尚书台(省)的组织由简到繁﹐历代均有变化。
秦汉
秦及汉初﹐尚书是少府的属官﹐是在皇帝身边任事的小臣﹐与尚冠﹑尚衣﹑尚食﹑尚浴﹑尚席合称六尚﹐因其在殿中主管收发(或启发)文书并保管图籍﹐故称尚书。
汉武帝刘彻时﹐进一步强化君权﹐政事不专任二府(丞相府﹑御史大夫府)﹐尚书因主管文书﹐省阅奏章﹐传达皇帝的命令﹐地位逐渐重要。武帝游宴后庭﹐为便于出入宫禁﹐用宦者主管尚书事务﹐称为中尚书令﹐简称中书令﹐又兼谒者之职﹐因称中书谒者令。但在宦官为中书时﹐也有士人任尚书之职﹐如张安世曾于武帝时任尚书令﹐五鹿充宗于元帝时任尚书令。元帝时﹐宦官弘恭﹑石显先后为中书令﹐“权倾内外”。由宦官典尚书的制度﹐受到大臣激烈反对。到成帝建始四年(公元前29年)﹐终于专用士人。由于尚书在西汉已成为政府机要部门﹐所以凡是掌握实权的大臣都领尚书事﹐如霍光以大将军领尚书﹐王凤以大司马领尚书。
汉光武帝刘秀鉴于西汉晚期的权臣专政﹐有意削弱相权﹐太尉﹑司徒﹑司空居三公高位﹐名为宰相﹐而实际权力则逐渐移于尚书。当时﹐尚书机构称台﹐有令﹑仆射各一人﹐尚书六人﹐分主六曹(或说为五曹六尚书﹐其中三公曹置尚书二人)。令﹑仆射之下有左﹑右丞各一人﹐“掌录文书”﹐并检查各项事务是否按时完成。尚书之下有侍郎三十六人﹐分属六曹﹐主起草文书﹔又有令史十八人(每曹三人)﹐主抄誊文书。此时尚书台已成为组织复杂的机构﹐成为政府的中枢﹐号称中台。所以章帝时韦彪说:“天下枢要﹐在于尚书。”但是在东汉﹐尚书台仍然算是少府的下属机构。尚书令﹑仆射﹑尚书等官的禄秩都较低﹐令秩千石﹑仆射﹑尚书秩均六百石。
魏晋
三国时﹐尚书台已正式脱离少府﹐成为全国政务的总汇。令﹑仆射﹑尚书品秩已经很高﹐并为第三品﹐与九卿同级。汉献帝时﹐曹操执政﹐荀彧为尚书令﹐曹操征伐在外﹐荀彧常居中持重﹐可见此官地位之重要。但正是因为它威权的升高﹐引起最高统治者的疑忌﹐所以最高统治者又开始剥夺它的权力。
曹操为魏王时﹐置秘书令﹐典尚书奏事。其子曹丕(魏文帝)代汉称帝后﹐改秘书令为中书令﹐又置中书监﹐并掌机密﹐下统中书郎若干人﹐组成中书省。魏明帝时﹐中书监﹑令号为专任。于是在尚书台之外复有中书省﹐而原来作为皇帝侍从的侍中也逐渐成为参预机密的要职﹐尚书台不再有独占机枢的地位。虽然如此﹐由于全国政务首先集中到尚书台﹐因此它作为全国行政总汇机构的趋势仍在继续发展﹐执政重臣也要加上录尚书事的头衔﹐才能过问机密。
孙吴略仿曹魏﹐也是尚书﹑中书并置。蜀汉则沿袭东汉﹐尚书之权甚重。
西晋沿袭曹魏﹐以尚书台总揽政务﹐而别置中书﹑门下二省以分其权。然尚书令﹑仆射仍是全国行政部门的首脑﹐称为端右﹑端副﹐地位在中书监﹑令和侍中之上﹐重臣当国仍必加录尚书事。
东晋以后﹐录尚书之权渐分﹐有时以三四人并录尚书事。
十六国
西晋灭亡后，在北方建立的十六国，除前凉、西凉遥奉江南正朔，不立尚书外 ，其余政权均有尚书令、仆射、尚书等官职。
南北朝
宋孝武帝孝建中﹐为防大臣威权过盛﹐遂省去录尚书之职﹐以后置废不常。又自魏晋以后﹐士族崇尚清谈﹐不屑过问琐碎的日常事务。西晋王衍自尚书仆射迁尚书令﹐身居宰辅﹐不以经国为念。梁朝谢 为司徒﹑尚书令﹐惮烦﹐职事多不览。又自东晋以后﹐高门子弟都以出身作尚书郎为耻辱。高门既不屑就﹐就者也多不办事。故自东晋以后﹐令﹑仆射及郎中多不奏事﹐当官成为挂名﹐于是﹐尚书台的日常事务多交给令史去处理。这样﹐令史就渐揽事权﹐尚书省内部有权力下移的趋势。由于令史实际作用的增大﹐梁武帝曾拟提高都令史人选﹐不用寒人而改用士族。但士族尚不乐为台郎﹐何况令史﹐所以此法不能推行。加之﹐南朝时中书舍人专任机密﹐尚书省的实际地位更为下降。
北魏出自鲜卑族﹐本身有部落大人会议决事的制度﹐及魏道武帝拓跋珪破后燕﹐皇始元年(396)始仿魏晋立尚书台﹐置三十六曹。但北魏前期的尚书台是鲜卑旧制与中原制度的糅合﹐与江南制度迥然不同。北魏尚书制度的正式建立﹐实际在太和改制以后。太和十五年(491)魏孝文帝元宏改定官制﹐十七年﹐颁布第一个职员令﹐太和二十三年又颁布第二个职员令﹐尚书省及其它官职都依照魏晋制度﹐主要也是以尚书省总领庶政﹐而中书﹑门下二省分掌机权﹐门下之权尤重(见门下省)。
东魏﹑北齐承袭北魏﹐而尚书之权较重。这是因为北齐文襄帝高澄﹑齐文宣帝高洋都曾在东魏朝担任过尚书令。北齐除在首都邺城置尚书省外﹐在晋阳也置尚书省﹐同样具有中央行政机构职权﹐这是因为晋阳是北齐下都﹐皇帝经常前往并在那里发号施令。
西魏时﹐朝廷尚书省的组织情况不详。宇文泰以大行台执政。大行台的组织略同于尚书省﹐有仆射﹑尚书﹑丞﹑郎等职。周惠达﹑苏绰﹑卢辨都曾为行台尚书。到西魏末才实施摹仿《周官》的六官制﹐废除了尚书省。北周承之。
隋唐
隋文帝杨坚代周称帝﹐于开皇元年(581)恢复了尚书省﹐并使之成为名副其实的全国最高行政机构。隋代不置录尚书事﹐尚书令虽设而常缺﹐尚书左仆射便是首相﹐高颎任此职达十九年﹐综理全国政务。他虽兼任纳言(即侍中)﹐而权力主要来自左仆射之职。高颎之后﹐杨素亦为此职。大业元年(605)﹐杨素升任尚书令。杨素死后﹐隋炀帝杨广不补尚书令﹐大业三年后﹐左右仆射也不补任了。
唐沿隋制﹐也是三省(尚书﹑门下﹑中书)并置﹐而尚书省事无不总﹐是全国行政的总汇机构。尚书令仍是虽设而虚其位﹐仅李世民为秦王时曾一度担任。唐中叶后﹐唐德宗李适为雍王时再兼此职。故唐以仆射为省主﹐若置左﹑右仆射﹐便以左仆射为省主。仆射之下设左右丞﹐协助仆射分理省内事务。尚书省设六部二十四司﹐部有尚书﹐侍郎为之副﹔司有郎中﹐员外郎为之副。吏部综铨选之任﹐户部(初名度支﹐隋代称民部﹐唐代因避唐太宗李世民名讳﹐改为户部)负财政之责﹐礼部掌礼仪及贡举﹐兵部主兵籍﹑器仗﹐刑部(初名都官)理刑狱辞讼﹐工部知工程建设。全国政务﹐各归所司。九寺三监(见卿监﹐则成为具体办事的职能机构﹐贯彻尚书诸司所传达之政令。地方州﹑县亦禀承尚书符令施政﹐并定期向尚书诸司申报户口﹑籍帐及政绩。故尚书省仍是国家政事总枢纽﹐是最高行政机构。
唐初﹐左﹑右仆射及中书令﹑侍中并为真宰相﹐左仆射居首﹐地位极为尊崇。太宗贞观年间﹐房玄龄为左仆射近二十年﹐成为唐朝著名宰相。但是就在唐朝前期﹐尚书省的地位已在下降。首先﹐是仆射相权的削弱和被剥夺。唐朝在门下省设政事堂﹐为宰相议政之处。参加议政者原为三省长官(即左右仆射﹑中书令﹑侍中)。但皇帝又以敕令指定其它官员参加议政﹐称为参加机务﹑参议朝政等。其官品位较低者则加以同中书门下三品或同中书门下平章事等头衔﹐亦为宰相。贞观二十三年(649)﹐李绩拜尚书左仆射﹐亦加同中书门下三品称号﹐于是左仆射为当然宰相的地位发生了动摇。其后﹐凡官仆射者必须加此称号﹐才能参加议政﹐才是真宰相。左右仆射逐渐被排除于宰相之外﹐到唐玄宗时就少有仆射参加议政的事例。
尚书省因其长官被排除于决策机关之外而成为单纯的执行机构了。其次是尚书省各部诸司的职权逐渐为新发展起来的各种使职所夺。这种使职由皇帝以敕令任命﹐专管某一具体职事﹐属于差遣性质。唐玄宗时是各种使职迅速发展的时期﹐如在财政制度方面就有劝农使﹑度支使﹑营田使等的设置。这些专一性的使职﹐直接禀承皇帝的敕令﹐指挥其下属机构﹐很少通过尚书省。安史之乱以后﹐由于军事上的急需﹐使职增设更多﹐权力更大﹔加以宦官专政﹐藩镇跋扈﹐尚书省的职权更加削弱。于是尚书诸司成为闲曹﹐“兵部无戎帐﹐户部无版图﹐虞﹑水不管山川﹐金﹑仓不司钱谷”﹐“官曹虚设﹐俸禄枉请”﹐“一饭而归﹐竟日无事”。
宋、辽
北宋初，形式上还保留尚书省的组织系统，但权力既不归属，郎官又不治事，权借此以寄禄秩，别无差遣，尚书省的制度名存实亡。
辽代尚书省与宋制略同。
金、元
金代尚书省置尚书令一员，正一品，左丞相、右丞相各一员，从一品，平章政事二员，从一品，为宰相。左丞、右丞各一员，正二品。参知政事二员，从二品。为执政官，为宰相之贰，佐治省事。
左司，郎中一员，正五品。员外郎一员，正六品。掌本司奏事，总察吏、户、礼三部受事付事，兼带修起居注官，回避其间记述之事。每月朔朝，则先集是月秩满者为簿，名曰阙本，及行止簿、贴黄簿、并官制同进呈，御览毕则受而藏之。每有除拜，凡尚书省所不敢拟注者，则一阙具二三人以听制授焉。都事二员，正七品。掌本司受事付事，检勾稽失、省署文牍，兼知省内宿直，检校架阁等事。右司所掌同。右司，郎中一员，正五品。员外郎一员，正六品。掌本司奏事，总察兵、刑、工三部受事付事，兼带修注官，回避其间记述之事。都事二员，正七品。
尚书省祗候郎君管勾官，从七品。掌祗候郎君，谨其出入及差遣之事。架阁库，管勾一员，正八品。同管勾一员，从八品。总掌察左右司大程官追付文牍，并提控小都监给受纸笔，余管勾同。提点岁赐所，左右司郎中，员外郎兼之，掌提点岁赐出入钱币之事。堂食公使酒库。使一员，从八品。掌受给岁赐钱，总领库事。副一员，正九品。掌贰使事。直省局。局长，从八品。掌都堂之礼及官员参谢之仪。副局长，正九品，掌贰局长。管勾尚书省乐工，从九品。
元代尚书省时置时废。设官略同金制。
明、清
明清六部均直接对君主负责，不设尚书省。
