，宏基因组系列测序方法，可针对整个生物圈放眼量，小起指甲泥垢，中到瘤胃肠道（图2），大到山川河流，这些样本皆可收编测序。
作为豪放派湿人，此时我竟然情不自禁了，故做诗一首。
生物本无圈，奈何地球圆。
问君何所向？且看君划环。
上下十千米，纵横八万里。
耳鼻口肠胃，山海皆E 源。
这需要解释一下。
生物圈，地表生物有机体及其生存环境的总称。包括海平面以下深度约11千米、海平面以上10千米的范围。地球的周长，大约40000余公里（沿赤道），绕经线一圈大约39900多KM。毛泽东诗词有云：“坐地日行八万里，巡天遥看一千河。” E源，有两个意思，第一，我们带头大哥新创立的一个品牌叫E源基因，第二层意思，即所有来自Earth的样本。
布莱特杨
2019年3月24日
宏基因组学的研究对象
宏基因组学研究的对象是特定环境中的总DNA，不是某特定的微生物或其细胞中的总DNA，不需要对微生物进行分离培养和纯化，这对我们认识和利用95%以上的未培养微生物提供了一条新的途径。已有研究表明，利用宏基因组学对人体口腔微生物区系进行研究，发现了50多种新的细菌，这些未培养细菌很可能与口腔疾病有关。此外，在土壤、海洋和一些极端环境中也发现了许多新的微生物种群和新的基因或基因簇，通过克隆和筛选，获得了新的生理活性物质，包括抗生素、酶以及新的药物等。
谁知道宏基因组三代测序的优缺点？
①.一代测序
优势：
1. 第一代测序技术的准确性远高于二、三代测序，因此被称为测序行业的“金标准”；
2. 第一代测序每个反应可以得到700-1000bp的序列，序列长度高于二代测序；
3. 第一代测序价格低廉，设备运行时间短，适用于低通量的快速研究项目。
劣势：
1. 第一代测序技术一个反应只能得到一条序列，因此测序通量很低；
2. 第一代测序技术虽然单个反应价格低廉，但是获得大量序列的成本很高。
②.二代测序
优点：
1. 一次能够同时得到大量的序列数据，相比于一代测序技术，通量提高了成千上万倍；
2. 单条序列成本非常低廉。
缺点：
1. 序列读长较短，Illumina平台最长为250-300bp，454平台也只有500bp左右；
2.由于建库中利用了PCR富集序列，因此有一些含量较少的序列可能无法被大量扩增，造成一些信息的丢失，且PCR过程中有一定概率会引入错配碱基
③.三代测序
优点：
1. 无需PCR扩增，不会人为的引入突变；
2. 超长读长，平均读长可达到10Kb，最长读长可以达到40Kb；
3. 覆盖均匀，无GC偏好性；
4. 通过reads的自我矫正，10X以上准确率能够达到99.9%；
5. 可以直接检测到甲基化信息，同步进行表观遗传学识别。
缺点：
1. 单条序列错误率较高，平均核苷酸准确性不到85%；
2. 测序成本较贵。想了解更多前沿咨询、行业进展以及病毒组相关知识，可以微信或百度搜索“基因帮”。
宏基因组测序流程
问题一：如何用宏基因组测序？ 10分 宏基因组即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象, 以功能基因筛选和测序分析为研究手段, 以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的。宏基因组学技术第一次使人类得以研究占环境中99%的不可培养的微生物种群，从而成为微生物研究的最前沿领域
对环境样本进行DNA提取后进行16S或18S等区域扩增，再对扩增产物进行建库、测序，然后对所得的数据进行生物信息学分析。生物信息分析主要包括OTU的生成及rank-abundance分析、取样充足性分析、丰度和多样性分析、菌群间差异分析、假设验证分析、进化树分析等。
问题二：宏基因组测序需要dna浓度多少 宏基因组是指特定环境中全部生物（微生物）遗传物质的总和。宏基因组测序是利用高通量测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定，以获得单个样品的饱和数据量，可进行微生物群体的基因组成及功能注释，微生物群体的物种分类，多样性分析，群落结构分析，样品间的物种或基因差异以及物种间的代谢网络研究，探索微生物与环境及宿主之间的关系，发掘和研究新的具有特定功能的基因等。与传统方法相比，基于高通量测序的宏基因组研究无需构建克隆文库，这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差，简化了实验操作，提高了测序效率。此外，宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制，扩展了微生物资源的利用空间，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。通过宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。
技术流程
生物信息分析
1. 原始数据整理、过滤及质量评估
2. 基于物种丰度分析：
?物种丰度列表
?稀释曲线
3. 基于物种丰度分析：
?丰度分布曲线图
?生物多样性指数（α多样性）列表
?物种丰度差异性分析列表
?多样品物种分布柱图
?丰度差异物种聚类分析
?PCA图
?Krona图
4. 基因丰度列表：
?提取基因分级注释丰度列表（KO、NOG、subsystem）
?功能基因列表
?生成venn图
?基因丰度差异性分析列表
?丰度差异基因聚类分析
?富集分析（KO）
样品要求
1、样品采集：样品采集条件的一致是最为重要的环节，严格按照采样标准采样，采样后立即封存样品冷冻保存。
2、样品DNA：环境因素异常复杂，许多物质或抑制因子影响后续PCR、测序文库构建和序列测定，常规提取方法不一定适合，建议采用专用试剂盒提取。DNA浓度≥20 ng/μl，总量≥6 μg（荧光定量），并确保电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整；基因组DNA完全无降解；提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随样品一起送样；组织样品1.5 g。
3、样品保存期间切忌反复冻融。
4、送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
问题三：如何用宏基因组测序 宏基因组学这一概念最早是在1998年由威斯康辛大学植物病理学部门的JoHandel *** an等提出的，是源于将来自环境中基因集可以在某种程度上当成一个单个基因组研究分析的想法，而宏的英文是“meta-”，具有更高层组织结构和动态变化的含义。后来伯克利分校的研究人员KevinChen和LiorPachter将宏基因组定义为“应用现代基因组学的技术直接研究自然状态下的微生物的有机群落，而不需要在实验室中分离单一的菌株”的科学。
问题四：宏基因组测序都能得到那些结果？可以用于什么研究？ 宏基因组测序，是对特定环境（或者特定生境）样品中的微生物群体基因组进行序列的测定，以分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，探求微生物与环境，微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因组测序研究避开了微生物分离培养的过程，扩展了微生物资源的利用空间，为研究微生物相互作用提供了有效工具。阅微基因采用第二代高通量测序技术进行宏基因组学研究，无需构建克隆文库，可以直接对环境样品中的基因组片段进行测序，这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差，简化了宏基因组研究的基本操作，提高了测序效率，从而极大地促进了宏基因组学的发展。通过大量测序，可以获得样品的群落结构信息，如微生物物种在该环境下的分布情况及成员间协作关系等，通过还可以确定一些特殊的主要基于或者DNA片段。对于多个样品，还可做相应的比较分析，发掘样品间的相同点与不同点。
宏基因组测序，可以用于疾病研究，微生物种群分析，环境多样性分析，遗传多样性分析，只要有微生物的地方，就可以用到宏基因组测序
问题五：请问有谁做过微生物宏基因组测序，公司反馈回来的数据都包含哪些，通常一个样得多少钱？ 数据内容：
1，原始的fastq文件。
2，数据分析报告：1，数据的质控 2，序列的拼接及拼接效果评估 3，对拼接contig序列的注释
4，基因的丰度分析，门纲科目属种的丰度分析 5，样本之间差异gene的分析
6，差异基因的功能分析（GO，pathway等） 7，样本间差异显著的物种分析
8，如果样本比较多可以组微生物类群结构分析。
价格方面可以私信我留个邮箱，我可以发你一些资料和价格。
问题六：宏基因组分析和16srna的区别 功能基因芯和宏基因组测序的区别
基因组，Genome，一般的定义是单倍体细胞中的全套染色体为一个基因组，或是单倍体细胞中的全部基因为一个基因组。可是基因组测序的结果发现基因编码序列只占整个基因组序列的很小一部分。因此，基因组应该指单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。说的更确切些，核基因组是单倍体细胞核内的全部 DNA分子；线粒体基因组则是一个线粒体所包含的全部DNA分子；叶绿体基因组则是一个叶绿体所包含的全部DNA分子
转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的 *** ，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的 *** 。
从定义上看，很明显，基因组一般指的是DNA（某些只含有RNA的生物除外），而转录组则指的是RNA。
宏基因组基础知识
宏基因组学（Metagenomics）也称为元基因组学，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科。自然界中约有99%的微生物是不能在实验室条件下进行纯化培养的。宏基因组学研究不要求对每个微生物进行分离纯化培养，而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。通过宏基因组测序，能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系，极大地扩展了微生物学研究范围。
目前宏基因组测序可以分为环境微生物多样性检测和宏基因组de novo测序。其中环境微生物多样性检测是指通过对环境中微生物16S rDNA高变区/ITS 的PCR扩增产物进行高通量测序，分析该环境下微生物群落的多样性和分布规律。宏基因组de novo测序是指对环境样品中所有微生物基因组DNA片段化后进行高通量测序，然后进行序列组装和基因注释，获得部分不可纯培养微生物的基因组序列，分析该环境下所有微生物基因集信息。
广义的metagenomics包括宏基因组测序和扩增子16S测序。16S测序相比宏基因组测序来说，价格更加便宜。利用16S技术对大量样本进行测序分析后，首先发现并阐明不同条件的样本间微生物组成以及多样性差异，然后挑选个别有代表性的样本，进行宏基因组测序，从而可以验证16S的分析结论、更加深入的阐明群落的功能情况，更好地说明微生物群落与环境之间的关系。可以简单的理解为，16S是指测了一部分的基因组的宏基因组。
宏基因组 ：宏基因组测序是指对微生物群体进行高通量测序（我的理解是因为很多情况下，微生物群落很难分离，所以只能一堆微生物一起拿来测序分析了），分析特定环境中微生物群体基因组成及功能、微生物群体的多样性与丰度，进而分析微生物与环境、微生物与宿主之间的关系，发现具有特定功能的基因。宏基因组测序无需分离纯培养微生物，较大扩展了微生物资源的利用，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质。宏基因组研究分两个方向：扩增子测序和全基因组测序。
扩增子 ：扩增子（amplicon）为DNA或RNA扩增后的一段核苷酸序列。比如通过PCR扩增得到的某个基因的扩增片段。更简单的说，经过人工扩增的DNA片段或RNA片段、扩增产物。
扩增子测序 ，涉及特定序列位点的PCR扩增，通常是16S/18S rDNA。宏基因组的物种分类，一般用OUT（operational taxonomic unit），即可操作单元来表示。通常原生生物使用16S rDNA来衡量，真核生物的OUT使用18S rDNA来衡量。我的理解是，选取一段特别的DNA片段来测序，这段DNA还可以区分不同的菌落
为什么用16S，而不是其他15S或者17S呢
16SrRNA 为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按 沉降系数 分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码 rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。16SrDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟，其种类少，含量大（约占细菌RNA含量的80%），分子大小适中，存在于所有的生物中，其进化具有良好的时钟性质，在结构与功能上具有高度的保守性，素有“细菌化石”之称。在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝，5S、16S、23S rDNA的拷贝数相同。16S rDNA由于大小适中，约1.5Kb左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。
沉降系数 ：沉降系数（sedimentation coefficient）用离心法时，大分子沉降速度的量度，等于每单位离心场的速度。或s=v/(ω^2*r)。s是沉降系数，ω是离心转子的角速度（弧度/秒），r是到旋转中心的距离，v是沉降速度。沉降系数以每单位重力的沉降时间表示，并且通常为1～200×10的-13次方秒范围，10的-13次方这个因子叫做沉降单位s，即1s=10^-13秒，沉降系数对于生物大分子来说，多数在(1~500)×10^-13秒之间，如血红蛋白的沉降系数约为4×10的-13次方秒或4s。
宏基因组学的应用
采用宏基因组技术及基因组测序等手段，来发现难培养或不可培养微生物中的天然产物以及处于“沉默”状态的天然产物。宏基因组不依赖于微生物的分离与培养，因而减少了由此带来的瓶颈问题。随着新一代测序技术的迅猛发展，研究宏基因组的方法也已经发生了翻天覆地的变化：传统的方法是测定微生物基因组上的16S rRNA基因，这些基因的长度通常在1500个碱基左右，广泛分布于原核生物，既能提供足够的信息，而且具有相对缓慢的进化过程；其保守性与特异性并存，通过保守区和特异区来区别微生物的种属。基于这些特性，科学家们通过选择这些基因区域，方便地研究环境中物种的组成多样性，但是还不能全面分析环境中的基因功能。而现在，新一代高通量低成本测序技术的广泛应用，科学家们可以对环境中的全基因组进行测序，在获得海量的数据后，全面地分析微生物群落结构以及基因功能组成等。短短几年来，宏基因组学的研究已经渗透到各个领域，从海洋到陆地，再到空气，从白蚁到小鼠，再到人体，从发酵工艺到生物能源，再到环境治理等。
宏病毒组技术与宏基因组有什么不同吗？
用宏基因组来研究病毒是前几年用的比较多的方法，但是缺点很明显，宏基因组数据95%以上为宿主基因组污染，而细菌基因组DNA含量是病毒DNA的15倍左右，因此在剩下的不足5%，甚至通常不到1%的数据中，病毒DNA的reads比例也非常低，造成检测到的病毒DNA远低于样品中实际的病毒水平。由此可见，通过宏基因组的数据对病毒进行研究，会造成对病毒组认识的偏差。因而，去除宿主和细菌DNA后，单独对病毒组进行研究非常有必要。
所以利用宏病毒组的方法来研究病毒的优势就非常明显，也越来越受到相关科研团队的关注。宏病毒组的特点是只对样本中的病毒组序列进行研究，这样的话就避免掉了宿主以及细菌序列的影响，能够极大的提高数据的利用率。
然而，病毒组数据分析也面临如下挑战：（1）由于病毒非常小、进化速度快且难于培养，因此对病毒的研究相对困难。此外病毒缺乏类似于细菌16S rRNA基因序列的系统发育标记，对于环境病毒组的研究变得更为复杂。要对环境样本中的所有病毒进行研究，不可避免的会受到样本中其他物种DNA的影响；（2）病毒数据库不够丰富，病毒群落的基本结构和功能性研究还比较难。
由于人体各个部分的微环境不同，因此不同部位的病毒组均存在差异。其次，年龄、饮食习惯以及宏基因组中的其他组分等因素也会影响病毒组的组分构成。利用二代测序技术对病毒组进行研究，不仅可以在健康人群和患病个体中发现新的病毒，也可以研究特定疾病与病毒的关系。病毒组研究最有意思的发现之一是病毒与微生物组中的其他组分相互作用，尤其是细菌。病毒与细菌之间的相互影响可以增强或减弱抗病毒免疫反应从而控制病毒感染。这种影响是相互的，病毒也可以反过来调控细菌感染。对于在宿主特定遗传环境下病毒与其他微生物的相互作用及其对病人健康状态的影响的研究才刚刚起步，有待进一步深入，但目前的研究结果表明病毒及其他微生物对免疫反应的调节会影响感染的结果。
近两年，许多科学家越来越多的开始关注病毒组，在实验技术的改进和数据库的扩充上有重要的进展。但总体来说，目前病毒组研究的报道要么是基于人类基因组计划产出的全基因组测序数据，要么样本量有限，还有许多未知的领域有待探索。
想了解更多关于“宏病毒组”的相关信息，百度或微信搜索“基因帮”。
宏基因组测序原理?
问题一：如何用宏基因组测序？ 10分 宏基因组即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象, 以功能基因筛选和测序分析为研究手段, 以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的。宏基因组学技术第一次使人类得以研究占环境中99%的不可培养的微生物种群，从而成为微生物研究的最前沿领域
对环境样本进行DNA提取后进行16S或18S等区域扩增，再对扩增产物进行建库、测序，然后对所得的数据进行生物信息学分析。生物信息分析主要包括OTU的生成及rank-abundance分析、取样充足性分析、丰度和多样性分析、菌群间差异分析、假设验证分析、进化树分析等。
问题二：宏基因组测序都能得到那些结果？可以用于什么研究？ 宏基因组测序，是对特定环境（或者特定生境）样品中的微生物群体基因组进行序列的测定，以分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，探求微生物与环境，微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因组测序研究避开了微生物分离培养的过程，扩展了微生物资源的利用空间，为研究微生物相互作用提供了有效工具。阅微基因采用第二代高通量测序技术进行宏基因组学研究，无需构建克隆文库，可以直接对环境样品中的基因组片段进行测序，这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差，简化了宏基因组研究的基本操作，提高了测序效率，从而极大地促进了宏基因组学的发展。通过大量测序，可以获得样品的群落结构信息，如微生物物种在该环境下的分布情况及成员间协作关系等，通过还可以确定一些特殊的主要基于或者DNA片段。对于多个样品，还可做相应的比较分析，发掘样品间的相同点与不同点。
宏基因组测序，可以用于疾病研究，微生物种群分析，环境多样性分析，遗传多样性分析，只要有微生物的地方，就可以用到宏基因组测序
问题三：宏基因组分析和16srna的区别 功能基因芯和宏基因组测序的区别
基因组，Genome，一般的定义是单倍体细胞中的全套染色体为一个基因组，或是单倍体细胞中的全部基因为一个基因组。可是基因组测序的结果发现基因编码序列只占整个基因组序列的很小一部分。因此，基因组应该指单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。说的更确切些，核基因组是单倍体细胞核内的全部 DNA分子；线粒体基因组则是一个线粒体所包含的全部DNA分子；叶绿体基因组则是一个叶绿体所包含的全部DNA分子
转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的 *** ，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的 *** 。
从定义上看，很明显，基因组一般指的是DNA（某些只含有RNA的生物除外），而转录组则指的是RNA。
问题四：宏基因组测序和焦磷酸测序什么区别 焦磷酸测序是454高通量测序平台的测序原理，宏基因组测序是高通量测序的服务项目中的一种，就是对环境样本中提取的总DNA直接进行测序，可以采用454或者Hiseq 2000 测序平台进行测序。454读长长，拼接效果比较好，但是费用比较高；Hiseq2000 读长较短，但是通量非常高，费用比较低。你可以根据自己的科研目的和经费进行选择。
问题五：16S测序和宏基因组测序有什么区别 一、16S测序原理
16S rDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度保守性。然而该基因序列还包括9个高变区（V1-V9），通过特异性引物对某一段高变区（如V3区）或某几段高变区（如V3-V4区）进行扩增测序，然后与数据库比对，可特异性识别细菌种类。
二、宏基因组测序原理
将基因组DNA随机打断成若干条500bp的小片段（类似于拼图中的单个形状不一的模块），然后连接接头（双端120bp），在片段两端加通用引物进行PCR扩增测序。将reads进行组装拼接（类似于将众多模块拼成一副完整图片），得到基因序列，众多基因构成完整的基因集。同时将获得的reads片段或组装好的基因序列与NCBI数据库进行比对，得到物种注释结果。
对于16S测序而言，任何一个高变区或几个高变区，尽管变异性再高，对于某些物种来说，这些高变区也可能十分相近，而能够区分它们的特异性序列片段有可能不在我们的扩增区域内。换言之，非全长的可变区序列覆盖范围不够导致无法鉴定到种。
宏基因组在建库之前会先将基因组DNA随机打断成若干小片段，而这些小片段中总有一些能够包含区分2个物种的基因差异序列。由于测序深度足够深，相当于覆盖了整个基因组的信息，因此在与NCBI数据库比对时，就能够注释到相应的种水平的物种。
问题六：请问有谁做过微生物宏基因组测序，公司反馈回来的数据都包含哪些，通常一个样得多少钱？ 数据内容：
1，原始的fastq文件。
2，数据分析报告：1，数据的质控 2，序列的拼接及拼接效果评估 3，对拼接contig序列的注释
4，基因的丰度分析，门纲科目属种的丰度分析 5，样本之间差异gene的分析
6，差异基因的功能分析（GO，pathway等） 7，样本间差异显著的物种分析
8，如果样本比较多可以组微生物类群结构分析。
价格方面可以私信我留个邮箱，我可以发你一些资料和价格。
问题七：为什么微生物宏基因组 是否需要定量分析 小木虫 为什么微生物宏基因组 是否需要定量分析 小木虫
宏基因组是指特定环境中全部生物（微生物）遗传物质的总和。宏基因组测序是利用高通量测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定，以获得单个样品的饱和数据量，可进行微生物群体的基因组成及功能注释，微生物群体的物种分类，多样性分析，群落结构分析，样品间的物种或基因差异以及物种间的代谢网络研究，探索微生物与环境及宿主之间的关系，发掘和研究新的具有特定功能的基因等。与传统方法相比，基于高通量测序的宏基因组研究无需构建克隆文库，这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差，简化了实验操作，提高了测序效率。此外，宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制，扩展了微生物资源的利用空间，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。通过宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。
