FC光纤通道拥有自己的协议层，它们是：
FC-0：连接物理介质的界面、电缆等；定义编码和解码的标准。
FC-1：传输协议层或数据链接层，编码或解码信号。
FC-2：网络层，光纤通道的核心, 定义了帧、流控制、和服务质量等。
FC-3：定义了常用服务，如数据加密和压缩。
FC-4：协议映射层，定义了光纤通道和上层应用之间的接口，上层应用比如：串行SCSI 协 议，HBA 的驱动提供了FC-4 的接口函数。FC-4 支持多协议，如：FCP-SCSI，FC-IP，FC-VI。
光纤通道的主要部分实际上是FC-2。其中从FC-0到FC-2被称为FC-PH，也就是“物理层”。光纤通道主要通过FC-2来进行传输，因此，光纤通道也常被成为“二层协议”或者“类以太网协议”。
按照连接和寻址方式的不同，光纤通道支持三种拓扑方式：
??PTP（点对点）：一般用于DAS（直连式存储）设置
??FC-AL（光纤通道仲裁环路）：采用FC-AL仲裁环机制，使用Token（令牌）的方式进行仲裁。光纤环路端口，或交换机上的FL端口，和HBA上的 NL端口（节点环）连接，支持环路运行。采用FC-AL架构，当一个设备加入FC-AL的时候，或出现任何错误或需要重新设置的时候，环路就必须重新初始化。在这个过程中，所有的通信都必须暂时中止。由于其寻址机制，FC-AL理论上被限制在了127个节点。
??FC-SW（FC Switched 交换式光纤通道）：在交换式SAN上运行的方式。FC-SW可以按照任意方式进行连接，规避了仲裁环的诸多弊端，但需要购买支持交换架构的交换模块或FC交换机。
