出身
武藏国多摩郡石田村(现在东京都日野市石田)出生。一般认为他是六兄弟姐妹中最小的。土方家出身为平民。出生前父亲已过世，六岁时母亲亦过世，而由二哥喜六夫妻俩扶养长大。
十一岁时在江户上野的“松坂屋和服店”(现在松坂屋上野店)当学徒，但不久即因和前辈争执而返回日野。十七岁时至江户传马町的和服店工作，亦因为和上司不和而回到日野。之后以其家相传的秘方伤药“石田散药”四处行商，并在此时至各地的剑道道场修业及比试。在日野的佐藤道场, 通过姐夫佐藤彦五郎结识了之后的天然理心流第四代传人岛崎胜太(之后的新选组局长近藤勇)。岁三在安政6年(1859)3月29日、正式成为天然理心流的入门弟子。文久3年2月，岁三随著近藤道馆的师兄弟一起参加了幕府上京都的浪士组召募。
新选组
文久3年(1863年)八月十八日政变后，他与近藤勇所参加的壬生浪士组因功赐名为新选组。近藤勇原本与芹泽鸭、新见锦共同领导，但芹泽与新见二人在京都经常酒醉闹事，甚至勒索，后新见锦切腹、近藤派兵肃正了芹泽和其党羽、自此近藤勇终于得以一伸报国之志，而土方则就任副长，负责京都的治安警护维持。
新选组的权力集中在局长，出谋划策则由副长岁三承担。
元治元年(1864年)6月5日“池田屋事件”时、岁三率队前往长州土佐藩士进出频繁的四国屋进行搜索，却不见可疑人物，旋即前往池田屋支援近藤等人。新选组在池田屋事件之后得到破格的恩赏。
新选组的局中法度，对违法犯纪和无故叛逃的队士相当严格，往往切腹是唯一的惩罚。连总长山南敬助叛逃之举，也被下令切腹。
从组建到衰亡，土方自始自终与新选组一起同生共死。戊辰战争中，近藤被俘后于板桥平尾一里冢被斩首，土方则率领着残部逃亡会津，虽然大部分队士们都是闻名剑客，但却始终不是枪炮的对手。在最后阶段新选组连战连败，土方眼睁睁地看着战友们一个个的离去。1869年的五棱墩之战，奉命驻扎在弁天台场的新选组遭到新政府军围攻，土方岁三单枪匹马前去援救，被一发子弹击中左腹，落马而死。
性格交际
历史上的土方不仅剑术过人，在工于心计方面也是一把好手。在新选组的日子里，他一直担任的是组里的军师角色。八一八事变是新选组在京中所立下的首个战功，当时许多精准有效的谋略即出于他的策划。虽然新选组的局长是近藤勇，然而毫不夸张的，我们可以认为让它壮大起来的灵魂人物还是土方。从某种意义上讲近藤是新选组的领袖，而土方却是实际支配组织的影皇帝。对外为了抗敌，对内则要粘合人心涣散的组织，因此土方也给世人留下了“为达目的不择手段”的印象。例如土方拷问俘虏的一些酷刑，据称当时情况“观者为之侧目，队士亦不敢逼视”。而让一般市民形成“队士们通常看不过眼便拔刀相向，需要金钱的话便胁迫商人出钱的人大有人在。土方岂止是暗杀，还自己率先制造血案。市民们现已将新撰组当成鬼怪似的避开。”的印象，土方显然是最大的原因。
铁腕，也是大家在提到这位传奇人物时第一时间会想到的形容词。从土方遗留下的画像来看，他显然很具有成熟男性的魅力，相貌也相当帅气，甚至有着与满手血腥形象颇为不符的具有风流之名。
武器
土方剑术极高，在组内仅次于冲田，局长近藤勇与其相较之也有所不及。他的佩刀有十一代和泉守兼定、越前康继、堀川国广、下原康重。其中最著名的就属二代和泉守藤原兼定(简称“和泉守兼定”)和堀川国广。
其一“和泉守兼定”，刃长70.6cm，著名刀工第十一代兼定所作。刀铭“和泉守兼定”。里铭“庆応3年2月日”。
注：二代兼定(九字兼定)，刀表铭“和泉守藤原兼定作”与里铭“临兵闘者皆阵烈在前”为另一作品，并非土方岁三所持刀。二代兼定因为刀铭的定字下部分写作“之”字，也被称为“之定”。
其二“堀川国广”，刃长约59cm，刀铭“堀川国广”，著名刀匠九州日向住国广所作。不过由于刀匠国广几乎没有二尺以下的作品，长仅一尺九寸六分的他是否为真品仍存争论。
其绝技有天然理心流中极位目录.五月雨七变化、天然理心流奥义.浮鸟之位、新选组剑技.无想平突刺、向拔击剑、秘剑.月之轮舞、地摺り
其他
佐幕之星--土方岁三，是个善于谋略的剑术家与兵法家，不仅是他的谋略，连他的剑术也是旁人所望尘莫及的。据稗官野史所言，土方岁三曾以「内藤隼人」的变名，陪思想家吉田松阴上过培里的「黑船」，其胆大的个性，在当代也算得上相当少见。
其肩书“我流.免许皆传天然理心流中极位目录 ”(天然理心流三代目宗家.近藤周助认定免许以上实力)。
新选组严苛的「局中法度」，就是由土方岁三所拟定。被喻为「新选组实质支配者」的土方岁三，他的一生颇富传奇性。在所有的幕末英杰之中，风流倜傥、五尺五寸?八寸(168cm?176cm)，是公认除了英俊潇洒的伊庭八郎之外，无人能及的美男子。
岁三的骁勇善战，在京都之际，还不是那么引人注目。但是，自从近藤勇流山被诱捕之后，土方岁三对明治政府军所造成的伤害，远超过官军所能承受。然而，独木难支大局。其它庸将一再地对岁三诸多掣肘，连战连胜的岁三即使在局地战区所获得的惊人战果，这些筹码都会被拥有主导权的凡将一口气输干净。连战连胜却必须因他人的失败而撤退的土方岁三，心中之无奈可想而知!
不得已转进到会津的岁三，本图继续在松平容保的身边担任护卫，但当西军开始攻向会津的时候，松平容保却不准岁三参战，反而下令他护送幕臣北走，想必是为了在忠心的近藤勇被维新派杀害之后，不愿再让这位爱将牺性，才决定跟岁三永世诀别吧! 岁三一行到达箱馆之后，建立了虾夷共和国，然而，建国没多久，马上就因为税收的问题而起了嫌隙。岁三认为：不论胜负如何，绝不该再给市民带来困扰。若再扰民不堪，不啻和「挟维新之名，行利己之实」的明治官僚一样卑劣!而在受到主公被软禁而战友又相继去世的打击，以土方岁三的矜持而言，他宁可光荣战死也不愿和明治官僚媾和!后来明治新政府大举来袭，岁三二话不说，开始痛击官军。
从宫古湾回天奇袭开始，虽然功败垂成，也打到新政府军兵上下心惊胆寒;后又施展其国士无双的兵法，率领着仅有单发步枪，为数不到二百人的小部队，在台场山肆意玩弄着拥有最新式连发步枪与数十门大炮，总数高达五千人的新政府大军于股掌之间!此次的战役，更是震惊国内外，连法国皇帝都迫切希望土方岁三愿意亡命法国，好担任法军的师团长。此举当然被土方所婉拒!然而指挥系统的混乱，再加上共和国上层已经有意和谈，岁三已不愿苟活!
明治二年五月十一日，土方岁三为了救援被官军层层包围的新选组老部属，带领着不到五十人的自愿敢死队，果敢的和官军驳火，在左右皆亡的状况下，岁三单枪匹马果敢地突入敌阵，被流弹击中而阵亡。
(然而，平成十二年之后，多数的有力资料显示，流弹竟是从背后袭来!这项传闻不禁更令人痛心于岁三的不幸……)【关于斜体字部分另一注释：关于土方先生的死，在国内我能找到的资料里面，只有日文的“宇都宫之战”中略提过于此类似的说法，但，并未给出出处，我看过一段视频，最后有讲土方先生在一本木关门的战斗情况，虽然视频中仍然说是被官军击中，但如果这就真的是历史中的真实战况，那么，土方先生被自己人击毙的可能性很高，只是，呵呵，总不希望土方先生是这样死掉的，现实很残酷，不忍面对啊~~~而且，当时到底是什么情况，是自杀性冲杀还是视频中所讲那样，现在谁也说不清，视频地址：转动历史的时刻系列：新选组後续 土方岁三战死箱馆感兴趣的话，强烈推荐去看看】
土方岁三的遗作是首和歌： 「孤臣身殉虾夷岛，忠魂永卫东方君 」
「东之君」，中文译者多误认为松平容保、然而，实际上岁三所托喻是德川庆喜。在动荡的幕末，食古不化的德川庆喜、以及饱受奸人陷害的松平容保，能有近藤勇、土方岁三这一班爱将如此效忠，君与臣之间的信任与情义，实为难能可贵!而当代忠勇无双、智谋过人的土方岁三，其流风遗迹，即使时至今日，海内外犹然传诵不已!
岁三的衣冠冢被悄悄安葬于箱馆市内的纳凉寺。至于函馆市(净土宗)称名寺中，鸿池屋的手代友次郎也为岁三偷偷地立了一座碑。虽然，碑文上面署名为友次郎所立;实际上，立碑的资金却是箱馆市的商人和居民们所暗中纳献。全箱馆市上上下下无不感念土方岁三的恩德。在虾夷共和国时代，大鸟圭介主张以「战争献金」为名，向全箱馆市市民变相收取负担相当巨大的「保护费」。然而，岁三却以「杯水车薪」为理由，严词反对。
「这么做，和穷兵黩武的明治政府作法还有什么不同!即使军政府未必能再支持下去，也不能巧立名目讹诈市民!我们绝不能让如此的污名长留青史，受人唾骂 !」岁三如是说。而这「战争献金」的加税计划，也在岁三强烈的正义感之下宣告流产。
为此，箱馆市民得以不因战争而流离失所，自然偷偷立碑以记念岁三。岁三俗名「土方(岁三)义直」，因此岁三老家替他立下的墓碑之上，便取名字中的其中一个字以为戒名，是为「广长院释义操」。不过，箱馆市民为岁三所供奉的碑文上，戒名却是「岁进院殿诚山义丰大居士」，因为当年的箱馆市民都误以为他们最敬爱的土方岁三的俗名是「土方(岁三)义丰」。
当然，反抗萨长军阀最力的旧会津藩士中，供奉岁三牌位的更是不在少数。会津方面，最有名的戒名，自然就是「有统院殿铁心日现居士」。
