比阿特丽斯在1184年去世后，巴巴罗萨封奥托为勃艮第伯爵，同时将勃艮第伯爵提升为勃艮第-普法尔茨伯爵。之后奥托陷入与封臣的争执与不和，在1195年的和谈中，奥托亲手杀死了蒙贝利亚尔伯爵阿玛迪斯二世，随后在1197年暗杀了阿尔萨斯伯爵乌力克，次年处死了斯特拉斯堡主教康拉德的弟弟。
当卢森堡伯爵亨利四世死后无嗣继承之时，其伯国被皇帝亨利六世授予奥托。巴尔伯爵西奥博尔德一世后来与亨利四世之女结婚，后者通过与奥托谈判继任卢森堡伯爵。
与此同时，奥托治下的地区冲突成为了对霍亨索伦家族的严重威胁，士瓦本的菲利普在1198年被支持者拥立为国王，以此对抗竞争者韦尔夫家族的不伦瑞克公爵奥托。菲利普试图解决由奥托引发的矛盾冲突，1200年，奥托被暗杀在贝桑松，葬在圣斯蒂芬大教堂。
奥托的妻子是布洛瓦伯爵西奥博尔德二世之女玛格丽特，奥托死后，菲利普授予玛格丽特以勃艮第伯国的摄政权，1205年，奥托之女乔安娜死后，乔安娜的妹妹比阿特丽斯继承勃艮第伯国。
