当年七月，姚兴一面命人堵劫乞伏乾归救援苻登的军队，一面亲自率军攻打马毛山。在那里，姚兴一鼓作气击溃苻登，把他擒获后杀死。为了根绝隐患，姚兴解散苻登的部众，安排他们重新进行农业生产。姚兴还把三万户民户从阴密迁到长安，以充实由于氐人、鲜卑慕容人外徙而显得人力不足的京畿地区。他将自己直接管辖的大营一分为四，由四军分别统领这些民户。
回师长安不久，姚兴又消灭了盘踞在武功(今陕西旧武功)的割据势力窦冲。经过这些努力，后秦终于控制了陇东地区。
文治武功
皇初三年(396年)，姚兴先后占取成纪、上邽(两地皆在甘肃天水市西)，势力达到天水郡。姚兴委任有将帅之才的其叔姚硕德为秦州牧、领护东羌校尉，镇守上邦，为全面夺取陇西作准备。
同年年底，姚兴派叔父姚绪东渡黄河，攻占了原属西燕的河东地区。两年前，西燕被后燕慕容垂灭亡，河东地区遂为西燕大将柳恭控制。柳恭阻河自固，姚绪几次攻打都未能得手。直到借助汾阴大族薛氏的帮助，姚绪才在龙门偷渡成功。后秦大军一举拿下蒲陂，柳恭被迫而降。姚兴把河东划归并、冀二州，以姚绪为二州牧，镇守蒲陂。
第二年九月，姚兴之弟姚崇攻击鲜卑薛勃部，把后秦的疆域向北扩展到上郡(今陕西榆林南鱼河堡)一带。
后秦弘始元年(东晋隆安三年，399)，姚兴开始蚕食东晋领土。当时坐在东晋国君宝座上的安帝是个白痴，朝廷大权由昏庸荒唐的司马道子、司马元显父子把持，政治异常腐败。几个强大的方镇觊觎中央的权力，多次举兵内向，兵车屡动，战乱频仍，社会动荡不安。姚兴乘东晋衰乱，一再发兵东进，先是逼迫东晋的弘农(今河南灵宝县北)太守、华山(今陕西华县)太守以地归附，进一步占据上洛(今陕西商县)。在扫清一些障碍之后，姚兴命其弟姚崇、镇东将军杨佛嵩攻取古都洛阳。后秦的军队在金塘城下遭到东晋河南太守夏侯宗之的顽强抵抗，未能取得战果。金墉在洛阳的西北角，城小而固，是攻战戍守、保卫洛阳的要地。姚崇久攻不下，转而向东扫平柏谷(今河南偃师东南)，并将周围一带的百姓二万余户尽数迁到关中。之后，后秦再度命姚崇和杨佛嵩率军围攻洛阳。这时，东晋新任的河南太守辛恭靖一面婴城固守，一面派人向雍州刺史杨佺期求救。杨佺期请求初入中原兵力正强的北魏政府出兵解围。在极端困难的条件下，辛恭靖坚守百余天。然而北魏的救兵始终没有出现。两个月后，洛阳城被后秦攻破。洛阳城破，影响很大，淮河、汉水以北的许多地方势力都归附了姚兴。
在动乱的十六国时期，姚兴是一位有作为的少数民族君主。在前期，他留心政事，比较好地处理了统治集团内部的关系。军事上，姚兴信任和使用两位能征善战的叔叔姚绪和姚硕德;政治上，他依靠的是足智多谋的尹纬。他能够倾听臣下的意见，注意提拔一些有才能的人担任重要官职。攻占洛阳后，姚兴命令百官为朝廷荐举有真才实学的人。有的臣下曾抱怨世间人才太少，姚兴反驳说：“自古以来，有作为的帝王使用人才，既不能找先贤，也不能等后人，他们随时选拔人才都能取得成功。你自己没有识人之明，怎么能说天下没有人才呢?”兵部郎边熙认为军令烦苛，姚兴根据他的建议删削了过滥过重的部分。城门校尉王满聪不满意姚兴出游晚归，以天黑不辨奸良，不开城门。姚兴只好从别门而入。第二天，为了嘉奖王满聪尽忠职守，姚兴特意提升了他的官职。
为澄清吏治，姚兴采取严厉措施打击贪官污吏。对于比较清廉的臣属，他不仅给予物质上的奖励，还下书表彰，越级提拔他们的职务。后秦在长安办有律学，学员都是地方郡县的闲散官吏。经过一段时间的法律学习之后，学有成绩的人被派回原地负责司法。姚兴规定，凡州郡县地方政府不易判定的案例，一律报请中央政府裁决。他本人经常在咨议堂，旁听判决，尽量避免冤狱的发生。
姚兴还曾发布命令，要求各地政府释放因灾荒贫困而自卖为奴的百姓;禁止百姓制造锦绣和过多地进行宗教祭祀;安葬阵亡的将士和抚恤他们的家属等等。此外，他本人以身作则，厉行节俭，从不用金银装饰的车马器物。在姚兴的带动之下，后秦上下崇尚清素，达官贵人也不敢肆意奢侈浪费。这些措施，对于阶级矛盾的缓和和关陇地区经济的恢复与发展，无疑是有益的。
姚兴继承姚苌的政策，大力提倡儒学，兴办学校。当时，许多著名的学者如天水姜龛、东平淳于岐、冯翊郭高等云集长安，讲学授徒，各有弟子门生数百人，远道而来的求学者竟达上万人。洛阳城内的凉州硕儒胡辨，弟子千余人，关中不少青年人慕名前去就学。姚兴特别指示各地关卡，对来往的儒生，一律放行，不许刁难。姚兴素以精通典籍声闻遐迩，政务之暇，经常在内宫召见学者，和他们一起讲论道艺，错综名理。其中一些善于为文的人，被姚兴安排在身边，参管机密，起草诏书。姚兴提倡儒学意在维护统治，但在客观上为保存和发扬汉族传统文化做出了贡献。
姚兴比较注意军纪。史书上讲，他的军队“军令齐整，秋毫无犯，祭先贤，礼儒哲”。由于能够作到“军无私掠”，后秦的军队，最初的名声还是比较好的。
后秦的西邻是一个乞伏鲜卑人建立的国家。它的国号也叫作秦，史称西秦。乞伏鲜卑人原居漠北，西晋时期开始迁徙到陇西。淝水战后，其部落酋长乞伏国仁招集诸部，拥兵自立，有众十余万人，逐渐割据陇西。乞伏国仁曾依附于苻登，受封为苑川王。乞伏国仁死后，其弟乞伏乾归改称河南王，建都金城(今甘肃兰州市西北)。苻登败死后，乞伏乾归击杀仇池王杨定，尽有陇西、巴西之地。后来，乞伏乾归连续战胜后凉和吐谷浑，获取大量的人口和土地。
乞伏乾归本来就是后秦统一关陇、进军河西的障碍。西秦国力日强，特别是弘始二年(400年)乞伏乾归把首都从金城东移至苑川(今甘肃榆中县大营川地区)，更使姚兴感到不安。这年五月，姚兴命令姚硕德将兵五万，由南安峡进击西秦。乞伏乾归亲自从苑川赶到前线，两军在陇西城(今甘肃陇西南)下形成对峙。由于深入敌境，人地生疏，樵道又被切断，后秦军队逐渐陷入困境。姚兴得到报告，立即封锁消息，远程跋涉，亲自增援姚硕德。
乞伏乾归采取诱敌深入的办法，准备一举歼灭后秦主力。他预先将精锐的中军两万人埋伏在伯阳川，并在侯辰谷安排四万人的外军作为后继。然后，他带领几千骑兵迎候姚兴，以引诱敌人进入包围圈。但是，交战时恰遇灾害性天气，大风昏雾，遮天蔽日，乞伏乾归迷失道路，与中军断绝联系，误入外军阵地。作战计划不能照常执行，西秦军队措手不及，被姚兴打败。乞伏乾归丢弃大军，轻骑遁回苑川。失去主帅的西秦军队三万六千人皆放弃武器，投降后秦。后乞伏乾归一度依附南凉，经过辗转反复，最终还是归属了姚兴。
征服陇西之后，姚兴的兵马越过黄河继续西进，先后消灭后凉，逼降南凉、北凉和西凉，占据西方重镇姑臧(今甘肃武威)。这样，后秦的疆域“南至汉川，东逾汝颍，西控西河，北守上郡”(《读史方舆纪要》)，成为十六国后期国力仅次于后燕的强盛王朝。
与魏战
就在后秦势力顺利到达河西的时候，它的北部和东部地区却遭到了北魏军队的攻击。北魏是拓跋鲜卑人建立的国家。拓跋鲜卑人原起大兴安岭，后不断南下。淝水战后，386年其部落酋长拓跋珪纠合部众复建代国，同年改号为魏。在打败和消灭周围的一些部落后，拓跋珪基本上控制了代北地区。皇初三年(396)十月，拓跋珪进击中原，战胜了强大的后燕。两年后，拓跋珪定都平城，称帝改元，并正式定国号为魏，史称北魏。北魏和后秦互相接壤，都有吞并对方的欲望。早在后秦建初七年(392年)，姚苌因收纳反叛拓跋鲜卑的没弈干部落，而与魏结怨。姚兴即位后，又重用逃亡到没弈干处的赫连勃勃，更激怒了拓跋珪。弘始四年十二月(公元402年1月)，北魏以五万大军攻陷高平，没弈干与赫连勃勃南逃上邽(今甘肃天水)。魏军将高平的府库积蓄及所有牲畜洗劫一空，并将这里的百姓也尽数徙到平城(今山西大同)。同时，北魏的平阳太守又发兵侵入河东，从东部威胁后秦。还有一支北魏军队打败了西秦的附庸国黜弗、素古延等部。数路魏军一齐攻击，兵锋所及，一片废墟。后秦举国震动，长安城内人心惶惶，关中地区的很多城堡白天也不敢把城门打开。
姚兴不甘示弱，决定回击北魏。弘始四年(402年)五月，姚兴以大将姚平、狄伯支为前锋，带兵四万进攻北魏的并州(今山西地区)。他自己亲率四万七千人的后继部队，担任支援。两个月后，姚平等人拿下了并州的要塞乾壁。但是，拓跋珪的反应很快，立即倾兵来救，迅速将姚平反围在汾水东岸的柴壁(今山西襄汾南)。不久，拓跋珪又在蒙坑将救助柴壁的姚兴大军击溃。姚平身陷重围，逐渐矢尽粮绝。十月里的一天深夜，姚平准备突围与列兵汾西的姚兴会合，然而两人都把希望寄托在对方身上，仅有呐喊，而无接近敌人的实际行动。突围不成，姚平投水自杀。于是，两万大军敛手就擒。对岸的秦军坐视这场败亡，力不能救，皆哀号恸哭，声震山谷。姚兴向拓跋珪求和，遭到拒绝。魏军企图乘胜拿下蒲陂，取得河东。只是由于柔然突然骚扰北方，拓跋珪才被迫撤走。柴壁一战是对姚兴的一次重大打击，从此后秦再也无力东进与北魏抗争，实际上已经失去了夺取中原的希望。
弘始五年(东晋元兴二年，403)，后秦向南方扩张领土，取得成效。当时东晋王朝内部发生变乱，荆州刺史桓玄从上游起兵，长驱攻入建康。桓玄逼迫晋安帝禅位于己，改国号为楚。桓玄之变，加剧了东晋统治集团的内部矛盾，一些不满桓玄统治的官吏北上投降后秦。他们为姚兴提供了南方社会虚弊的真实情况，加强了他南下用兵的信心。这一年，姚兴先后攻取了东晋的南乡、顺阳、新野等十二郡土地。
同年，后秦的军队还重创了仇池(今甘肃成县西)的割据政权，迫使仇池王杨盛送子为质，接受姚兴的封号。
