早年经历
源义经出身于名门河内源氏，幼名“牛若丸”或称“牛若”，为源氏领袖源义朝的第九子(异说)。其母亲常盘原为近卫天皇中宫九条院的侍婢，以千中选一的美貌著称，后来成为源义朝的侧室。
平治元年(1159年)，牛若诞生后不久，父亲源义朝即于平治之乱中为平清盛所败，随后于逃亡途中，于尾张遇害，一族亦非死即逃。母亲常盘带着牛若及两名同母兄今若、乙若逃往大和山中。不久常盘的生母被平家逮捕，常盘只好携子自首。平清盛因贪恋常盘的美色，遂纳常盘为妾，并赦免常盘生母及牛若兄弟等四人。
数年后，常盘又被嫁给公家贵族藤原氏的一条长成，而牛若在长宽二年(1165年)七岁时被送到鞍马寺(京都市左京区)学习。之后由一位称为圣门坊的僧侣处得知自己的身世。
传说某夜，牛若偷溜出寺，在僧正谷(僧正ヶ谷)遇到武艺高强的“乌天狗”，后来牛若便常常夜遁至天狗处学习武艺。住持东光坊某日发现牛若不但夜遁习艺而且图谋打倒平家后大惊失色，虽欲强迫牛若出家，但牛若不肯，最后姑且先起法名为“遮那王”，命牛若静心学习，忘却俗世。
传闻遮那王仁安四年(1169年)十一岁时的某日，在回寺的路上，途经五条大桥时，遇见一位称为武藏坊弁庆的武勇僧侣拦路。弁庆当时在该地进行“刀狩”，只要看上往来武士身上的太刀便要求比武，在遇到遮那王之前已经强夺了999把太刀。弁庆看上了遮那王身上所配之黄金宝刀，故技重施，岂料遮那王武艺高强，身轻如燕，弁庆虽然武勇纵横，但却处处受制，攻而屡挫。以柔克刚的遮那王让膂力过人且一向仗恃刚勇的弁庆败得口服心服，从此弁庆便跟随在遮那王左右，成为日后遮那王最亲密的家臣之一。
出奔奥州
承安四年(1174年)，遮那王16岁的某日，传说有一位叫做吉次信高(金売吉次)的黄金商人来访。吉次信高因为经常往来京都与陆奥，与奥州藤原氏的镇守府将军藤原秀衡有深交，此次来访乃因藤原秀衡暗闻源氏遗族遮那王有讨平大志，欲倾力相助，遂托吉次信高前来转达，并助遮那王出奔。遮那王当下即决定投奔奥州，当日便乔装混于吉次信高的商队中出走。
途经热田神宫时，遇见前大宫司藤原季范的族裔，而藤原季范正是父亲源义朝正室由良御前的生父。遮那王在戚族及吉次信高等人的注目下完成了元服，取源氏代代相传的“义”字，及初代先祖源经基的“经”字，改名为“源九郎义经”。亦有一说，指义经乃于其父义朝为叛臣所杀的宅第里完成元服仪式。
源义经一行千里跋涉后，终于抵达奥州平泉。据说藤原秀衡于数日前即梦见黄金鸽子飞来，而鸽子乃源氏氏神八幡神的信使，因此视之为大大的吉兆，更加深信源义经必能成就大业。
兄弟重逢
承治四年(1180年)8月，源义经被流放伊豆的异母兄源赖朝举兵讨平。消息传到奥州，源义经与藤原秀衡商量后决定兴兵助阵。源义经率领家臣武藏坊弁庆、伊势三郎及藤原家臣佐藤继信、忠信兄弟等共300余骑，日夜兼程前往驰援。其时正值富士川之战，然而平家大军不战而败，战事一下子就结束了，源义经于战后才抵达源赖朝在黄濑川的阵地，因此未能参战。
讲述平家军在富士川不战而败，乃因“风声鹤唳”所致。源赖朝见到平治之乱失散以来即未曾谋面的亲弟弟已由襁褓婴孩蜕变成威风凛凛的大将，心里非常欣慰与感动，兄弟两人皆流下真情的泪水。源赖朝以河内源氏先祖源义家得亲弟弟源义光襄助而成大业为例，誓言与源义经一起消灭平家、共报父雠，再振源氏家门。之后源义经跟随源赖朝退回镰仓，全力经略关东，厚植实力。
上洛勤王
源赖朝的堂弟木曾义仲和源赖朝同年举兵，并且势如破竹，横扫北陆，为讨平的源氏势力中的另一主流。但由于木曾义仲的父亲源义贤在与源赖朝父亲源义朝的政争中，为源义朝长子源义平所杀，与源义朝家有杀父之仇，故不与源赖朝相善。
寿永二年(1183年)，木曾义仲于俱利伽罗峠之战大破平家10万大军后，同年7月率兵入京，平家弃都西逃。此时木曾义仲的声势如日初升，人称“旭将军(或朝日将军)”。然而由于先前养和大饥馑的影响，木曾义仲的6万大军军粮无觅，遂开始劫掠京师，以致人心大失。其后在追击平家的数次战役中更屡为平家所败，元气大伤。
同年，收到后白河法皇勤王密令的源赖朝派遣源范赖及源义经统率5万大军征讨木曾义仲。寿永三年(1184年)1月，众叛亲离的木曾义仲于宇治川之战中寡不敌众，在逃往北陆途中于近江粟津遇袭阵亡。至此，源赖朝势力成为天下讨平的唯一主力。
一之谷奇袭
平家一族先前弃京逃往九州后，势力便逐渐回伸，更趁源氏相争之际坐收渔利，不但在赞岐屋岛建立行宫，山阳道及濑户内海等亦大半为平家所控制，前线重回摄津福原，大有重新上洛之势。
寿永三年(1184年)1月，木曾义仲败亡后，源赖朝乘新胜之锐，命源范赖及源义经进军福原。2月，源范赖与源义经兵分二路夹击，以源范赖为主力，源义经率1万余骑由摄津蓝那走鹎越，潜入一之谷(一ノ谷)。2月4日源义经以夜袭击败播磨三草山的平资盛、平有盛势力，并命土肥实平追击山中残部。2月7日源范赖5万主力进攻生田的平知盛守军，清剿山中残部后的土肥实平亦转攻塩屋的平忠度，但源平两军激战数回后即陷入僵局。
源义经采声东击西之计，命安田义定领1万骑进攻梦野的平教经、平盛俊，自己则仅率40余骑转入山中，迂回到平家本阵后方。黎明时分，源范赖方再次发动攻击，听见杀阵声的源义经便率军由急坡纵马而下，迅速攻入平家本阵，平家阵脚大乱，开始奔窜败退，平家大军死伤惨重。不久残军逃到港口，乘船渡往屋岛，而源氏因为没有水军，故没有追击。
此战平家大将阵亡者甚众，如平通盛、平忠度、平经俊、平清房、平清贞、平敦盛、平知章、平业盛、平盛俊、平经正、平师盛、平重衡(被捕，1185年处刑)等，平家势力遭受莫大沈重的打击。一之谷之战后，源赖朝召源范赖回镰仓，加封三河守，但立下大功的源义经却遭到冷落，不但不召回镰仓行赏，更只命源义经为代官，留守京都。战功赫赫的源义经在留守京都期间受到后白河法皇的赞赏，1184年8月6日法皇封源义经为“左卫门少尉兼检非违使(俗称为判官)，从五位下”，但源赖朝对于源义经未先征询自己的同意而擅受朝廷册封的行为十分震怒。9月，源义经奉源赖朝之命，娶源赖朝臣下河越重赖之女为妻(后来称为“乡御前”)。一般认为，源赖朝是想利用乡御前来刺探及监视源义经，但就结果而言，乡御前并没有为源赖朝所用，而是真心地跟随着源义经。
屋岛之战
寿永三年(1184年)9月，源赖朝刻意冷落源义经，只派源范赖征讨平家。源范赖为绕到平家背后，取径山阳道，但为平家识破，源范赖大军遭平行盛截断，关门海峡亦为平知盛封锁，陷入兵粮不继的困境。寿永四年(1185年)1月，源赖朝迫不得已，命源义经领军前往救援。
元历二年(1185年)2月，源义经自京都起程前往摄津渡辺港，整备军舰，目标直指平家屋岛阵地。但正当出航之际，暴风雨来袭，军监梶原景时及部下、船长们皆认为此时不宜冒险。源义经力斥众议，安排5艘船各150骑，随即出航。源义经舰队乘风破浪，比想像中更快抵达四国，但也由于风浪的影响，偏离了预定航道，在阿波的胜浦靠岸。然而源义经上岸整军后，即策马疾驰，翌日清晨便已进军至屋岛前方村落。
源义经眺望平家阵营，发现平家红旗浩浩，军容整盛，并且还有数艘舰艇在港。源义经自知不能力敌，只能智取，于是便在周围村庄放火，假立源氏白旗多数，制造大军袭来的幻象。平家见状大惊，以为一之谷奇袭再现，仓皇夺船奔走。源义经趁势抢滩上岸，迅速冲入本阵放火。不久，平家发现中计，掉头回击，弓矢齐飞。平家军中号称第一射手的平教经向源义经放了一记冷箭，源义经四天王之一的佐藤继信策马奔前以身挡箭，强箭穿甲，佐藤继信中箭落马。源义经立刻下马抱起继信，继信寥留数语后便气绝殒命，义经哀恸不已。
战事陷入胶着，双方暂且按兵不动。平家为了展现出己方游刃有余的实力，打击源氏的士气，故意派出一艘小船，载着花样年华的美少女，立起红底金箔的日之丸小扇，前往源氏阵地挑衅。源义经则派出军中的弓射名手那须与一接战。小船停在箭程边线左右，船上小扇随着波浪起伏而摇摆不定，那须与一纵马入海，一箭射中70余米外的小扇，源军欢声雷动，士气大振。不久由于平家误信源范赖率大军增援的情报，加以屋岛基地已受创严重，平家决定放弃屋岛，向西撤退，屋岛之战结束。此战造成濑户内海拱手让与源氏，河野通信等水军势力及中国、四国的武士集团也一一向源氏输诚，平家已经面临山穷水尽的局面。
坛之浦决战
平家自屋岛撤退到长门的彦岛据守，而源范赖和源义经亦在对岸布阵对峙。双方已有海战的觉悟，开始纠结战船，平家500艘，源氏840艘(《吾妻镜》版本)。
元历二年(1185年)3月24日清晨6时许，在关门海峡的坛之浦(坛ノ浦)开战，由平家主动展开攻击。由于平家擅于海战，而且潮流对平家有利，机动灵活，所以一开始平家即占了上风。相反地，逆流进军的源氏舰艇如陷泥沼，成为平家箭阵的活靶。此时源义经心生妙计，下令集中狙杀平家的水手及舵手，但据说此战术违背了当时不成文的战争规则。失去机动能力的平家舰队反而比源氏更加动弹不得，正午过后，潮流改变，源氏顺势接近登船，展开白刃血战，战情也随之逆转。激战过后，平家眼见大势已去，平资盛、平有盛、平经盛、平教经、平行盛等大将陆续投海身亡。平家领袖平宗盛及子平清宗、妹平德子虽然企图跳海自尽，但为源氏士兵所救。而年仅8岁的平家血脉安德天皇(平德子所生)则由祖母二位尼挟抱跳海身亡。值得一提的是，传说射死源义经爱将佐藤继信的平教经为了追杀源义经，曾逼得源义经连跳8船而逃(即著名的“八艘飞び”)。英勇的平教经最后是挟著两个源军勇士跳海，壮绝而亡。另外，平家猛将平知盛为免不能绝命，遂着重甲，负锚碇，投水而死。日暮时分，坛之浦之战结束，平家灭亡。
无功有过
平家消灭后，源义经在京都邂逅了善舞白拍子的矶禅师之女，两人一见钟情，不久源义经纳之为妾，即“静御前”。后来源义经押解平宗盛父子等凯旋返回镰仓，但就在抵达镰仓城外的腰越时，源赖朝遣使命令源义经不得进城，只要交出人犯即可。对于遭兄长猜忌深感痛心的源义经于元历二年(1185年)5月24日在腰越的满福寺写下了著名的腰越状，委托源赖朝的亲信能臣大江广元代为转达其手足情深、忠心不贰的真挚心意。
手足成雠
元历二年(1185年)9月，源赖朝为刺探源义经动向及意志，遣梶原景时之子梶原景季前往京都堀川御所，封源义经为伊予守并要求其发兵征讨曾追随木曾义仲的叔父源行家。源义经由于抑郁致疾，身心俱疲，再加上源行家同为源氏，又是叔父长辈，不忍相害，遂拒绝了源赖朝的要求。至此，源赖朝决意拔除犹如芒刺在背的源义经。
元历二年(1185年)10月，源赖朝密令土佐坊昌俊入京谋事。10月17日夜，土佐坊昌俊率领60余骑突袭堀川御所。源义经提刀应战，之后叔父源行家亦率众支援，土佐坊昌俊不敌，败逃鞍马山后受缚。土佐坊昌俊坦承一切皆为源赖朝授意，让源义经非常寒心。源义经与叔父源行家商讨后决意起事，并向后白河法皇禀告，得到了追讨源赖朝的院宣，但元历二年10月24日在先父源义朝的供养法会上却未能得到家臣广泛的支持。然而事已至此，势在必行，元历二年10月26日将土佐坊昌俊斩于六条河原，与源赖朝正式决裂。源义经等心知京都不是谋事之地，无力迎战，决定离京西行，投靠九州的菊池氏，在西国发展势力。11月3日源义经等率500人左右由摄津大物浦走海路，突遇暴风来袭，此番不得突破，又退回了摄津。
约莫同时，北条时政奉源赖朝命领千骑先行，随后源赖朝亦率大军上洛。法皇听闻源赖朝进京，态度骤变，要求全力缉拿。源义经知道源赖朝已布下天罗地网，决定化整为零，只带家属、亲信逃往吉野山。
生离死别
前往吉野山的山路上，静御前由于身怀六甲，体力不堪负荷，源义经念源赖朝不至于对妇人孺子下毒手，决定让静御前下山躲藏。临别之时，源义经送给静御前一面小镜，谓：“愿君早晚梳洗之际睹物相思。”遂遣仆役数人护送下山。然而下山途中，仆役心生歹念，强夺财宝之后即各自散逃。进退无路的静御前在此时为追兵所逮，送往镰仓。
由于静御前在山中被捕，吉野山的僧兵们知道源义经一行必藏于山中。僧兵们唯恐得罪源赖朝，招致大军前来征讨，于是决议上山捉拿源义经。僧兵们击鼓为号，开始纠集。弁庆听到鼓声有异，下山窥探，果见僧兵披甲带刀，急忙回报。源义经认为僧兵熟谙山势，战不可胜，便准备转移阵地，逃往别处。此时源义经四天王之一的佐藤忠信心知战不能胜，逃亦难免，决定舍身殿后，保主脱险。源义经知道佐藤忠信心意已决，想起了在屋岛之战为己牺牲的佐藤继信，有感今日一别即为死别，无言凄然诀离。佐藤忠信带着几个自奥州出征以来仅存的忠勇部将，伏击追击而来的僧兵。佐藤忠信与僧兵大将横川觉范展开死斗，最后斩觉范，枭其首，僧兵见状惊恐，鸣金自退，然而佐藤忠信的部将已尽皆阵亡。佐藤忠信后来独自潜回京都堀川御所，被北条时政守军发现，激战之后壮烈自刃身亡。
再投奥州
逃离吉野山后，源义经一行在奈良和京都的山野间四处躲藏。源义经明白如此下去不是长久之计，亦无再起之日，于是决定投奔当年鼎力相助，犹如再生之父般的奥州镇守府将军藤原秀衡。文治三年(1187年)2月，源义经带着正室乡御前及家臣们乔装成劝募重建东大寺的苦行僧，踏上千里迢迢的旅程。
为了避开关东森严的戒备，源义经一行进入越前，取径山险路难的北陆道。然而通缉令早已布达五畿七道，源义经一行在加贺的安宅关(安宅の関)引起守将富樫左卫门的怀疑，富樫左卫门要求伪装成劝募僧侣的源义经一行把劝进帐(募款帐册)拿出来检查。据说此时胆大心细的弁庆急中生智，随便呈上一份毫无关系书卷，佯称是劝进帐，并鼓动三寸不烂之舌瞒过了富樫左卫门。富樫左卫门打量了弁庆身边的源义经后仍觉有异，弁庆便故意对源义经大喝：“都是因为你像判官所以多次引起祸端!”然后拿金刚杖重重地打了源义经。弁庆逼真的演技彻底瓦解了富樫左卫门的心防，富樫左卫门心想：“哪里有家臣敢这样做，一定不是判官啊。”于是予以通关放行。即便是万不得已下冒犯主君，弁庆仍感到十分愧疚，离开关所的视野后不觉泪流满面，向源义经下跪请罪。源义经说：“这真是天神相助，还有你的机智行动，使得我们脱险，感激不尽。”主从相视而泣。
历经重重险阻及考验，源义经一行终于抵达奥州平泉。如父亲般的藤原秀衡仍旧给予源义经大力援助，并安排源义经在高馆(又称衣川馆)驻居。得知源义经投奔奥州的源赖朝开始文攻武吓，但藤原秀衡不为所动，以不惜一战的决心力拒源赖朝的引渡要求。源赖朝暗忖藤原秀衡实力可畏，只得按兵不动，从长计议。
高馆断魂
尽管源义经在藤原秀衡的情义庇荫下得以安身，但造化弄人，好景不常，文治三年(1187年)10月29日，藤原秀衡即因病逝世。这对源义经而言是莫大的打击，源义经自谓：“丧亲之痛犹未过之。”虽然藤原秀衡临终前再三叮嘱其子藤原泰衡、国衡、忠衡务必同心协力对抗镰仓幕府，并以主君之礼侍奉源义经，然而在老谋深算的源赖朝不断地威胁利诱下，藤原一族与源义经之间的关系渐渐产生了变化。
文治四年(1188年)3月29日，后白河天皇派遣专人前往平泉传达征讨源义经的院宣。虽然藤原一族仍犹豫不定，意见分歧，但由于参谋藤原基成(藤原泰衡的外公)为公卿贵族之后，素与朝中公卿相善，因此朝廷方面仍有不少公卿庇护藤原氏。10月12日，源赖朝遣使警告藤原一族若不征讨源义经则将获罪株连，幕府已准备自行发兵伐罪。11月，陆奥、出羽国司等也接获院宣，开始对藤原一族施加压力。1189年2月22日，源赖朝要求法皇下旨征讨藤原一族及解除沆瀣一气的朝中公卿职务。2月25日，源赖朝开始做战前准备，再度遣使探查平泉方面的虚实。3月22日，源赖朝再次催促朝廷下旨讨伐藤原氏。家督藤原泰衡为了挽救逐渐陷入孤立无援的藤原一族，终于决定讨伐源义经。
文治五年(1189年)4月30日清晨，藤原泰衡命家臣长崎太郎率500骑突袭驻居高馆(又称衣川馆)的源义经。源义经家臣们发现后迅速迎战：弁庆、伊势三郎、增尾十郎、片冈八郎、铃木三郎、龟井六郎、鹫尾三郎、备前平四郎等8人固守玄关大门，喜三太爬上屋顶，以窗板为盾，拉弓搭箭狙杀敌军。源义经则以战死于藤原泰衡的家臣手下为耻，不愿出战，独自进入佛堂中诵经，做自尽前的准备。源义经的家臣们为了保护主君能平静赴死，抱着必死的觉悟，舍命决战，各自斩杀多人后壮烈战死或自刃。传说弁庆见大势已去，入殿向正在诵经的源义经诀别，相约黄泉路上为伴，随后重返战场，挥刀如舞，人马无别，顿时血雾弥漫，遍地尸骸。敌军近战不得，于是弓手尽出，万箭齐发，刹那间弁庆身上插满羽箭。但只见弁庆仍不见死态，长刀乱斩，状貌骇人。突然，弁庆大刀一收，宛如佛教的仁王(护法金刚)塑像一般傲然而立，嘴角似笑未笑，身躯则不动如山。敌军未知弁庆生死，一时间亦无人敢上前探查。后来弁庆被一匹马撞倒，众人方知弁庆早已身亡(此即著名的“弁庆立往生”)。
诵完经的源义经回到寝室，手刃乡御前与4歳的女儿龟鹤御前后引刀自裁。源义经波澜万丈的31年生涯以悲剧落幕。
平泉梦碎
源义经死后，首级由藤原泰衡之弟藤原高衡护送到镰仓，躯体则被葬在判官森(今宫城县栗原市栗驹沼仓)。1188年6月13日，和田义盛与梶原景时在腰越验首，然后将首级葬在藤泽的白旗神社。
讨伐源义经后的藤原一族仍未得安稳，首先藤原泰衡之弟藤原忠衡认为藤原泰衡此举违背了父亲藤原秀衡的遗命，反对藤原泰衡向幕府屈服。因此在1188年6月26日，藤原泰衡袭击藤原忠衡居馆，杀了藤原忠衡。冷酷无情的源赖朝则在利用完藤原泰衡后，宣称藤原一族窝藏钦犯，罪无可逭，1188年7月19日，亲率大军北上征伐。藤原泰衡焦虑辩解，称：“往日种种皆先父秀衡一人独断，今已依麾下之命诛杀义经，泰衡但有功无过，何以致罪?”然而藤原泰衡仍未明白源赖朝志在天下，岂容藤原氏据地自恃。藤原泰衡在源赖朝大军到达前就先纵火烧毁居馆，弃城北逃。1188年9月3日，藤原泰衡为部下河田次郎所弑，首级于9月6日送达源赖朝本阵，之后葬于藤原氏祖坟中尊寺金色堂。数代雄霸一方的藤原氏在源义经死后不到半年即家破人亡，为这出历史悲剧的末尾更平添几许唏嘘。
