黄祖耀是黄庆昌与第二个夫人许玉秀所生的长子，1929年1月10日生于家乡福建金山英杭乡。黄到了50年代，黄庆昌公司已是砂捞越最大的橡胶制造和出口商，并在新加坡成立了庆隆公司，配合其业务的开展。
黄祖耀8岁时，即1937年，日本全面开始了侵华战争。他和母亲、妹妹一起被黄庆昌接到古晋市，不久安排到新加坡居住。黄祖耀父母非常重视国语教育，从小就把他送到当地华侨小学读书。战后，他又先后进入华侨中学和中正中学读了一年书，随后转入圣安德鲁英文学院就读。因此，黄祖耀至今保持较高的华文水平，并积极倡导保持中华传统文化，这与他从小接受良好的中文教育不无关系。
1949年，20岁的黄祖耀遵父命停学，进入父亲创办的庆隆公司工作。对于当年没能完成中学学业，更没有机会接受高等教育，黄祖耀至今仍深感遗憾。在此后的9年时间里，黄祖耀一直奔波于新、马、印尼等地，从事商业贸易工作。他在工作中结识了许多华商，建立了良好的关系网络，也表现出出色的才干。年事已高、一直在寻找接班人的父亲，欣喜地发现了这个可塑之才，便于1958年把黄祖耀调入大华银行当董事。当时，黄祖耀正醉心于贸易业。他转而投身金融界，潜心学习有关银行业务知识，并到英国伦敦一家银行学习考察了几个月。黄祖耀很快熟悉了新的工作环境，并再一次显示出其商业才干，深得父亲与董事会的好评和信赖。[6]
1960年，黄庆昌决定辞去总经理职务。董事会一致推举年仅31岁的黄祖耀继任。从此，大华银行开始了一个新时代。
1963年，他在大华创设仓库部为客户提供额外服务，也为大华银行给予客户透支和其他信贷便利提供了更好的抵押保障。这两个部门的先后建立，大大扩展了大华的业务，提升了大华的知名度。在1974年，黄祖耀正式从其父手中接掌了大华银行，全面掌管大华业务。
1970年大华银行正式挂牌上市，成为新加坡第一家公开上市的银行。随后，黄祖耀又率领大华先后收购了崇侨银行、利华银行、远东银行等本土银行，大大扩充了大华银行的规模，同时也很好地巩固了自身实力。1974年，大华银行跻身世界500家最大银行之列。
1980年黄祖耀的大华银行在新加坡乃至东南亚银行界首次尝试装置了自动存、提款机，客户可以用大华银卡来自动存款和提款。第二年，大华银行引进新加坡最大的电脑系统，开发出利用电脑全天24小时从事银行业务的“电脑银行”。
1985年，大华银行在北京设立了代表处，成为最先入驻北京的新加坡银行之一。
2001年10月19日，大华的北京代表处经中国人民银行批准升格为分行，成为中国加入世界贸易组织后第一家被批准在北京成立的外资银行分支机构，这成了大华银行扩展其中国业务的一个里程碑。
黄祖耀是继郭芳枫、李成伟之后的新加坡华裔金融界富豪。
2019年福布斯全球亿万富豪榜排名第267位，财富值61亿美元。
2020年2月26日，以500亿元人民币财富名列《2020世茂深港国际中心·胡润全球富豪榜》第291位。
2020年4月7日，黄祖耀以50亿美元财富位列《2020福布斯全球亿万富豪榜》第330位。[1]
2020年8月，黄祖耀以53亿美元财富位列《2020福布斯新加坡富豪榜》第10位。[2]
2021年，黄祖耀以68亿美元财富位列《2021福布斯全球富豪榜》第384位。[4]
2021年5月，黄祖耀以435亿元人民币位列《2021世茂港珠澳口岸城·胡润全球富豪榜》第430位。[3]
2021年8月，黄祖耀以68亿美元位列《2021福布斯新加坡富豪榜》第9位。[5]
