1773年9月17日，顿河哥萨克普加乔夫自称皇帝彼得三世，聚集一支由80名亚伊克哥萨克组成的队伍，并公布檄文，宣布将古时哥萨克享有的优惠与特权赐给曾在亚伊克军中服役的哥萨克、鞑靼和卡尔梅克人。
9月18日，起义军抵近坚固设防的亚伊克镇(乌拉尔斯克)，因无火炮而放弃强攻，只留部分部队对其围困。普加乔夫率其余队伍向俄罗斯东南部的军政战略要地——奥伦堡进军。由于农民、亚伊克哥萨克、逃亡士兵、鞑靼人，哈萨克人、卡尔梅克人和乌拉尔各厂矿工人纷纷自愿参加起义军，普加乔夫的队伍很快壮大起来。起义军在归降普加乔夫的各要塞(伊列克镇、塔季谢瓦、萨克马拉镇等)缴获了大批武器(其中包括火炮、弹药)和粮食。
10月5日，普加乔夫起义军(约2500人，火炮20门)开始围困奥伦堡，围困时间达6个月之久。为镇压农民战争并增援奥伦堡，政府派出以卡尔少将为首的讨伐队(3500人，火炮10门)，但在11月7-9日尤泽耶瓦村附近的战斗中，被奥夫钦尼科夫和奇卡(扎鲁宾)统率的起义军击溃。
11月间，由西伯利亚和辛比尔斯克(乌里扬诺夫斯克)派往起义地区的政府军也被击败。普加乔夫驻地别尔茨卡亚斯洛博达(距奥伦堡6公里)是指挥农民战争的中心。俄国各地农民自愿者云集于此参军参战。
1773年12月，普加乔夫在奥伦堡附近已拥有约2.5万人和火炮86门。农民战争席卷南乌拉尔、阿斯特拉罕和喀山两省的大部地区、西西伯利亚和西哈萨克斯坦各地。金贾·阿尔斯拉诺夫和萨拉瓦特·尤拉耶夫率领巴什基尔人民揭杆而起。在叶卡捷琳堡(斯维尔德洛夫斯克)(别洛博罗多夫)、车里雅宾斯克(格里亚兹诺夫)、萨马拉(古比雪夫)(阿拉波夫)、斯塔夫罗波尔(杰尔别托夫)，昆古尔和克拉斯诺乌菲姆斯克(库兹涅佐夫、萨拉瓦特·尤拉耶夫)，亚伊克镇(托尔卡乔夫)等地出现了许多由杰出的军事首领领导的大的起义中心。普加乔夫统率的主力部队是起义军的主力。
普加乔夫行伍出身(曾在哥萨克军中任少尉)，竭力使其部队具有某种正规军的编制。起义军由团(通常每团500人)组成，团下辖连(每连约100人)，各连设百人长或由大尉指挥。指挥官由士兵会选举。许多团，连按社会出身(农民、工人、亚伊克哥萨克、士兵等)、民族(巴什基尔，鞑靼等)或地区特征编组。主力部队和各团颁发军旗，上面写着普加乔夫命令中的口号。起义军驻扎在别尔茨卡亚斯洛博达时学习军事：劈刺、枪炮射击，挖地道、埋雷、筑掩体等课目。普加乔夫及其统领们曾试图使各团与各支队进行协同作战，组织侦察，并力求加强纪律性。
为表彰有战功者，颁发奖章，这些奖章是用银质卢布和沙皇的勋章改制的。为领导起义，普加乔夫于1773年11月建立军事委员会，该委员会一直存在到1774年8月底。军事委员会成员有：维托什诺夫、希加耶夫、特沃罗戈夫、波奇塔林、戈尔什科夫等人(后来成员有变化)。军事委员会负责指挥各路起义军作战，组织乌拉尔各工厂的武器制造;起义军兵员补充、粮秣和武器供应;同抢劫行为作斗争，等等。除军事职责外，军事委员会还执行行政司法职能。奥夫钦尼科夫是这次农民战争中颇有才干的统领之一，他主持的出征枢密署是普加乔夫的参谋部，主力军的作战由普加乔夫亲自指挥。所有作战行动都是在普加乔夫直接领导下组织实施的。
