说到曾经席卷中国东南沿海和朝鲜半岛，杀掠中、朝两国平民百姓无数的日本“倭寇之乱”，今人第一印象无不是明朝中后期嘉靖时代东南沿海的倭寇大起，以及谭纶、戚继光、俞大猷等明朝军民可歌可泣的抗倭事迹。但实际上，倭寇对中国沿海百姓的祸害，远比此时要早得多。早在元末明初之时，这场历时200余年的抗倭战争就已开始。
中国有史记载的最早“倭寇入侵”事件，是元朝武宗至大元年(公元1308年)，倭寇连船数百，掳掠宁波。今人说倭寇，总说是日本破落武士以及沿海“奸民”自发组织的海盗团伙，似与日本政府无关。但根据有关日本史料记载，这有历史记载的第一次倭寇入侵，确为日本的“政府行为”。彼时日本正是镰仓幕府倒数第二任统治者久明亲王(日本后深草天皇之子)统治时期，他在位时确立日本的“武士道精神”，并开始组织船队劫掠朝鲜和中国的沿海地区，曾有大臣后草建司劝他不要激怒中国，他答道：“唐(中国)已不复从前，不足惧。”元朝忽必烈时期的征日失败，让日本对中国从仰视变为平视。虽如此，彼时“倭寇”的主要掠夺对象，仍然是距离其最近的朝鲜。
元末至正年间天下大乱时期，倭寇对中国沿海的侵扰一度达到极盛。此时日本镰仓幕府业已灭亡，进入了京都、奈良两个天皇并立的“南北朝”时期(公元1336-1392年)，双方旗下的诸侯相互征战数年，乱民四起，大量战败的武士浪人摇身一变成为海盗，这些海盗多来自日本的长州、萨摩、鹿八岛等地。日本南北朝下属的“大名”，也有人资助海盗集团，劫掠后坐地分赃。入侵的路线，大体是每年四五月间，从高丽至山东半岛和辽东半岛，再至江浙地区。偏巧此?东南沿海变乱四起，东南“义军”领袖方国珍和张士诚麾下也有不少“海贼”，因此臭味相投，合兵劫掠东南沿海。尤其可恶的是，他们经常在沿海捕获乡民，掳至日本后令剃日式发型穿日服学日语，将其“日本化”，再挟持至中国劫掠，遇官军围剿时，就令这些人为炮灰。曾给元军抗倭做幕僚的元末文人林伯景在其笔记里就曾记录：元兵捕获的倭寇“俘虏”，相貌与倭人无二，过堂的时候却齐用中国话喊冤，仔细审讯才知是多年前被掳走的当地“乡间良人”。所谓倭寇，十有八九都是这些被胁迫的“华侨”。为防倭寇，元朝严令“片板不得下海”，所谓海禁即从元朝开始。洪武元年(公元1368年)朱元璋推翻元朝，天下一统，而“倭患”这个历史遗留问题，也摆在了百废待兴的大明王朝面前。
洪武二年(公元1369年)，朱元璋初登皇位，倭寇就给朱元璋来了个“下马威”。同年四月，倭寇与江南张士诚、方国珍残部勾结，“大掠五府，饱掠而去”。同年五月，倭寇又侵山东，毁蓬莱，登州卫所，“劫掠官库，军士死伤逾千”。嚣张至极，朱元璋考虑到国家初建，争取和平解决。同年六月，朱元璋以杨载和赵秩为使者，出使日本“南朝”，面见主掌“南朝”国事的怀良亲王，措辞严厉申斥其罪行。孰料怀良亲王狂妄，竟当场斩杀赵秩，并拘押杨载。第二年，日本足利氏掌权的“北朝”向“南朝”发动军事进攻，怀良不支，偏巧此时朱元璋再派使节前来交涉，怀良唯恐朱元璋趁机攻伐，立刻态度转弯，不但当场道歉，还将被扣押的杨载等中国使节尽数释放。第三年，怀良派使节至南京，送还被掳百姓70多人。朱元璋大喜，从此与日本南朝建立了外交关系，允许其派使节到中国“朝贡”。然而就在同年五月，又发生了倭寇大掠温州之事，第四年，倭寇又大掠福建、广东、海南三省，一月内“沿海乡民死者逾万，焚屋千栋”。朱元璋遣使怒责怀良，怀良喊冤，声称这些倭寇都是从“北朝”来，非自己属地。朱元璋这才知道，原来日本还有个更强大的“北朝”。其后朱元璋多次派使臣与“北朝”建立关系，都被怀良设法阻止。值得一提的是，怀良派到中国的使臣，多次重金贿赂彼时明朝“宰相”胡惟庸，与之狼狈为奸，“通北朝”之事，也是胡惟庸屡屡作梗。洪武八年(公元1375年)，日本北朝室町幕府统治者足利义满遣使朝拜朱元璋，朱元璋见其贡书里未提“称臣”一事，因此拒绝收其贡物，但允许日本“光明天皇”的小儿子来南京学习，朱元璋“尤善待之”，但中日关系至今依然处于“冰河期”。洪武十四年，十七年，十八年，又有多股倭寇入侵辽东、山东、海南三省。此时明王朝经过10多年休养生息，国力渐渐强大，朱元璋遂于洪武二十年(公元1379年)命开国名将汤和与周德兴在浙江、福建沿海铸“备倭城”59座，屯兵8万人，继而在洪武二十三年，二十四年两次挫败窜犯东南沿海的倭寇，“斩俘甚众”，至洪武末期，明朝从北至辽东，南至广东的海岸线上，修筑各类卫所200多所，置“备倭军”近30万人，精锐兵舰3000多艘，构筑起一条海上长城。因此从洪武二十年开始至朱元璋过世，倭患暂稀。这其间，洪武十四年，朱元璋查知胡惟庸“通倭”，日本“南朝”怀良又送来书信，措辞傲慢，使朱元璋一度想征讨日本，但终被大都督李文忠等人劝阻。为防前元征倭失败覆辙，朱元璋在其留给子孙的《皇明祖训》中，将日本定为“不征之国”，称日本“虽朝实诈，暗通奸臣胡惟庸谋不轨，故绝之”。因此200多年后的大明“抗倭援朝”战争里，万历皇帝虽调集精锐水师云集天津，意欲直捣日本本土，终因丁应泰等大臣以“祖制”劝阻而作罢。
