斐迪南三世是斐迪南二世皇帝的长子，生于格拉茨。他的母亲是斐迪南二世的第一个妻子巴伐利亚的玛丽亚·安娜。作为皇帝，他的统治主要是与震撼欧洲的三十年战争联系在一起。
在1634年帝国统帅瓦伦斯坦被皇帝指使的军官们杀害后，当时是奥地利大公的斐迪南被任命为参加三十年战争的帝国军队名义上的首脑。但是斐迪南在当时的宫廷中是属于主和派，他在促成帝国政府与德意志新教诸侯（尤其是萨克森）达成和解方面发挥了一些作用。斐迪南参与了1635年的布拉格和约谈判。
1637年父皇去世后，斐迪南三世继承了神圣罗马帝国的皇位。由于整个德意志已经在战争中弄得民尽财穷，斐迪南三世急切希望能与最主要的参战国瑞典及其财政上的支持者法国实现和平，即使不得不在宗教问题上作出让步，但是他不遂所愿。战火继续蹂躏了神圣罗马帝国11年，直到双方都筋疲力尽，在1648年终于签署了威斯特伐里亚和约。
斐迪南三世曾3次结婚。他的第一个妻子是他的堂姐西班牙公主玛丽亚·安娜( 1606年 -1646年），他们生了两个儿子：长子斐迪南，先于斐迪南三世去世；次子利奥波德，最终继承了皇位。在玛丽亚·安娜于1646年去世后，斐迪南三世与他的堂妹玛丽亚·利奥波丁女大公（蒂罗尔大公之女）( 1632年 -1646年）结了婚。玛丽亚·利奥波丁去世于1649年。斐迪南三世的最后一个配偶是曼托瓦公爵的女儿贡萨加的埃利诺拉( 1630年 -1686年）。
斐迪南二世父亲
