成化末年，万贵妃与梁芳等人勾结，一再劝说宪宗废太子，立兴王，宪宗于是决定易储，便召来怀恩拟旨，不料怀恩以头碰地，誓死不从。宪宗无奈之下罢了怀恩的司礼监掌印一职，贬往凤阳守灵，并继续谋划易储。后来东岳泰山发生地震，钦天监奏报说地震与太子有关，宪宗迷信，怕惹得天怒人怨，总算放弃了易储的念头。
孝宗即位后，感恩于怀恩的奋力保护，准备了盛大的欢迎仪式，将凤阳的怀恩接回京城。在鼓乐声中，朱祐樘亲自在宫外迎候怀恩的归来，牵着怀恩的手一起入宫，正如十多年前，勇敢而倔强的怀恩牵着他的手，走过黑暗而复杂的宫廷斗争时期一样。怀恩官复原职，并成为太监系统里最高的领导人。
七十多岁的怀恩执正如故，并无丝毫的得意忘形，他知道新皇帝面临的是个困境，他要尽自己的能力，去辅助皇帝进行革新，为皇帝扫清各种障碍和绊脚石。首辅万安等忌何乔新刚正，把他排挤到南京任刑部尚书，怀恩不平，提出质询。孝宗于宫中得阁臣万安进房中术的小篓，遣怀恩到内阁质问。万安等一看这个小篓就脸红脖子粗，说不出话来。怀恩趁热打铁，并把群臣弹劾的章奏读给万安听。万安仍企图蒙混过去，被怀恩摘了牙牌，轰出宫外。而站立一旁的彭华、刘吉等连一个屁都没放，因为他们也摸不准自己的命运，还是“沉默是金”吧。赶走万安，怀恩推荐王恕、马文升、李敏、何乔新等成为弘治朝的九卿重臣，为弘治朝开了个好头。
不久，怀恩由于积劳成疾而长辞人世。弘治元年(1488年)闰正月二十八日，为了表彰怀恩的功德，明孝宗特意批准为他建造显忠祠，而怀恩也以自己的忠诚正直彪炳史册。
