有非盟首脑会议、执行理事会、泛非议会、常驻代表委员会和非盟行政当局。首脑会议为非盟最高权力机构，其主要职责是制定非盟的共同政策、监督政策和决议的执行情况、向执行理事会和委员会下达指示等。首脑会议原每年召开一次例会，从2005年起改为每年两次，其中一次在总部，另一次可应邀在成员国举行。在成员国提出要求并经三分之二成员国同意后，非盟可召开特别首脑会议。执行理事会由成员国外长或其他部长组成，每年举行两次会议，负责实施大会决议和对成员国的制裁。非盟委员会是非盟常设行政机构，负责处理非盟的日常行政事务。非盟委员会主席任期4年，至多可连任两届，现任非盟委员会主席德拉米尼·祖马，2012年7月当选，10月宣誓就职。
具体机构设置
非盟主要机构包括非盟首脑会议、执行理事会和非盟行政当局。非盟首脑会议是非盟最高权力机构，每年举行国家元首和政府首脑级会议。在成员国提出要求并经三分之二成员国同意后，非盟可召开特别首脑会议。非盟自2002年7月建立以来，已经成立了非盟首脑会议、非盟行政当局、执行理事会、泛非议会、非洲法院、和平与安全理事会、常驻代表委员会、特别技术委员会等机构。2008年9月9日,非盟在达累斯萨拉姆宣布成立经济、社会和文化理事会(经社文理事会),从而把非盟的官方机构数增加到9个。
● 非盟首脑会议首脑会议是非盟的最高权力机构，通常每年召开两次。年初的首脑会议原则上在非盟总部所在地亚的斯亚贝巴举行，年中的首脑会议在成员国轮流举行。另外，在成员国提出要求并经三分之二成员国同意后，非盟可召开特别首脑会议。首脑会议大会主席团由一名主席和14名副主席组成，由成员国根据地区代表制选举产生，每个地区3名，受非盟制裁的成员国无投票权。主席任期一年，任期可视情况延长，延长期不得超过一年。首脑会议的主要职责是制定非盟的共同政策，监督非盟政策或决议执行情况，加快非洲政治、经济一体化建设，向执行理事会和委员会下达指示，解决非洲战争、冲突、恐怖主义、紧急情况等问题。
● 非盟行政当局 非盟行政当局是非盟常设执行机构，负责处理非盟的日常行政事务。非盟行政当局主席任期4年，至多可连任两届，现任非盟行政当局主席让·平。2009年7月，第13届非盟首脑会议通过草案，将非盟行政当局转变为非盟权力机构。新机构将增加在防卫、外交及国际贸易等方面的权力。
● 执行理事会 执行理事会由成员国外长或其他部长组成，每年举行两次会议，负责实施大会决议和对成员国的制裁。
● 非盟泛非议会2004年3月18日，非盟泛非议会在埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴正式成立。泛非议会由非盟53个成员国各派出5名议员组成，设有1名议长和4名副议长，坦桑尼亚著名妇女活动家蒙盖拉夫人当选泛非议会首任议长。根据规定，在未来5年内泛非议会只履行协商与建议的职能，从2009年起开始行使其立法职能。
● 和平与安全理事会2004年5月25日，非盟和平与安全理事会在埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴成立。非盟和平安全理事会的前身是非洲统一组织的"预防、处理和解决冲突机制"。2002年7月，非盟第一届国家元首和政府首脑会议决定效仿联合国安理会架构，组建和平安全理事会，取代"预防、处理和解决冲突机制"。 和平安全理事会主要机构包括大会、军事参谋委员会、贤人委员会、非洲快速反应部队、特别基金等，其职责是负责非洲地区的和平与安全，具有强大的干预和协调能力。和平安全理事会由15个理事国组成,它们是加蓬、埃塞俄比亚、阿尔及利亚、南非、尼日利亚、喀麦隆、刚果共和国、肯尼亚、苏丹、利比亚、莱索托、莫桑比克、加纳、塞内加尔和多哥,其中5个任期3年，10个任期两年。
