少年登位
阿克巴的父亲胡马雍，从父亲巴布尔那里继承了一个庞大的、极不稳固的军事帝国。巴布尔死后，帝国分裂。1540年，胡马雍被比哈尔的阿富汗人打败，向西撤退。1542年10月15日(一说11月23日)，途经阿马尔科特(在今印度拉贾斯坦境内)时，阿克巴出生。其貌不扬，身高仅五英呎七英寸，长臂弯腿、细腰阔肩，天庭保满，头向右侧，走起路来，略有跛行。
当时胡马雍已被放逐，阿克巴寄养在喀布尔的叔父家里。阿克巴幼时未受到良好的教育，但他却锻练了一副强壮的体格。1555年，胡马雍夺回失去的德里王位。宣布阿克巴为合法继承人，并指派他为旁遮普总督，以大臣拜拉姆汗等人作他的保护人。1556年1月，胡马雍死，德里被阿富汗人喜穆夺去。2月14日，在拜拉姆汗等人的帮助，在卡拉瑙尔的一个花园内举行阿克巴登基典礼。13岁的阿克巴遂成为印度皇帝。然而，这个皇帝只是名义上的，大权掌握在保护人手中。而且北印度大部分地区还在阿富汗人的苏尔王朝统治之下。
1556年，阿克巴和拜拉姆汗向德里进军，企图消灭喜穆军队。当时双方力量对比悬殊：喜穆有骑兵5万人，战象1000头，大炮51门;莫卧儿军仅有骑兵1万人。但莫卧儿军却有一支由优秀弓箭手组成的射骑队。
1556年11月5日，两军在德里北90公里处的帕尼帕特发生激战。30年前阿克巴的祖父巴布尔曾在此大败阿富汗人，因而这次战役被称为第二次帕尼帕特战役。战斗开始时，莫卧儿军因受喜穆的战象猛力冲击，显得有点慌乱，但莫卧儿军的“侧翼进攻”的方法很快发生了效力。射骑队也发挥了极大的作用。战斗结果，喜穆军死伤惨重，喜穆本人也中箭被俘。据说，当喜穆被带到阿克巴面前时，拜拉姆汗请求将他杀死，阿克巴不同意。于是拜拉姆汗抽出自己的宝剑，砍下了喜穆的头。第二次帕尼帕特战役的胜利，使莫卧儿军威大振。
阿克巴攻占了德里。不过，这时莫卧儿人的势力还仅限于德里和阿格拉两座城市以及奥德一部分地区。阿克巴的保护人拜拉姆汗，曾为阿克巴立下汗马功劳。但他专权骄横，残酷迫害非伊斯兰廷臣，受到群臣反对。逐渐成长起来的阿克巴也越来越不愿受到他的束缚。
1560年3月，阿克巴采取果断措施，宣布解除拜拉姆汗的宰相职务，迫其朝圣麦加，亲自掌握大权。1561年亲政。然而，他毕竟十分年轻，还不得不任用一批旧伊斯兰贵族和印度教徒官吏管理行政和军事。由于这批人之间矛盾很大，因此在罢黜拜拉姆汗之后的几年里，宫廷斗争十分激烈。阿克巴巧妙地处理了贵族之间的争斗，逐步发展自己的势力。1562年，他开始亲自处理行政、军事大事，确立了他作为一个专制君主的统治地位。
征战四方
阿克巴巩固了自己的统治地位以后，便开始对周围地区进行大规模征略。他有一句名言：“一个帝王应该专心于征略，否则，他的邻国就会起兵打他。”这句话一直是后代莫卧儿王朝对外政策的指导思想。当时，阿克巴面临的主要敌人是印度西部拉贾斯坦境内的拉杰普特人。他用怀柔和军事征服的两手政策对付他们。阿克巴对愿臣服于他的拉其普特人采取较开明的政策，如免除他们的人头税、尊重印度教庙宇、废除拉其普特人把新娘送入莫卧儿后宫的陋习。这种政策争取了很大一部分拉其普特人。
1562年，阿姆培尔(今印度斋普尔)地方的拉其普特王公比哈里·乌尔不战而降，他和他的两个儿子受到阿克巴的重用，阿克巴还娶了他的女儿，借以维持同拉其普特人的友好关系。很多拉其普特酋长归顺阿克巴，当上莫卧儿帝国的“曼达尔沙”(军事首领)。帝国骑兵中有三分之一是拉其普特人。开明的政策使剽悍的敌人变成了帝国最忠诚的战士。然而，也有一部分拉其普特人顽强抵抗。
1564年征服了加拉·卡坦加王国。但是顽强不屈的拉其普特人的反抗并未终止。
1567年10月，阿克巴攻打这些拉其普特人的要塞——齐图。这次围攻持续了4个月。阿克巴在这次战役中表现出高度的指挥才能，他围绕齐图城挖一条很深的壕沟，以掩蔽士兵;命士兵每人手持可转动盾牌，以挡敌人刀箭;他在城外筑一座很高的建筑物，以俯瞰全城，指挥战斗。最后，莫卧儿军用炮火猛轰城堡，阿克巴射死守将查马尔，攻陷齐图。守城的拉其普特士兵全部战死。阿克巴为这种顽强的抵抗所激怒，进城大规模屠杀非战斗人员。1570年阿克巴又攻占另外两个拉其普特要塞，从此基本上解除了拉其普特人的威胁。1572年，西部古吉拉特王国发生内乱，总督伊马德汗请求阿克巴出兵。1573年古吉拉特归莫儿尔管辖。但不久这里发生叛乱，远在千里之外的阿克巴率3000骑兵回师平叛，一举打垮数万叛军。1575年，孟加拉王公宣布脱离莫卧儿独立，阿克巴赶往孟加拉平定了叛乱。同年，收复比哈尔。但不久，驻扎在这里的军队哗变，阿克巴用了三年时间才镇压下去。1592年，阿克巴征服逃到奥利萨的阿富汗人残部。此时，阿克巴不仅恢复了巴布尔时代帝国的疆界，还把统治扩张到西部印度。
1585—1587年，阿克巴兼并克什米尔。1587年，西北地区阿富汗人骚扰喀布尔，阿克巴派军队攻打他们，结果全军覆没。阿克巴又另派了一支部队，才消灭了他们。1591年，阿克巴借口平息内部纠纷，侵入信德南部。1594年从波斯人手中夺回坎大哈，大大巩固了印度斯坦西北部的统治。阿克巴去世时，莫卧儿帝国东起布拉马普特拉河，南至戈达瓦里河，西至喀布尔，北抵克什米尔，成为一个庞大的帝国。
内政改革
1582—1585年，帝国内部相对稳定，阿克巴集中力量从事国内政治、经济、文化方面的改革。他尽可能将穆斯林大贵族的采邑(贾吉尔)收归国有，改付他们以薪金。德里苏丹时期，普遍实行包税制度，阿克巴予以废除。1582年，阿克巴任命托达尔·马尔为财政大臣，委托他进行改革税制。首先，政府确定统一的度量衡制，然后开始对全国土地进行丈量，按照肥沃程度将土地分为四等，并规定每一等级土地的税收标准。税收总额有所减少，但由于开支也相应减少，政府净收入能保持不变。这些措施，不同程度地减轻了农民的负担，促进了经济的发展。帝国的首都阿格拉成为当时世界上人口最多、最繁华的城市之一。
阿克巴改革了其前辈的政治制度，建立了完备的专制主义中央集权制。君主有至高无上的权力，下设四个大臣，分管财政、军事、工商业、宗教司法。全部政府官员都授予军阶，按军事方式编制起来。军阶根据指挥人数分33级。最高级指挥13，000人，最低级指挥10人。每个军官至少在原则上是由皇帝任命的，兵士由官吏自己募集、给养。全国划分为15个省，各省省长由中央任命。阿克巴以分权、缩短省长任期以及经常调动等手段，控制各省，并通过公开或秘密的情报员，了解下情，监督各级官吏。
宗教融合
阿克巴虽是一个正统的伊斯兰教徒，但在宗教问题上却不抱成见。1565年废除对非伊斯兰教徒征收的人头税。政府中也任用很多印度教徒。1576年，阿克巴采纳大臣法齐尔建议，在法特普尔·西克里修建一座礼拜堂(意为信仰之殿)，挑选各种宗教思想的代表在这里举行宗教辩论，阿克巴还亲自主持过辩论会。1579年9月，阿克巴宣布自己为“苏坦尼·阿迪尔”(意为正义之王)，是伊斯兰法律的最高解释者。这使他具有了解决伊斯兰教一切问题的最高权力。1580年他招请基督教牧师布道。这些做法引起正统的穆斯林贵族的不满，成为1580年孟加拉、比哈尔穆斯林贵族叛乱的主要原因。阿克巴坚决地镇压了叛乱，继续推行宽容的宗教政策。
为了统一各宗教，特别是印度教和伊斯兰教之间的矛盾，1582年，阿克巴创立一种叫“丁-伊-伊拉黑”的宗教(意为‘’神圣宗教‘’)。主要教义是：一神论，阿克巴为最高僧侣;不食肉，对一切人行“善”;崇拜太阳等。它揉合了伊斯兰教、印度教、基督教和拜火教一些内容。然而这不是一种群众性宗教，教徒是精心挑选的，据说包括阿克巴在内仅18名。宽容的宗教政策使阿克巴政权得到大多数印度教徒的支持，并促进了印度各种文化的融合。他还注意到革除印度教社会陋习，下令允许寡妇改嫁、废除“萨提”(寡妇殉葬)制度。这些都具有进步意义。
王子叛乱
晚年，阿克巴继续向德干地区扩张势力。1591年派四个使臣出使坎德什、阿德纳伽尔等几个德干苏丹王国。坎德什王公慑于莫卧儿力量而投降。阿马德纳伽尔等则顽强抵抗。1595年，阿克巴派次子穆拉德围攻阿马德纳伽尔，未能攻下该城。1599年，阿克巴向德干进军，阿马德纳伽尔守军杀了苏丹王，献城乞降。接着，又包围坎德什王公继承者防守的阿西尔伽尔城堡，1601年攻陷该城。这时，他留在北方的儿子萨利姆，在伊斯兰贵族唆使下，趁阿克巴南征之际，在阿拉哈巴德组织一个新朝廷，并以皇帝的名义发布诏谕。阿克巴急忙赶回印度斯坦。回来后，在阿格拉修建凯旋门，以纪念征服德干的胜利。1603年，阿克巴与萨利姆和解，萨利姆受封在比哈尔·奥利萨地方，但在那里仍继续闹独立。阿克巴决定废除萨利姆的王位继承人的权利。1604年，阿克巴生病，宫廷内围绕继承人问题斗争激烈。由于大多数贵族支持萨利姆继承王位，阿克巴不得不让步。1605年10月17日，阿克巴卒于阿格拉。萨利姆王子即位，称贾汗吉尔。
