曼努埃尔·科穆宁是约翰二世·科穆宁与皇后匈牙利的伊琳娜(Piroska of Hungary)的第四子，所以他似乎并不可能继承皇位。他的外祖父是圣拉迪斯劳(匈牙利的拉迪斯劳一世)。因为曼努埃尔在他父亲对抗塞尔柱突厥人的战争中表现卓越，所以1143年他被约翰二世选为继承人，而不是他的兄长伊萨克。1143年4月8日约翰二世去世后，曼努埃尔被军队拥立为皇帝。然而曼努埃尔的继位并非四平八稳，他的父亲死在了远离君士坦丁堡的乞里奇亚荒野，他认为应该尽快返回首都。但他仍然要处理好他父亲的葬礼，还要按照传统在他父亲去世的地方组织建立一座修道院。他立即派大统领约翰·阿克苏赫(megas domestikosJohn Axouch)在他之前前往首都去逮捕他最危险的潜在竞争对手——他的兄长伊萨克，因为伊萨克正居住在大皇宫并且可以立即掌控皇帝登基的礼服与大量财富。阿克苏赫在皇帝去世的消息传到首都之前便抵达了，他迅速地确保了首都对曼努埃尔的忠诚，曼努埃尔于1143年8月进入了首都。之后他被新任命的宗主教米海尔·库库阿斯(Patriarch,Michael Kourkouas)所加冕。几天后，在确保皇位不会有更多的威胁后，曼努埃尔下令释放伊萨克。然后他下令赠予君士坦丁堡每一位户主两个金币并且为教会捐赠了200磅黄金(包括每年捐赠200枚银币)
曼努埃尔从他父亲那里继承下来的帝国同八个世纪之前君士坦丁的帝国相比已经有了巨大的变化。在他的前辈查士丁尼一世时代，部分西罗马帝国的领土包括意大利、北非和部分西班牙都被收复。然而在七世纪，帝国发生了剧变，国力也急剧衰弱：伊斯兰军队从帝国手中夺取了埃及、巴勒斯坦和叙利亚大部。之后，他们又向西席卷了在君士坦丁时代还是罗马帝国西部行省的北非与西班牙。此后的几百年间，皇帝们统治的主要领域包括东方的小亚细亚大部和西方的巴尔干地区。11世纪晚期，拜占廷帝国走向了军事与政治的衰退期，尽管帝国的衰落已经在曼努埃尔的祖父和父亲统治下停滞并很大程度上恢复了原有的国力。但曼努埃尔所继承的帝国依然要面对着一系列艰巨的挑战：11世纪末期，诺曼人从拜占廷皇帝的手里夺取了南意大利。塞尔柱突厥人在安纳托利亚做了同样的事。在黎凡特，十字军诸国这一新的势力的出现为帝国带来了新的挑战。同此前几个世纪的任何时候相比，曼努埃尔所面临的困难都要更为艰巨。
