根据地质学家探测，裂谷的形成原因是因为这里处于非洲板块和印度洋板块交界处。大约在3000万年以前，由于两个板块张裂拉伸，使得同阿拉伯古陆块相分离的大陆漂移运动而形成这个裂谷。那时候，这一地区的地壳处在大运动时期，整个区域出现抬升现象，地壳下面的地幔物质上升分流，产生巨大的张力。而正是在这种张力的作用之下，地壳发生了大断裂，从而形成庞大的东非裂谷的前身。后来，由于抬升运动不断的进行，地壳的断裂不断产生，地下熔岩不断的涌出，逐渐渐渐形成了高大的熔岩高原。高原上的火山则变成众多的山峰。而断裂的下陷地带则成为大裂谷的谷底，总长6400千米。
