镰仓幕府(1185年-1333年)，是日本幕府政权的开始，其建立者是武将源赖朝。镰仓幕府的建立标志着日本由中央贵族掌握实际统治权的时代结束了，在贵族时代地位很低的武士登上了历史舞台，他们鄙视平安朝贵族萎靡的生活，崇尚以"忠君、节义、廉耻、勇武、坚忍"为核心的思想，结合儒学、佛教禅宗、神道，形成武士的精神支柱"武士道"。
13世纪元军侵日战争客观上使幕府进一步加强了对日本的统治。镰仓幕府的建立标志着日本天皇成为傀儡，幕府成为实际的政治中心。
1318年，后醍醐天皇即位，决心恢复皇室权威，废黜院政，开始亲征。正中元年(1324年)，后醍醐天皇密谋倒幕，但计划被幕府得知，主要大臣遭到流放，第一次倒幕运动失败，史称"正中之变"。1331年，后醍醐天皇再次密谋倒幕，倒幕军被幕府军打败，史称"元弘之乱"，后醍醐天皇被流放，第二次倒幕运动失败。
元弘之乱后，近畿、东国为首的各地武士和农民的倒幕运动此起彼伏。1333年，各地豪族都开始倒幕，幕府派足利高氏前去平乱，足利高氏早已不满北条氏专制政权，途中倒戈，攻下了镰仓，最后一代执权北条高时自杀，镰仓幕府灭亡。
建久三年〔1192年〕七月，源赖朝受封为征夷大将军，正式开幕，史称源氏幕府或镰仓幕府。镰仓幕府具有相对独立的统治机构，以镰仓为中心，触角几乎延伸到日本社会的每个角落，是真正意义上的武家政权。
在武家政权的中央也即镰仓，设置有负责行政的"公文所"，负责司法的"问注所"和负责军警权力的"侍所"，都直接从属于幕府将军。而在地方上，各国都设置守护职，从朝廷派驻的国司手中褫夺了军警大权，守护平时维持治安，监督御家人轮流戍守京都和镰仓〔称京都大番役和镰仓大番役〕，战时则统率国内的御家人出征。
幕府的经济基础来源于"关东御成败地"，在这里"成败"是"处分"的意思，指幕府将军有权管理，可随意处分的领地。这些领地包括三个部分:
一，"关东御领"，即朝廷赏赐给赖朝个人的五百多处庄园;
二，"关东御分国"，指朝廷把伊豆、相模、上总、信浓、越后、骏河、武藏、下总八国的国司任免权下发给赖朝，可由幕府推荐御家人担任，并可由幕府直接解职;
三，"关东进止所领"，即北条时政争取来的，幕府可在很多庄园和公领中设置地头的权力。顺便提一句，各国守护没有俸禄，一般也都兼任地头，从土地上获得报酬。
既然得到了全国的军警大权和强盛的经济基础，那么政治权力也就等于是幕府将军的囊中之物了。为了加强对京都及边远地区的控制，源赖朝还额外设置了京都守护、镇西奉行和奥州总奉行等官职，完善了所谓的"幕政"。
其实"幕府"一词正和"将军"一词相同，都来源于中国，不过中国的将军们开幕建府，一旦攫取了天下的权力，很快就会改朝换代，从未出现过朝廷仍在，实权却连续许多代都掌握在幕府手中的事情，因此中国虽有幕府，却没有幕政。
镰仓幕府初期的政治权力，其实是并不完善的，为了尽快稳定局面，源赖朝对旧势力作了相当大的妥协，朝廷仍能利用国司等官职行使部分权力，当时的日本，被称为是"公武两重政权"。既然没有一棒子把朝廷打趴下，那么朝廷和幕府之间的斗争也就难以避免。
仅以京都来说，当时存在着三股大的势力，互相斗争也互相制约。一是幕府将军派驻的京都守护，二是关白九条兼实，三是后白河院的残党丹后局和源〔土御门〕通亲。一开始，九条兼实为了制约院权，主动向源赖朝靠拢，征夷大将军的头衔，就是他为赖朝争取得来的。然而在后白河院去世以后，赖朝却和实力渐弱的院的残党结合起来，准备向独霸朝廷的摄关家开刀了。
丹后局本是平业房的妻子，平业房被流放后，她主动接近已被平清盛架空了的后白河院，随即就被后白河院收为妾侍，她和源通亲并为后白河院的心腹，院的很多导致变乱的政策，都是出于此二人之手。
当时正是后鸟羽天皇在位，九条兼实和源通亲都把女儿嫁给天皇，但兼实的女儿任子虽然位居中宫，却只生下一名皇女，而通亲的养女虽为偏室，却生下了皇子为仁。于是，在幕府的支持下，建久七年〔1196年〕十一月，任子被赶出中宫，随即九条兼实被迫辞去关白之位，这被称为"建久七年的政变"。
两年后〔1198年〕，后鸟羽天皇传位给年仅三岁的为仁亲王，是为土御门天皇，源通亲以天皇外祖父的身份执掌朝政。建仁二年〔1202年〕十月，源通亲去世，后鸟羽上皇趁机夺回了权力，重开院政。又过了八年〔1210年〕，后鸟羽院以两度出现彗星为由，勒令还没成年的土御门天皇退位，扶自己另外一个儿子、十二岁的守成亲王登基，称为顺德天皇。当时有两位上皇，就有两位院，后鸟羽院称"本院"，土御门院称"新院"，天皇和新院，都得看本院的脸色行事。
逐渐衰落
抗元战争胜利后，幕府的统治转向衰落。同承久之乱时不同，抗元战争后幕府没有得到没收自政敌的土地，幕府无法使获有战功而纷纷来到镰仓要求恩赏的御家人得到满足，从而破坏了由"奉公"取得"恩赏"的这个幕府同御家人关系的基础。
御家人为弥补战争给自己造成的经济损失和恢复自己的实力，就加紧侵占"公地"并通过大搞自13世纪中期开始采取的"地头请"和"下地中分"的办法蚕食庄园，加速了地头、庄官等既脱离"本所"、"领家"，又脱离幕府，形成独立的封建领主的过程。但是多数御家人却因战争负担而穷困没落了，开始把土地典当给高利贷者或卖出。幕府为了防止其政治军事支柱继续削弱，曾禁止御家人出卖土地给商人、高利贷者，但禁令并无多大效果，贫困的御家人仍设法偷偷出卖。于是永仁5年(1297)幕府颁布《德政令》，规定禁止买卖、典当御家人的领地，非御家人和商人买得御家人的领地须无偿归还原主，并且此后不再受理有关向御家人贷款问题的诉讼。《德政令》引起了经济混乱，商人抬高物价，高利贷不再向御家人通融资金。所以令颁后还不到一年，幕府就不得不将它取消。御家人的贫困没落加速了御家人制度的崩溃。
农民的处境更加恶化。御家人不论是转为领主或贫困下去，为转嫁战争负担，都加强了对以"百姓名主"为主的农民的掠夺，致使农村荒废，饥谨频发，加剧了阶级矛盾，农民只得以逃散的方式来抵抗。
早在抗元战争前，"百姓名主"中就有一部分上升为武士。这样的武士是没有和幕府结成主从关系的非御家人。这些新兴名主，在货币经济较发达的近畿地方尤多。他们为发展自己的势力，就利用反抗领主的贫困百姓名主、逃亡的下人和所从等下层群众的力量，把他们集合在自己的周围，用弓矢甲胃武装起来，对抗幕府和领主，阻碍年贡的征收，袭击年贡运送队，夺取年贡。统治阶级把这类武装集团称为"恶党"，视同盗贼。在先进地区，恶党暴动早就发生，例如公元1236年在大和，公元1248年在山城国都曾发生过。及至抗元战争后，即13世纪末至14世纪初，农民处境更加恶化，"恶党"到处出现，它的活动已遍及北起出羽、陆奥，南至淡路的日本各地。还有一些不满幕府的御家人，例如一些地头和守护，出于他们反对幕府、蓄养自己实力的需要，往往把恶党拉到自己一边，有的甚至成为"恶党巨魁"。恶党的活动构成了对幕府统治的严重威胁。
在人民反抗日益激烈的同时，幕府内部的矛盾也加深了。迄今在御家人财产继承上通行析产继承制。幕府为防止御家人领地分得过细、带来御家人的贫困，遂改为长子("惣领")继承制，庶子由长子扶养。有一些御家人就以"惣领"为中心加强团结，形成强大的守护，甚至足以同北条氏抗衡，就象足利氏那样。于是北条氏加强了"得宗"(北条氏嫡长世袭制的家主)的专制统治。作为中央机关的"评定众"和"引付众"等要职皆由北条氏一族担当，置于得宗统治之下。地方守护之职也尽可能由北条氏一族任命。北条时宗借用防备元军来袭，从九州到山阴、山阳各地增加了出身北条氏一门的守护，至幕府灭亡前夕，全日本近半的30国守护之职都被北条氏一族垄断。得宗权力至北条时宗之子贞时(公元1271年一公元1311年)、孙高时(公元1393年-公元1333年)之时，进一步加强。得宗权力主要依靠家臣"御内人"行统治，赋予重要职务。"御内人"势力的增大引起"御内人"同"御内人"以外的御家人"外样"的尖锐对立，终于导致"御内人"代表人物内管领平赖纲同"外样"代表人物安达泰盛(公元1231年-公元1285年)之间的战争。在公元1285年的"霜月骚动"中，安达泰盛一派失败，安达氏一族及其一派的御家人被大量消灭。内战削弱了御家人的力量，并进一步加剧了御家人之间的矛盾。末代执权北条高时又恰恰是一个无所作为之辈，耽于游宴，荒废政事。至此，不论是外样御家人或非御家人，大部分武士的心都已离开了幕府，伺机反叛。而反叛所需要的只是一面能够把他们结合起来的旗帜了。
倒戈灭亡
正当农民、武士对镰仓政权普遍不满，镰仓幕府日益衰落的时候，京都天皇及公卿贵族认为复兴旧政权的时机已到而跃跃欲试。阴谋复旧的核心人物是后醍醐天皇(公元1318年-公元1339年在位)。他于公元1318年即位，不久便废院政实行亲政，再兴记录所，企图重现延喜、天历时"代呼"这一"圣代"，以此为目标开始了紧张的倒幕活动，为此，他极力推崇镰仓中期传入的朱子学，召禅僧玄惠入宫讲解《新注》，企图以朱子学所鼓吹的"三纲五常"、"大义名分"来激励朝臣气节，其复兴旧王朝效力。他还摄用玄惠的门徒北田亲房(公元1293年-公元1385年)和日野资朗(公元1290年-公元1332年)、日野俊基(?一公元1332年)等儒臣。这些人或为天皇拟定倒幕计划，或秘密奔赴各地，向不满幕府的武士兜售朱子学，进行倒幕活动。
后醍醐之天皇之所以要如此坚决倒幕，也是和当时他要立即解决与幕府有关的皇位继承问题密切相联的。"承久之乱"以后，决定皇位继承和决定上皇担任院政的大权都操在幕府手中。公元1242年根据北条泰时的指示，后嵯峨天皇(公元1242年-公元1246年在位)即位，其后由深草天皇(公元1246年-公元1259年在位)、龟山天皇(公元1259年-公元1274年在位)兄弟相继即位。此后便出现两个皇统--"持明院统"与"大觉寺统"，由此产生了所谓皇位继承问题。朝廷也分成两派。几经周折，再经五届天皇之后，文保元年(公元1317年)在幕府提议下，三方通过了两统交替即位的"两统迭立"方案。据此，确定当时的皇位由大觉寺统的后醍醐天皇继承，并确定立后二条天皇的皇子为后醍醐天皇的皇太子，这就剥夺了后醍醐天皇皇子的皇位继承权。于是后醍醐天皇认为，要解决这个问题只有打倒幕府，别无他途。
后醍醐天皇拟就了使用畿内武士和僧兵袭击六波罗的倒幕计划，但计划于正中元年(公元1324年)泄漏，日野资朝、日野俊基被捕。(史称"正中之变")此后，后醍醐天皇又重拟，亲赴南都(奈良)北岭(京都)各大寺院，拼凑倒幕武装，并对各国武士和"恶党"做工作。但这次计划于元弘元年(公元1331年)又败露，结果他本人被幕府流放到隐岐岛(岛根县海上)。北条高时立持明院统量仁亲王为天皇，是为光严天皇("元弘之变")。这时近畿和中国地方等地的反北条氏势力已经纷纷起事，"恶党"蜂起，同地头、庄官作战，或联合起来反抗上级领主。索以"地侍"首领闻名的河内(大坂府)楠木正成(公元1294年-公元1336年)也已起来战斗。他先后据守河内的赤坂城、千早城，重创幕府军。在大和国，许多农民变成"野伏"("强盗")，干扰幕府的粮路，截杀撤退的武士。在战乱日益扩大的情况下，正庆3年(公元1333年)2月后醍醐天皇在伯耆国(鸟取县)武士名和长年的营救下，逃出了隐岐。同年，幕方的征讨大将足利高氏(公元1305年-公元1368年)在赴伯耆途中突然举起叛旗，把近畿地方的武士组织起来。5月7日消灭了幕府在京都的六波罗探题，占领京都。与此同时，九州、四国的武士分别消灭了幕方的九州探题和长门探题。上野豪族新田义贞(公元1302年-公元1338年)也举起叛旗，率关东武士攻陷镰仓。时为公元1333年5月22日，北条高时及其一族自杀。镰仓幕府在农民和不满幕府的武士们的打击下灭亡了。
