王朝起源
萨非王朝起源于一个于14世纪在阿塞拜疆非常昌盛的名为Safi的萨非教团，这个教团的创立者是萨非·丁(Safi Al-Din，1252年—1334年)，这个教团就是以他命名的。
萨非王朝起源于今属于伊朗的阿尔达比勒，至当代为止在该城里还保留有他的圣陵。由于蒙古人的西侵，在今伊朗西北和土耳其东部产生了一个政权真空，萨非所建立的教团的任务在于平息这些混乱。在15世纪里，随着帖木儿帝国的衰落这个教团得以乘机获得政治与军事力量。1447年教团的领袖将教团改变成一个试图获取波斯统治权的什叶派运动。
建国进程
15世纪奥斯曼帝国不断扩张，占领了整个小亚细亚，通过迫害什叶派他们试图稳定被占领地区。15世纪末奥斯曼帝国禁止什叶派。1501年对奥斯曼帝国不满的阿塞拜疆和东土耳其民兵(由于他们使用红色的头巾被称为“红头”)与萨非教团联合占领了大不里士，推翻了当地土克曼人的白羊王朝逊尼派君主。
当时的萨非教团主是一个15岁的少年伊斯迈尔一世。从父系来看他是萨非教团创始人萨非·丁的后代，而从母系来看他是白羊王朝创始人的外孙子。为了稳定政局他自称是穆罕默德的女儿法蒂玛与穆罕默德的继承人阿里·伊本·艾比·塔里卜的后代。为了进一步巩固他的王权他自称是萨珊王朝的后裔，称自己为沙赫。
伊斯玛仪一世自登基之日起就致力于武力统一伊朗和向外拓展疆土。1503年—1508年经广泛战争几乎征服整个波斯、亚美尼亚和伊拉克大部。1510年，伊斯迈尔一世与另一位中亚征服者，乌兹别克汗国汗昔班尼激战于呼罗珊，获胜(昔班尼于是役阵亡)。伊斯迈尔一世向西推进的行为终于导致他与奥斯曼帝国的冲突。1514年在查尔迪兰战役中，伊斯迈尔一世被奥斯曼帝国苏丹塞利姆一世击败，他两个妻子被塞利姆抓获。对土耳其军事力量的共同担心使他向一些欧洲国家伸出橄榄枝(包括威尼斯、西班牙和匈牙利)。
伊斯玛仪一世的对内政策主要是，宣布伊斯兰教什叶派为国教，并自任什叶派的领袖。他还是一位有学问、有教养的人，能够写诗。战败后伊斯梅尔很伤心，因为他的无敌的光环也随之破灭，也没有参与政府事务。
扩张与内乱
伊斯玛仪一世死后，十岁的儿子塔赫玛斯普一世即位。他于1538年兼并希尔凡汗国，又于1551年把舍基并入波斯。1544年，他帮助印度莫卧儿皇帝胡马雍恢复帝位。塔赫玛斯普一世因此得到坎大哈作为回报。约在1548年，塔赫玛斯普一世把王朝的都城从大不里士迁至加兹温。
塔赫玛斯普一世在位时期，波斯连续不断地与奥斯曼帝国和乌兹别克汗国(后改名布哈拉汗国)互相攻战。
在初期的奥斯曼—萨非战争 (1532年—1555年)中，奥斯曼帝国最终取得了当代相当于伊拉克的那片土地，太美斯普只好在1530年代与奥地利的哈布斯堡缔结哈布斯堡—波斯同盟，共同在军事上对抗奥斯曼帝国。1553年，塔赫玛斯普一世抵御了奥斯曼帝国苏丹苏里曼一世的进攻。1555年，塔赫玛斯普一世与奥斯曼帝国缔结了和约。1565年，塔赫玛斯普一世取消关税。1576年死于加兹温。塔赫玛斯普一世死后，其子伊斯玛仪二世在与奥斯曼帝国苏丹穆拉德三世的战争中失败(1578年)，失去了外高加索地区。
伊斯玛仪二世逝世后，奇兹尔巴什(什叶派土库曼武装)军队派系推举他的弟弟科达班达为下任沙阿。波斯的宫廷不和让外国势力有机可乘。乌兹别克人一度入侵伊朗东北部，其后被马什哈德总督击退。与奥斯曼帝国的战争是科达班达统治时期最重要的事件。奥斯曼帝国苏丹穆拉德三世在1578年对波斯萨非王朝发动战争，战事一直延至1590年。维齐尔拉拉·穆斯塔法帕夏(Lala Mustafa Pasha)率先入侵格鲁吉亚和希尔凡，另一支由奥斯曼帕夏(Osman Pasha)和费尔哈德帕夏(Ferhad Pasha)率领的军队在1585年攻陷了大不里士。科达班达派遣长子哈姆扎·米尔扎迎战，但他在作战期间遇害身亡，大不里士在此后20年一直受奥斯曼帝国管治。当乌兹别克人大举入侵呼罗珊时，当地的乌兹别克基齐勒巴什派系领袖穆尔西德·古利汗认为推翻沙阿的时机已到，扶植科达班达的儿子阿拔斯·米尔扎，当时阿拔斯·米尔扎受到穆尔西德的保护。穆尔西德和阿拔斯赶往加兹温，阿拔斯在1587年10月成为新任沙阿。科达班达并没有作出反抗，同意逊位。
极盛时期
阿巴斯一世(又译阿拔斯一世)在幸存了宫廷阴谋了暗杀后于1587年登基。他认识到他的军队已不适应新时代战争的需要，这时奥斯曼帝国多次击败波斯军队，占领了格鲁吉亚和亚美尼亚，而乌兹别克人则占领了东部的马什哈德和锡斯坦。首先他于1590年与奥斯曼帝国达成和平协议，将西北地区让给奥斯曼帝国。然后他雇佣了一位英国将军来重组他的军队，使它变为一支受薪的、训练良好的、类似于欧洲正规军的军队，他大批量引入了火药。他首先向乌兹别克人开战，于1598年重占赫拉特和马什哈德。然后他开始对奥斯曼帝国回击，到1622年他得以重占巴格达、伊拉克东部和高加索省份。1602年他将葡萄牙逐出巴林，在英国海军的帮助下于1622年重占波斯湾中的霍尔木兹。他扩大了与不列颠东印度公司和荷兰东印度公司之间的贸易关系。这样一来阿巴斯对内也得以摆脱了对红头的依赖，加强了中央政府。
奥斯曼帝国与萨非帝国之间对伊拉克富饶的平原的争夺战持续了150年。伊斯迈尔一世于1509年占领巴格达，但是1534年苏莱曼一世就攻占了巴格达，1623年萨非帝国再占巴格达，但是1638年穆拉德四世再次夺回。1639年双方在席林堡(Qasr—e—Shirin)签署了一个条约来确定波斯与土耳其之间的边界。直到今伊朗西北与土耳其东南的边界依然是当时确立的。这场逊尼派与什叶派之间的拉锯战至当代反映在伊拉克的宗教分歧中。
1609年到1610年萨非帝国与库尔德人之间爆发了一场血腥的战争。这场战争的原因是伊朗西北乌米耶湖附近地区的一座城堡。当地的库尔德人酋长试图在奥斯曼帝国与萨非帝国之间保持独立，他重建这座城堡被萨非帝国看作是一个独立的姿态，因此威胁到了萨非帝国对其西北地区的统治。许多其他库尔德人首领(包括马哈巴德的酋长)也开始从波斯独立。从1609年11月到1610年夏，萨非军队对这座城堡进行了长久和血腥的围困战后城堡失陷。阿巴斯下令对血洗整个省份并将许多库尔德人部落迁往呼罗珊。直到当代在呼罗珊地区还有近170万库尔德人，他们是当时被迫迁居的库尔德人的后裔。
由于阿巴斯特别怕人刺杀他，他对他自己家里被怀疑的人非常残忍，这些人不是被杀就是被弄瞎。他的一个儿子被因此处死，两个被弄瞎。由于他的另两个儿子在他生前都死了，他1629年1月19日逝世时没有男的继承人。从17世纪开始红头的势力开始衰弱，过去的民兵逐渐演化为管理机构和官僚。一个新的商人阶层逐渐强大起来，他们主要有亚美尼亚人、格鲁吉亚人和印度民族组成。
阿拔斯一世漫长的统治时期萨非帝国达到了其顶点，它包括今伊朗、伊拉克、亚美尼亚、阿塞拜疆、格鲁吉亚以及土库曼斯坦、乌兹别克斯坦、阿富汗和巴基斯坦的部分。
帝国衰变
1629年阿巴斯一世病逝前，他立了身为孙儿的萨非为继承人。萨非为人残暴而内敛，于1629年1月28日即位，当时年仅十八岁。他无情地淘汰任何一个能威胁他权力的人，几乎处决所有的萨非王室的王子，以及功绩显赫的朝臣和将军。他甚少留意政事，又无文化或学术兴趣，甚至有阅读和书写的困难。奥斯曼帝国的穆拉德四世看见萨非的昏庸无能，于1630年及1634年，入侵伊朗西部，并于1638年重夺巴格达。1639年，奥斯曼帝国及萨非王朝签署和约，双方从始再没有战争，而巴格达自始在奥斯曼帝国的版图下直至第一次世界大战。另外乌兹别克人及土库曼人皆曾骚扰伊朗东面边境，而印度莫卧儿帝国的沙贾汗更于1638年夺取坎大哈。在他统治时期，萨非王朝开始衰落。
在17世纪里除了它的两个传统敌人，奥斯曼帝国和乌兹别克人，波斯人还获得了两个新的强敌。俄罗斯的莫斯科公国在16世纪里摆脱了金帐汗国的统治，开始将其势力伸向高加索山脉和中亚。在东边，印度的莫卧儿帝国向阿富汗发展，占领了坎大哈和赫拉特。在17世纪里东西方之间的贸易道路也开始离开了波斯，使得贸易和商业衰落。此外阿巴斯一世所建立的正规军虽然在短期里获得了军事胜利，但是在长期里通过它所造成的繁重的税收和对各省的控制削弱了国家的力量。17世纪下半页萨非波斯与暹罗的阿瑜陀耶王国建立了密切的外交和经济接触。
除阿巴斯二世和阿巴斯一世后的国王全部都非常弱。1666年阿巴斯二世之死标志着萨非帝国结束的开始。虽然国库空虚和外患这些后来的国王生活奢侈。这些国王施加重税、打击投资、促进了官员的腐败。阿拔斯二世于1666年逝世，苏莱曼一世于同年11月1日以萨非二世的名称即位，因当时年幼，及在后宫长大，对外面的世界并不认识。又因苏莱曼一世酗酒，身体健康不佳。即位首年，不单发生地震，更受哥萨克人侵袭里海沿岸。宫廷内的占星学家认为登基典礼的时间不好，再一次以苏莱曼一世为名称于1667年3月20日加冕。苏莱曼一世对政事没有兴趣，宁愿留在后宫，政务落于首相及由后宫宦官组成的理事会手上。苏莱曼一世在位期间，宦官的势力日益增大，贪污成风，军备松弛。苏莱曼一世亦没有趁萨非王朝的死敌奥斯曼帝国于1683年的维也纳之战被欧洲列强打败而元气大伤时，乘虚而入。萨非王朝亦不断遭受乌兹别克族及卡尔梅克人的入侵。
动荡灭亡
苏莱曼一世于1694年逝世时，请宦官们在两位儿子间选择继位人。他对宦官们说长子侯赛因会为国家带来和平，而幼子阿拔斯则会为国家带来繁盛，最后宦官们选择了侯赛因为继位人。侯赛因为人随和，对政事不热衷。他将政务交给他的姑婆(前沙阿萨非的女儿)。他从此酗酒，常居后宫，不理政事。即位初期，国家比较宁静。其后，东面的阿富汗叛变对伊朗造成震撼。1709年，吉尔查伊族的领袖米尔维斯·霍塔克带头叛变脱离萨非王朝。1716年，阿卜达里族亦脱离萨非王朝，跟着攻打的吉尔查伊族，却被米尔维斯·霍塔克的儿子马哈茂德·霍塔克打败了。
1722年，侯赛因因为阿富汗人马哈茂德·霍塔克攻入伊斯法罕而退位，并承认马哈茂德成为新的波斯沙阿。汉达基王朝正式入主伊朗。太美斯普王子希望继位。他逃到大不里士建立了政权。得到了高加索地区逊尼派穆斯林和几个基兹尔巴什部落的支持(包括纳迪尔沙为首的阿夫沙尔部落)。太美斯普最终得到了奥斯曼帝国和俄罗斯帝国的承认。至1729年，太美斯普已经控制了波斯的大部分国土，更反击到阿富汗境内。1732年，他被纳迪尔沙废黜，被放逐到呼罗珊。
波斯的边界多次受到劫掠：俾路支族部落于1698年劫掠克尔曼，阿富汗人于1717年劫掠呼罗珊，伊拉克不断受到半岛阿拉伯人的洗劫。侯赛因试图强迫阿富汗人的逊尼派改为什叶派，结果一位普什图人酋长造反，击败了波斯军队。1722年他的儿子入侵波斯东部，围攻和占领了伊斯法罕，自称为波斯沙赫。
最后阿夫沙尔王朝的纳迪尔沙阿赫，本来是一个呼罗珊红头部落的突厥人战士，但是上升为军事领袖，得以将阿富汗人逐出。他成为波斯的军事强人并开始向外扩张，他的军队一直攻到德里，但是他没有巩固他的波斯基地，结果使得他的军队力量耗竭。在塔赫马斯普二世时期他已经成为了波斯的实际统治者，1736年他在年幼的阿巴斯三世死后自己登上了王位。1747年纳迪尔沙赫被刺杀后萨非又被立为波斯沙赫，但是这个短时间的目的只不过是为了为赞德王朝提供一个合法的过渡借口。1760年卡里姆汗正式登基，结束了萨非王朝。
