对于，确切的说应该是准噶尔汗国做为一个中亚地方强权已经被清政府彻底消灭了，只留下了一个地理名词“准噶尔盆地”，但是建立这个强权的族群卫拉特蒙古四部（前身就是瓦剌）尽管损失了大量的人口，但还是存在的，新疆现在还有蒙古族同胞生活便是明证。而之所以准噶尔汗国灭亡，卫拉特四部遭遇灭顶之灾，就得说道一个蒙古族枭雄，他就是卫拉特四部之一辉特部领袖阿睦尔撒纳。
话说在乾隆十年（1745年）准噶尔汗国大汗噶尔丹策零死后，留下3个儿子，按长幼排序分别是喇嘛达尔札、纳木札尔、策妄达什。其中纳木札尔是嫡子，顺理成章的继承了汗位，没想到这货没有继承父亲的雄才大略，昏暴残酷却有过人之处，按照剧情这种人肯定活不过2分钟，于是就迅速的领盒饭了。
在他死后，由长子喇嘛达尔札继承汗位，但是他出身微贱，实在是难孚众望，遭到了准噶尔汗国一些贵族的反对，拥戴策妄达什的策零敦多布家族（注：这个家族是准噶尔汗国的功勋家族，猛将辈出，不了解的可以搜准噶尔汗国侵略西藏，和通泊之战等词汇，就不展开说了）达什达瓦便联合辉特部台吉阿睦尔撒纳与和硕特台吉班珠尔策划推翻喇嘛达尔札。没想到行动还没开始就暴露了，最后结果就是策妄达什和达什达瓦被杀，准噶尔汗国至此陷入更大规模的混乱。
这时阿睦尔撒纳的大戏正式开幕了，拥戴策妄达什失败后，于是他又与准噶尔部另外一名贵族达瓦齐联合起来，以偷袭的方式对喇嘛达尔札进行了精确的打击，将其斩杀，达瓦齐在他的帮助下，登上了大汗的宝座。双方本是互相利用的关系，没过多久，就发生了剧烈的矛盾，最后以阿睦尔撒纳败北而告终，于是率所部2万人降清。
而早在阿睦尔撒纳降清之前，准噶尔部早已有三车凌归降清朝，准噶尔汗国的乱局引起了清政府的注意，阿睦尔撒纳投降之后，受到了乾隆皇帝的亲自接见，行抱见礼，赐大宴，席间阿睦尔撒纳“备言伊犁可取之状”，于是乾隆皇帝下定决心出师5万，两路进兵，向准噶尔汗国进攻，乾隆帝的第一次平准异乎寻常的顺利，几乎兵不血刃的进占了伊犁，抓获了时任大汗的达瓦齐。
在灭亡准噶尔汗国后，乾隆皇帝一开始制定了“众建以分其力”的方针，把卫拉特四部“封为四汗，俾各管所属”，但是，阿睦尔撒纳野心勃勃，他本人只是想借清政府力量消灭达瓦齐势力，以达到他统合卫拉特四部的目的，其后他积极招兵买马，准备叛乱脱离清廷。而清廷对此也有所察觉。
《清高宗实录·卷四百八十一》：是其欲取多人占据地方之意，已经微露，似平定准噶尔，全为伊一人集事矣。
为了防患于未然，清政府采取了调虎离山的策略，命其于热河避暑山庄觐见，并派喀尔喀亲王额琳沁多尔济陪同监视前往，但是阿睦尔撒纳已经看出清廷的用意，在去热河的路上逃脱，走小路逃回塔尔巴哈台，扯起了反清大旗，驻守伊犁的定北将军班第、参赞大臣鄂容安寡不敌众，兵败自杀，于是乾隆皇帝命令喀尔喀三音诺颜部亲王成衮札布和伊犁将军兆惠两路平乱，阿睦尔撒纳在清军的进剿下仓皇失措，率领几名亲信逃到俄国，最后得天花病死。
阿睦尔撒纳的叛乱给卫拉特四部造成了非常严重的后果，在平定这次叛乱后，乾隆皇帝对准噶尔部的态度来了一个180度的大转弯。
首先，阿睦尔撒纳叛乱对乾隆来说，极大的损伤了他的颜面，本来是一场欢天喜地的胜利，因为这次叛乱横生枝节，导致了多名大将死亡，还额外数百万两军费，乾隆皇帝的心里肯定是怒火中烧。
其次、阿睦尔撒纳之乱还间接引发了喀尔喀蒙古和托辉部青滚杂卜之乱。清政府为了镇压这次叛乱在喀尔喀蒙古征丁、征马，骚扰很大，群众极其不满。而喀尔喀土谢图汗系亲王额琳沁多尔济因为监视失职被乾隆皇帝赐自尽，此人是喀尔喀蒙古最高宗教领袖哲布尊丹巴的弟弟，他的死又让喀尔喀诸部王公感到非常不安。
而青滚杂卜利用喀尔喀蒙古人的情绪发动了“撤驿之变”，使清军北路的驿站系统遭受重创，“自十六驿至二十九驿，一时尽彻，羽书中断，遂回旧游牧拥众叛”。好在乾隆意识到了自己的失误，立刻止损，一面命令喀尔喀三音诺颜部亲王成衮札布与其弟车布登札布迅速派兵镇压青滚杂卜。一面又让青海蒙古的宗教领袖章嘉喇嘛说服哲布尊丹巴和喀尔喀蒙古诸王公不要参与叛乱。软硬两手总算让喀尔喀部安定下来。
正是阿睦尔撒纳叛乱让乾隆皇帝既感到愤怒，又感到脊背发凉，让他意识到了卫拉特蒙古是块怎样的硬骨头，对付这个民族似乎用分而治之的方法是不够的，他极其担心在几年甚至十几年后又有一个领袖出面率领这些蒙古人对抗清朝，于是经过深思熟虑后，做出了“大行杀戮”的惊人决定，于是乎，一道道绝杀令飞向驻新疆的清军，卫拉特蒙古差点遭到了灭顶之灾。
《清高宗实录·卷五百二十七》：厄鲁特等，似此辜恩背叛，必应尽行剿灭。
《清高宗实录·卷五百三十八》：厄鲁特等反覆狡诈，饰词投顺，旋即生变，是以降旨令阿里衮等严行办理。
《清高宗实录·卷五百四十六》：雅尔哈善等奏：珲齐、额琳沁达瓦游牧，俱已降复叛，看来此等贼人，心怀叵测，招降断不可恃，总以严行剿杀为要。
对于那些规模较大的降而复叛的卫拉特蒙古部落，就地消灭，恐怕惊扰其他部落，先至巴里坤再诱至肃州，然后进行诛杀。总之一定要“除恶务尽”，“朕从前本无如此办理之心，实因伊等叛服不常，不得不除恶务尽也”。
对于那些分散居住的卫拉特人，清军则组织部队搜索杀戮，就比如说喀尔喀亲王成衮札布奏报中就有剿杀零星卫拉特人的记录。直到乾隆二十三年，剿杀任务还在进行。厄鲁特蒙古受到前所未有的灾难。
但是说卫拉特蒙古至此灭绝就很不靠谱，其实很多未参与阿睦尔撒纳的部落还是被保留了下来。如杜尔伯特部未参与叛乱被整部保留；准噶尔的达瓦达什部在阿睦尔撒纳叛乱之初，就投附清廷，其部一部分游牧于鄂尔坤，一部游牧于承德。
乾隆二十五年，在阿桂的请求下，乾隆皇帝改变了对卫拉特蒙古的政策，由剿杀转向积极招抚，并出台了编设厄鲁特佐领的章程，于是不少在哈萨克的卫拉特蒙古人逃入新疆接受清王朝的统治，他们也被融入到了清王朝的边疆防卫体系中。还有乾隆三十六年，土尔扈特部来归游牧于新疆。
乾隆的剿杀政策主要针对那些降而复叛的厄鲁特部落，至于那些没有跟随阿睦尔撒纳叛乱的部落，有不少还是保留下来的。
引用文献：《清高宗实录》、《啸亭杂录》、《圣武记》
准噶尔汗国基本上被乾隆给种族灭绝了。
康雍乾三朝，准噶尔汗国对清朝构成极大威胁，时叛时降，令清廷不堪其扰，历时近百年，使得乾隆在公元1757年平准战争后痛下决心，要把准噶尔男子全部杀光，彻底根除准噶尔之患。
草原上，清军逐个帐篷搜查，挨家挨户将男子呼出帐外，就地斩杀，连高过车轮的男童都不放过，妇孺全部赏赐给士兵为奴，押往内地，大多死于途中。
除被清军斩杀之外，一部分准噶尔人逃往俄罗斯和哈萨克，还有一部分死于战乱之后的瘟疫，最终人口超过500万的准噶尔汗国基本被整体灭绝，斩杀人数没法精确统计，历史学家普遍认为应该在30万至100万之间。
用今天的眼光看，乾隆无疑犯下反人类罪，可当时的历史阶段，还没有反人类罪这个概念，还远没有达到这个文明程度，乾隆的这个种族灭绝的决策不仅不被指责，反被清廷上下广泛称颂。
准噶尔这片土地早在汉、唐、元时代都曾进入中原王朝的版图，但中原王朝一旦衰落，又会脱离出去。事实上，自安史之乱后，这片土地就和中原汉地没什么交流了。乾隆感慨得而复失、失而复得，取“故土新归，新辟旧疆”之意，将这片土地命名为“新疆”。
今天俄罗斯阿尔泰共和国大约有6万阿尔泰人，就是准噶尔汗国的残余人口的后裔。今天新疆境内的蒙古族已经很少了，以至于很少有人意识到新疆曾经是蒙古人的地盘，只留下“准噶尔盆地”这么一个地名，无言诉说着曾经的一段血腥历史。
