清同治三年(1864)五月下旬，由陕西汉中率军回援天京的太平军遵王赖文光、扶王陈得才等人在鄂豫皖边境遭到清军顽强阻击，一时不得脱身。不久，东南方向传出消息说湘军已攻破天京，天王洪秀全服毒自杀，幼天王在江西被擒遇害。被困的太平军将士闻讯后无异于雪上加霜，士气一落千丈，屡被清军击败。九月，失去奋斗目标的扶王陈得才服毒自杀，其他随行的太平军高级将领或战死，或投敌，由汉中一路招揽而来的二十万太平军也死的死，散的散，只剩下五六千人。在外有强敌环伺，内有军心涣散的险恶形势下，遵王赖文光决定联手张宗禹、任柱领导的捻军共同对敌。
盘踞北方的捻军早期军事行动多以配合太平军作战为主，旗号上也遥尊太平天国，但形式大于内容，赖文光的决定让双方终于有了实质性合作。随后，在熟悉地形的捻军帮助下，赖文光率领残部跳出清军包围圈，与张宗禹、任柱等人汇合，并重新整合部队。为了有别于以前张乐行领导的老捻军，双方经过协商后，为了扩大影响力，打出了太平天国新捻军的旗号，并继续沿用太平天国年号和封号。起初，新捻军的战斗力较弱，没能像太平天国那样建立根据地，面对实力强大的清军依然以腾挪闪躲的运动战为主，在缴获清军的战马后组建起骑兵部队，军事实力逐渐强大起来。
当时负责围剿捻军的清军统帅是咸丰帝表哥、蒙古亲王僧格林沁。此人也是个厉害角色，曾生擒太平天国北伐军主帅李开芳、林凤祥，在天津大沽口痛击过入侵的英法联军，捻军的老盟主张乐行也是死在他的手上。僧格林沁带着他的骑兵东撵西赶，终于在同治四年(1865年)五月份将新捻军逼挤到山东曹州一带。就在清廷朝野上下松了一口气，以为僧格林沁在山东剿灭捻军只是时间问题时，却传来大跌眼镜的消息：僧格林沁在曹州高楼寨战死，所部前锋部队七千余人全部阵亡。而捻军在此战后终于达到鼎盛时期，部队发展到十余万人。
僧格林沁死后，清廷不得不再次打出一张王牌，让刚镇压完太平天国，正在两江善后的湘军大佬曾国藩火速赶赴前线。深谙盛极必衰之道的曾国藩连番托辞退让，不肯北上。但胳膊扭不过大腿，在清廷的连番催促下，不得已奉旨而行。曾国藩对付捻军的手段和对付太平天国如出一辙，依然是以静制动的“结硬寨，打呆仗”。他分别在安徽临淮、河南周口、山东济宁、江苏徐州四处战略要地驻扎重兵，军事指挥大本营设在徐州，以收网形式将捻军往一处驱赶，然后集中兵力聚歼。按理说这种军事战略是正确的，只是曾国藩北上时他的子弟兵“湘军”已大部分被裁撤，对付捻军主要依靠四省的地方部队和李鸿章的淮军。地方部队战斗力极弱，根本无法配合作战，而淮军只听李鸿章的，即使大部分淮军将领表面上对曾国藩很敬重。因此，曾国藩的军事行动奏效甚微，屡次被捻军冲破包围圈扬长而去。
经历过两次鸦片战争和太平天国十四年大起义的清政府神经已脆弱到极点，再也无法容忍曾国藩的师久无功，屡败屡战，同时也看出曾国藩与淮军之间的复杂关系，于是决定让李鸿章亲临一线接过他老师的指挥棒，曾国藩则回两江为李鸿章筹集军饷兼为军事顾问，师徒间的角色瞬间互换。
同治五年(1866年)十月，就在曾国藩交出指挥权的前后，捻军在昔日荣耀之地---击毙僧格林沁的山东曹州分裂为赖文光、任柱领导的东捻军和张宗禹、张五孩(捻军老盟主张乐行之子)领导的西捻军。当时捻军首领们表面上的说法是东捻留在中原一带继续与清廷斗争，西捻则前往西北联络声势浩大的回民起义部队，双方互为犄角。实际上新捻军自形成之日起就埋下一个隐患---多头指挥，没有真正意义上能够全盘决策指挥的领导。捻军中的捻即捏，意思是将分散的力量捏合起来，形成一股势力，而这些势力都是由家族、亲友、老乡为纽带，由其中杰出的或德高望重者领导。赖文光及流亡到北方的太平天国诸王们与捻军间格格不入，最严重的是捻军中最善战的任柱与凭借父荫的张五孩矛盾重重，双方在战场上甚至发生过败不相救的恶劣状况。东捻与西捻自曹州决裂后一支南下湖广，一支前往西北，彼此越走越远，再没有协同作战的机会。西捻虽然比东捻多存活大半年，但声势较小直至无声，东捻则活跃在中原一带，大起大落的走完一生。
李鸿章走马上任后，仍然遵照曾国藩的攻剿方略，但加以改进，针对其辖区闹得正欢的东捻提出了“扼地兜剿”的对策，“困于山深水复之处，然后各省之军合力，三四面围困之”，同时坚壁清野，采取保甲连坐，切断地方百姓与捻军的联系，又在关外大肆买马扩充骑兵部队，加上两江源源不断的提供充足粮饷，勇于任事又爱升官发财的李鸿章准备大干一场，让他失望的是起步并不顺利。
捻军中一直流传着赖文光善谋、任柱善战的说法，因此东捻在这两人的协同领导下由河南信阳进入湖北，沿途一度击败湘、淮军，杀死淮军元老张树珊，湘军大将彭毓橘(死后遭肢解，曾国藩表弟)，生俘淮军名将郭松林(因受伤严重看管不严，后被其亲兵救走)，可谓战无不胜，直至在京山尹隆河碰上淮军第一名将刘铭传。起初，刘铭传因判断失误，以为东捻是惊弓之鸟，起了轻敌之心，后被任柱的骑兵冲垮防线，孤立无援下身着官服闭目等死，结果被湘军名将鲍超救下。鲍超部原本前往西北协助左宗棠，但曾左不和，加上战事吃紧，临时被曾国藩和李鸿章截留，没想到帮了大忙，不仅救了刘铭传(后来刘铭传恩将仇报)，而且所部生力军顺势击垮了捻军。
东捻军在尹隆河之战中先胜后败，战死及溺死万余人，被俘八千多人，士气大受打击，原本由湖北进入富裕的巴蜀战略成空，此后虽有局部小胜但于事无补，逐渐开始走下坡路。当年，鄂豫皖一带闹灾荒严重缺粮，粮饷得不到补给的捻军听说山东粮食丰收，决定前往就食。这样就为李鸿章的策略提供了施展的机会。东捻先后突破运河、胶莱河防线，一直冲到烟台附近。
1867年6月，李鸿章听从刘铭传的建议，布置了三道河防线：胶莱线，运河线以及六塘河防线。将东捻军困在黄河南岸、运河东岸、胶莱河西岸和六塘河北岸的狭窄区域内。八月下旬，东捻军艰难突围至运河防线，遭遇淮军潘鼎新部的顽强抵抗，又加上大雨连绵，河水盛涨，东捻军心大乱。捻军小头目潘贵升被刘铭传部俘虏随即叛变，以三品武官顶戴及两万两白银乘机杀害了任柱。善战的任柱死后，东捻军心彻底涣散，无奈之下赖文光率残部重上山东，结果一败于潍县，再败于寿光，二万将士战死。赖文光率六千人苦战逃出，准备下江苏，在六塘河又遇到鲍超的阻挡，后来虽从陈国瑞部的缺口突破六塘河，但终于大势已去，人少力弱。1868年1月5日，身边只有几百人的赖文光在扬州东北瓦窑铺一带被淮军将领吴毓兰击败俘虏，留下几百字的供词后被就地处死，东捻军至此灭亡。
西捻军进入陕西后也不如意，与当地的起义部队经常发生摩擦，冲突次数要比合作多得多。当听闻东捻军处于不利处境时，西捻军采用“围魏救赵”的方式，一度进逼保定、天津，以威胁清廷京畿来减轻东捻军压力。但是，此举不仅没有奏效，反而给自己带来灭顶之灾。1868年7月，西捻军被淮军围困于鲁西北。8月，淮军收缩包围圈，在天时地利人和皆不济的情形下，西捻军于茌平全线溃败，首领张宗禹跳入徒骇河自杀。至此，活跃五年多的新捻军终于退出历史舞台!
